Locus 3339

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 9,669,365 – 9,669,495
Length 130
Max. P 0.999845
window5295 window5296 window5297 window5298

overview

Window 5

Location 9,669,365 – 9,669,456
Length 91
Sequences 5
Columns 91
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.74
Mean single sequence MFE -32.00
Consensus MFE -27.94
Energy contribution -28.58
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -5.20
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 3.13
SVM RNA-class probability 0.998540
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9669365 91 + 22407834
CCAAAAGUUGCACAAAAAAAUAACAGCACGGCAUGGCUACGUGUAGAUACAAAUGUAUCUAUCAGCCAUGCAGCUGUAUUUGUGUCUUUGC
...((((..(((((((......(((((...((((((((....((((((((....)))))))).)))))))).))))).))))))))))).. ( -34.70)
>DroSec_CAF1 27640 88 + 1
CCAAAAGUUGCACAAA-AAAUAACAGCAUGGCAUGGCUACGUGUAGAUACAAAUGUAUCUAC--ACCAUGCAGCUGUAUUUGUGUCUUUGC
...((((..(((((((-.....(((((...((((((.....(((((((((....))))))))--))))))).))))).))))))))))).. ( -33.00)
>DroSim_CAF1 28669 88 + 1
CCAAAAGUUGCACAAA-AAAUAACAGCAUGGCAUGGCUACGUGUAGAUACAAAUGUAUCUAC--ACCAUGCAGCUGUAUUUGUGUCUUUGC
...((((..(((((((-.....(((((...((((((.....(((((((((....))))))))--))))))).))))).))))))))))).. ( -33.00)
>DroEre_CAF1 33230 88 + 1
CCAAAAGUUGCACAAA-AAAUAACUGCAUGGCAUGGCUACGUGUAGAUACAAAUGUAUCUAC--ACCAGGCAGCUGUAUUUGUGUCUUUGC
...((((..(((((((-..(((.((((.((((...)))).((((((((((....))))))))--))...)))).))).))))))))))).. ( -29.20)
>DroYak_CAF1 27873 88 + 1
CCAAAAGUUGCACAAA-AAAUAACAGCAUGGCAUGGCUACGUGUAGAUACAAAUGUAUCUAC--ACCAGGCAGCUGUAGUUGUGUCUUUGC
................-........(((.((((..(((((((((((((((....))))))))--)).((....)))))))..))))..))) ( -30.10)
>consensus
CCAAAAGUUGCACAAA_AAAUAACAGCAUGGCAUGGCUACGUGUAGAUACAAAUGUAUCUAC__ACCAUGCAGCUGUAUUUGUGUCUUUGC
...((((..(((((((......(((((...((((((......((((((((....))))))))...)))))).))))).))))))))))).. (-27.94 = -28.58 +   0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 9,669,365 – 9,669,456
Length 91
Sequences 5
Columns 91
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.74
Mean single sequence MFE -31.48
Consensus MFE -29.14
Energy contribution -29.98
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -4.65
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 4.24
SVM RNA-class probability 0.999845
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9669365 91 - 22407834
GCAAAGACACAAAUACAGCUGCAUGGCUGAUAGAUACAUUUGUAUCUACACGUAGCCAUGCCGUGCUGUUAUUUUUUUGUGCAACUUUUGG
.(((((.((((((.(((((.(((((((((.(((((((....)))))))....)))))))))...)))))......))))))....))))). ( -34.80)
>DroSec_CAF1 27640 88 - 1
GCAAAGACACAAAUACAGCUGCAUGGU--GUAGAUACAUUUGUAUCUACACGUAGCCAUGCCAUGCUGUUAUUU-UUUGUGCAACUUUUGG
.(((((.((((((.(((((.(((((((--((((((((....)))))))).....)))))))...))))).....-))))))....))))). ( -32.80)
>DroSim_CAF1 28669 88 - 1
GCAAAGACACAAAUACAGCUGCAUGGU--GUAGAUACAUUUGUAUCUACACGUAGCCAUGCCAUGCUGUUAUUU-UUUGUGCAACUUUUGG
.(((((.((((((.(((((.(((((((--((((((((....)))))))).....)))))))...))))).....-))))))....))))). ( -32.80)
>DroEre_CAF1 33230 88 - 1
GCAAAGACACAAAUACAGCUGCCUGGU--GUAGAUACAUUUGUAUCUACACGUAGCCAUGCCAUGCAGUUAUUU-UUUGUGCAACUUUUGG
.(((((.((((((...((((((.((((--((((((((....))))))))))(((....))))).))))))....-))))))....))))). ( -30.40)
>DroYak_CAF1 27873 88 - 1
GCAAAGACACAACUACAGCUGCCUGGU--GUAGAUACAUUUGUAUCUACACGUAGCCAUGCCAUGCUGUUAUUU-UUUGUGCAACUUUUGG
.(((((.(((((..(((((.((.((((--((((((((....)))))))).....)))).))...))))).....-.)))))....))))). ( -26.60)
>consensus
GCAAAGACACAAAUACAGCUGCAUGGU__GUAGAUACAUUUGUAUCUACACGUAGCCAUGCCAUGCUGUUAUUU_UUUGUGCAACUUUUGG
.(((((.((((((.(((((.(((((((..((((((((....)))))))).....)))))))...)))))......))))))....))))). (-29.14 = -29.98 +   0.84)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 9,669,382 – 9,669,495
Length 113
Sequences 5
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.94
Mean single sequence MFE -36.38
Consensus MFE -29.34
Energy contribution -29.70
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -3.99
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 3.40
SVM RNA-class probability 0.999142
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9669382 113 + 22407834
AAAUAACAGCACGGCAUGGCUACGUGUAGAUACAAAUGUAUCUAUCAGCCAUGCAGCUGUAUUUGUGUCUUUGCGAAUGUCUAGCUGCCUUUUGUGCACGAAAAAAAAAAACA
........(((((((((((((....((((((((....)))))))).))))))))((((((((((((......)))))))..)))))......)))))................ ( -38.20)
>DroSec_CAF1 27656 107 + 1
AAAUAACAGCAUGGCAUGGCUACGUGUAGAUACAAAUGUAUCUAC--ACCAUGCAGCUGUAUUUGUGUCUUUGCGAAUGUCUAGCUGUCU--UGUGCACGAAAAAA--AAAGA
........((((.((((((.....(((((((((....))))))))--)))))))((((((((((((......)))))))..)))))....--.)))).........--..... ( -33.50)
>DroSim_CAF1 28685 108 + 1
AAAUAACAGCAUGGCAUGGCUACGUGUAGAUACAAAUGUAUCUAC--ACCAUGCAGCUGUAUUUGUGUCUUUGCGAAUGUCUAGCUGUCU--UGUGCACGAAAAAA-AAAACA
........((((.((((((.....(((((((((....))))))))--)))))))((((((((((((......)))))))..)))))....--.)))).........-...... ( -33.50)
>DroEre_CAF1 33246 111 + 1
AAAUAACUGCAUGGCAUGGCUACGUGUAGAUACAAAUGUAUCUAC--ACCAGGCAGCUGUAUUUGUGUCUUUGCGAGUGUCUAGCUGUCGCUUGUGCACGAACAAAAAUCACA
.......((((((((........((((((((((....))))))))--))..(((((((((((((((......)))))))..)))))))))).))))))............... ( -38.40)
>DroYak_CAF1 27889 111 + 1
AAAUAACAGCAUGGCAUGGCUACGUGUAGAUACAAAUGUAUCUAC--ACCAGGCAGCUGUAGUUGUGUCUUUGCGAAUGUCUAGCUGCCGCUUGAGCACGGAAAAAAAAGACA
........(((.((((..(((((((((((((((....))))))))--)).((....)))))))..))))..)))...(((((.....(((........))).......))))) ( -38.30)
>consensus
AAAUAACAGCAUGGCAUGGCUACGUGUAGAUACAAAUGUAUCUAC__ACCAUGCAGCUGUAUUUGUGUCUUUGCGAAUGUCUAGCUGUCU_UUGUGCACGAAAAAAAAAAACA
........((((.((((((......((((((((....))))))))...))))))((((((((((((......)))))))..))))).......))))................ (-29.34 = -29.70 +   0.36)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 9,669,382 – 9,669,495
Length 113
Sequences 5
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.94
Mean single sequence MFE -32.76
Consensus MFE -24.90
Energy contribution -25.54
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -3.25
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 2.13
SVM RNA-class probability 0.988668
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9669382 113 - 22407834
UGUUUUUUUUUUUCGUGCACAAAAGGCAGCUAGACAUUCGCAAAGACACAAAUACAGCUGCAUGGCUGAUAGAUACAUUUGUAUCUACACGUAGCCAUGCCGUGCUGUUAUUU
(((((((........(((.......)))((.........))))))))).(((((((((.(((((((((.(((((((....)))))))....)))))))))...)))).))))) ( -34.60)
>DroSec_CAF1 27656 107 - 1
UCUUU--UUUUUUCGUGCACA--AGACAGCUAGACAUUCGCAAAGACACAAAUACAGCUGCAUGGU--GUAGAUACAUUUGUAUCUACACGUAGCCAUGCCAUGCUGUUAUUU
(((((--.....((..((...--.....))..)).......)))))...(((((((((.(((((((--((((((((....)))))))).....)))))))...)))).))))) ( -28.40)
>DroSim_CAF1 28685 108 - 1
UGUUUU-UUUUUUCGUGCACA--AGACAGCUAGACAUUCGCAAAGACACAAAUACAGCUGCAUGGU--GUAGAUACAUUUGUAUCUACACGUAGCCAUGCCAUGCUGUUAUUU
((((((-(....((..((...--.....))..)).......))))))).(((((((((.(((((((--((((((((....)))))))).....)))))))...)))).))))) ( -29.70)
>DroEre_CAF1 33246 111 - 1
UGUGAUUUUUGUUCGUGCACAAGCGACAGCUAGACACUCGCAAAGACACAAAUACAGCUGCCUGGU--GUAGAUACAUUUGUAUCUACACGUAGCCAUGCCAUGCAGUUAUUU
((((.(((((((..(((..(.(((....))).).)))..))))))))))).....((((((.((((--((((((((....))))))))))(((....))))).)))))).... ( -38.60)
>DroYak_CAF1 27889 111 - 1
UGUCUUUUUUUUCCGUGCUCAAGCGGCAGCUAGACAUUCGCAAAGACACAACUACAGCUGCCUGGU--GUAGAUACAUUUGUAUCUACACGUAGCCAUGCCAUGCUGUUAUUU
(((((((.......(((.((.(((....))).)))))....))))))).....(((((.((.((((--((((((((....)))))))).....)))).))...)))))..... ( -32.50)
>consensus
UGUUUUUUUUUUUCGUGCACAA_AGACAGCUAGACAUUCGCAAAGACACAAAUACAGCUGCAUGGU__GUAGAUACAUUUGUAUCUACACGUAGCCAUGCCAUGCUGUUAUUU
..............((((.(....)...((.........))...).)))....(((((.(((((((..((((((((....)))))))).....)))))))...)))))..... (-24.90 = -25.54 +   0.64)

alignment

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