Locus 3368

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 9,767,873 – 9,767,993
Length 120
Max. P 0.738754
window5333

overview

Window 3

Location 9,767,873 – 9,767,993
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.89
Mean single sequence MFE -48.28
Consensus MFE -24.75
Energy contribution -24.17
Covariance contribution -0.58
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -2.30
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.738754
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9767873 120 + 22407834
AUCGUAACUGGGACUUCCACUGGCGUGAGGUGGGAGCCAGUUCUGAUCCCUGCUCGGAGUCAUAUGCUGGACCCAAGGCGUUCUCCGAACCUGAAGUUCAGACUCUUUCUCAGUUUUUGA
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>DroPse_CAF1 48241 120 + 1
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>DroEre_CAF1 49421 120 + 1
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>DroWil_CAF1 84314 120 + 1
AUCGUAACUGGGCCUUUCAUUGGCGGGAAAUUGGAGCCAGCGAUGAGCCAUGCUCGGAAUCCUAUGCUGGACCCAAGGCAUUCUCCGAAAAGGAAACAGAAACUCUAGCCCAAUAUCUAC
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>DroAna_CAF1 56998 120 + 1
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>DroPer_CAF1 47700 120 + 1
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>consensus
AUCGGAACUGGGGCUUCCACUGGCGCGAGGUGGGAGCCAGCGAUGAGCCCUGCUCGGAGUCAUAUGCCGGACCCAAGGCAUUCUCCGAACCGGAAACGGAGACCCUCUCGCAGUAUCUGA
.......((((..((((((((.......))))))))))))...(((((...)))))(((....(((((........))))).)))................................... (-24.75 = -24.17 +  -0.58)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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