Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,492,596 – 9,492,707 |
Length | 111 |
Max. P | 0.569715 |
Location | 9,492,596 – 9,492,707 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.15 |
Mean single sequence MFE | -36.92 |
Consensus MFE | -25.98 |
Energy contribution | -26.07 |
Covariance contribution | 0.09 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -1.01 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.569715 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 9492596 111 - 22407834 AGGUGGUGGGAGUGCGCUCCGGCGAAGAGGUCGCCAAGUGCAAGCAGGUCUACUGCGAUCCCAGCUACGUGCCCGAGAAGGUGAGA--UUCACAAAAGAUUUGUGUAAACUAG- ..(((((((((.((((((..(((((.....))))).)))))).((((.....))))..))))).))))..(((......))).((.--(((((((.....))))).)).))..- ( -39.40) >DroVir_CAF1 526 109 - 1 AGGUGGUGGGUGUCCGCUCAGGCGAUGAAAUUGCCAAAUGCAAGCAGGUGUACUGUGACCCCAGCUACGUGCCCGACAAGGUUAGUUAUCCAG---UUAUUGGUGUG-GCUAG- ..((((((((.(((.((...((((((...))))))....))..((((.....))))))))))).))))..(((......)))(((((((((((---...)))).)))-)))).- ( -34.10) >DroPse_CAF1 516 106 - 1 AGGUGGUGGGCGUGCGCUCUGGCGAGGAGGUGGCCAAGUGCAAGCAGGUCUACUGCGAUCCCAGCUAUGUGCCCGAGAAGGUGAGUAAAGCUGAGUAUACUCCUG-------G- (((.((((.((.((((((.((((.(.....).)))))))))).((((.....)))).....(((((.((..(((.....)).)..)).))))).)).))))))).-------.- ( -35.80) >DroYak_CAF1 640 112 - 1 AGGUGGUGGGUGUGCGCUCUGGCGACGAGGUCGCCAAGUGCAAGCAGGUCUACUGCGAUCCCAGCUACGUGACCGAGAAGGUAAGA--UUCAAAAAAGAAUUUUUUAAAUAUGU ..((((((((..((((((.(((((((...))))))))))))).((((.....))))...)))).))))...(((.....)))((((--(((......))))))).......... ( -41.50) >DroAna_CAF1 1310 111 - 1 AGGUAGUCGGCGUGCGCUCCGGCGACGAGGUCGCCAAGUGCAAGCAGGUCUACUGCGACCCCAGUUAUGUGCCCGAUAAGGUUAGU--GCCCAAAAACAUAGUUACUUAAGAU- ((((((((((..((((((..((((((...)))))).)))))).(((.((..((((......)))).)).))))))))..(((....--)))............))))).....- ( -35.10) >DroPer_CAF1 753 106 - 1 AGGUGGUGGGUGUGCGCUCUGGCGAGGAGGUGGCCAAGUGCAAGCAGGUCUACUGCGAUCCCAGCUAUGUGCCCGAGAAGGUGAGUAAACCUAAAAAUACUCGUG-------G- ..((((((((..((((((.((((.(.....).)))))))))).((((.....))))...)))).))))...((((((.((((......)))).......)))).)-------)- ( -35.60) >consensus AGGUGGUGGGUGUGCGCUCUGGCGACGAGGUCGCCAAGUGCAAGCAGGUCUACUGCGAUCCCAGCUACGUGCCCGAGAAGGUGAGU__UCCAAAAAAUAUUCGUGU__A__AG_ ..((((((((..((((((..(((((.....))))).)))))).((((.....))))...)))).))))....((.....))................................. (-25.98 = -26.07 + 0.09)
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