Locus 3326

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	9,632,711 – 9,632,844
Length	133
Max. P	0.989686

overview

Window 7

Location	9,632,711 – 9,632,809
Length	98
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.25
Mean single sequence MFE	-39.88
Consensus MFE	-23.47
Energy contribution	-24.79
Covariance contribution	1.31
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.38
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	2.18
SVM RNA-class probability	0.989686
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9632711 98 - 22407834
C------AAUAGGGCAAACGAAGGCAGACCCCUGGCAGCUGUUGUUGUCUAGU----UGGGUCAGAUUUUUGGGGCUCGGUAUCCAAGCUGAU---CCGGCUGCU----CCA-----UCU
.------....(((((..((..(((.(((((((((((((....)))).)))).----.)))))......(((((........))))))))...---.))..))).----)).-----... ( -33.10)
>DroSec_CAF1 33367 101 - 1
UUGU---GCCAGCUCAAACGAAAGCAGACCCCUGGCAGCUGUUGUUGUCUAGU----UGGGUCCGAUUUUUGGGGCUCGGUAUCCAAGCUGAU---CCGCCUGCU----CCA-----UCU
....---....(((........))).(((((((((((((....)))).)))).----.))))).......((((((.(((.(((......)))---)))...)))----)))-----... ( -31.70)
>DroSim_CAF1 32574 104 - 1
UUUUUAUAAGGGGGCAAACGAAAGCAGACCCCUGGCAGCUGUUGUUGUCUAGU----UGGGUCCGAUUUUCGGGGCUCGGUAUACAAGCUGAU---CCGCCAGCU----CCA-----UCU
..........(((((....((((((.(((((((((((((....)))).)))).----.))))).).)))))((((.(((((......))))).---)).)).)))----)).-----... ( -39.70)
>DroEre_CAF1 35507 96 - 1
C------AAGAGGGCAACCGAAAGCGGACCCCUGGCAGCUGUUGUUGUCUAGU----UGGGUCCGAUUUU--GGGCUCGGUAUCCAAGCUGAU---CCGGCUGCG----CCA-----UCU
.------.(((.(((..((((((.(((((((((((((((....)))).)))).----.))))))).))))--))((.(((.(((......)))---)))))...)----)).-----))) ( -43.60)
>DroYak_CAF1 35026 98 - 1
C------AAGAGGGCCAACGAAAGCGAACCCCUGGCAGCUGUUGUUGUCUAGU----UGGGUUCGAUUUUUGGGGCUCGGUAUCCAAGCCGAU---CCGGCUGCU----CCA-----UCU
.------..(((((((..(((((((((((((((((((((....)))).)))).----.))))))).))))))(((.(((((......))))))---)))))).))----)..-----... ( -42.90)
>DroAna_CAF1 44508 107 - 1
C------UAGGGAAACACUAGCAGCCGACCUGCGGCAGCUGUUGCUGCCCAAUAUUUUGGGUC------UUGGCCCCCAGUCUCC-GGCUGGUGUGCCGGCUGGUUUUUCCACUGAUUUC
.------((((((((.((((((....((((...((((((....))))))(((....)))))))------.(((((.(((((....-.))))).).)))))))))).))))).)))..... ( -48.30)
>consensus
C______AAGAGGGCAAACGAAAGCAGACCCCUGGCAGCUGUUGUUGUCUAGU____UGGGUCCGAUUUUUGGGGCUCGGUAUCCAAGCUGAU___CCGGCUGCU____CCA_____UCU
...........((((...(((((((.(((((((((((((....)))).))))......))))).).))))))..))))((......(((((......))))).......))......... (-23.47 = -24.79 +   1.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	9,632,739 – 9,632,844
Length	105
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.61
Mean single sequence MFE	-37.48
Consensus MFE	-19.24
Energy contribution	-20.96
Covariance contribution	1.73
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.00
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	1.00
SVM RNA-class probability	0.897787
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9632739 105 - 22407834
CGGAAGUGAAUGCCUUCAAUGGC-----AUUGGUGUUUUUC------AAUAGGGCAAACGAAGGCAGACCCCUGGCAGCUGUUGUUGUCUAGU----UGGGUCAGAUUUUUGGGGCUCGG
.((((((.((((((......)))-----))).)...)))))------....((((...(((((((.(((((((((((((....)))).)))).----.))))).).))))))..)))).. ( -35.80)
>DroSec_CAF1 33395 108 - 1
CGGAAGUGAAUGCCUUCAAUGGC-----AUUGGUGUUUUUUUGU---GCCAGCUCAAACGAAAGCAGACCCCUGGCAGCUGUUGUUGUCUAGU----UGGGUCCGAUUUUUGGGGCUCGG
(....)..((((((......)))-----)))((..(......).---.))(((((...(((((((.(((((((((((((....)))).)))).----.))))).).)))))))))))... ( -36.10)
>DroSim_CAF1 32602 111 - 1
CGGAAGUGAAUGCCUUCAAUGGC-----AUUGGUGUUUUUUUUUUAUAAGGGGGCAAACGAAAGCAGACCCCUGGCAGCUGUUGUUGUCUAGU----UGGGUCCGAUUUUCGGGGCUCGG
.(((..(.((((((......)))-----))).)..))).............((((...(((((((.(((((((((((((....)))).)))).----.))))).).))))))..)))).. ( -37.50)
>DroEre_CAF1 35535 100 - 1
CGAAAGUGAAUGACUUCG---GA-----AUCGGUGUUUUUC------AAGAGGGCAACCGAAAGCGGACCCCUGGCAGCUGUUGUUGUCUAGU----UGGGUCCGAUUUU--GGGCUCGG
(....)((((.(((.(((---..-----..))).))).)))------)...((((..((((((.(((((((((((((((....)))).)))).----.))))))).))))--)))))).. ( -39.60)
>DroYak_CAF1 35054 105 - 1
CGGAAGUCAAUGCCUUCGAUGGA-----AUCGGUGUUUUUC------AAGAGGGCCAACGAAAGCGAACCCCUGGCAGCUGUUGUUGUCUAGU----UGGGUUCGAUUUUUGGGGCUCGG
((..((((...((((((..((((-----(........))))------).))))))...(((((((((((((((((((((....)))).)))).----.))))))).)))))).)))))). ( -39.40)
>DroAna_CAF1 44547 107 - 1
CAGACGAGAAUC-CAAAGAUGGAAAAUUAUUUAUGUUUUCC------UAGGGAAACACUAGCAGCCGACCUGCGGCAGCUGUUGCUGCCCAAUAUUUUGGGUC------UUGGCCCCCAG
....(((((.((-(((((..(((((((.......)))))))------((((....).)))((((.....))))((((((....)))))).....)))))))))------)))........ ( -36.50)
>consensus
CGGAAGUGAAUGCCUUCAAUGGA_____AUUGGUGUUUUUC______AAGAGGGCAAACGAAAGCAGACCCCUGGCAGCUGUUGUUGUCUAGU____UGGGUCCGAUUUUUGGGGCUCGG
.......(((((((.................))))))).............((((...(((((((.(((((((((((((....)))).))))......))))).).))))))..)))).. (-19.24 = -20.96 +   1.73)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:49:50 2006