Locus 3269

Window 1

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9467657 94 + 22407834
AACUCG------------------CAGCUUUGCUUUGCUUUCCGGAAAACUAUGCACGAGCGCUGACAUCAUUUGUCAUGUCU---GCGCGCUGUGCGGACGAAGCGCGUAAGGC--
......------------------..(((((((..(((((((((.....)...(((((.((((.(((((........))))).---))))..))))))))..))))).)))))))-- ( -33.60)
>DroPse_CAF1 31709 104 + 1
-AUCCCCAU--CCCCA-----UCCCCGUCUACGAGUAGUAUCCGGA-AACUAUGCACGAGCGCUGACAUCAUUUGUCAUGUCUUCUUCGCGCUC--GGGUCCUGGCUCUGGUGGA--
-.((((((.--..(((-----.(((((..(((.....)))..))).-.........((((((((((((.....)))))..........))))))--)))...)))...))).)))-- ( -33.30)
>DroSec_CAF1 32411 94 + 1
AACUCA------------------CAGCUUUCCUUUGCUUUCCGGAAAACUAUGCACGAGCGCUGACAUCAUUUGUCAUGUCU---GCGCGCUGUGCGGGCGAAGCGCGUGAGGC--
..((((------------------(((.(((((..........))))).))........(((((((((.....)))).(((((---((((...))))))))).))))))))))..-- ( -36.00)
>DroSim_CAF1 32263 94 + 1
AACUCC------------------CAGCUUUCCUUUGCUUUCCGGAAAACUAUGCACGAGCGCUGACAUCAUUUGUCAUGUCU---GCGCGCUGUGCGGGCGAAGCGCGUAAGGC--
..(.((------------------(((.(((((..........))))).))..(((((.((((.(((((........))))).---))))..)))))))).)..((.(....)))-- ( -31.70)
>DroYak_CAF1 33120 102 + 1
AACUCCUCGCUU---------UCCCGGCUUUCCUUUGCUCUCCG-AAAACUAUGCACGAGCGCUGACAUCAUUUGUCAUGUCU---CUGCGCUGUGCGGGCGAAGCGCGUAAGGC--
....((((((((---------(((((((........))).....-........((((.(((((.(((((........))))).---..)))))))))))).))))))....))).-- ( -35.40)
>DroAna_CAF1 31103 109 + 1
-ACCCCCGG--UCCGGUUUCC--CCCUCUGUGUUUUCCUUUCCGGAAAACUAUGCACGAGCGCUGACAUCAUUUGUCAUGUCU---GCGCUCGGUGCGGGCGAAAAGCGUGAGGCAG
-....((..--((((.((((.--(((.....(((((((.....)))))))...((((((((((.(((((........))))).---)))))).))))))).))))..)).))))... ( -41.80)
>consensus
AACUCC__________________CAGCUUUCCUUUGCUUUCCGGAAAACUAUGCACGAGCGCUGACAUCAUUUGUCAUGUCU___GCGCGCUGUGCGGGCGAAGCGCGUAAGGC__
....................................(((((.((........(((((.((((((((((.....)))))..........)))))))))).........)).))))).. (-15.72 = -17.08 +   1.36) 

Postscript

Postscript

Postscript

Window 2

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9467657 94 - 22407834
--GCCUUACGCGCUUCGUCCGCACAGCGCGC---AGACAUGACAAAUGAUGUCAGCGCUCGUGCAUAGUUUUCCGGAAAGCAAAGCAAAGCUG------------------CGAGUU
--......(((((((.((..(((((((((..---.(((((........))))).))))).))))...(((((....)))))...)).)))).)------------------)).... ( -32.10)
>DroPse_CAF1 31709 104 - 1
--UCCACCAGAGCCAGGACCC--GAGCGCGAAGAAGACAUGACAAAUGAUGUCAGCGCUCGUGCAUAGUU-UCCGGAUACUACUCGUAGACGGGGA-----UGGGG--AUGGGGAU-
--(((.(((...((......(--((((((......(((((........))))).)))))))......((.-.(((..(((.....)))..)))..)-----)..))--.)))))).- ( -37.70)
>DroSec_CAF1 32411 94 - 1
--GCCUCACGCGCUUCGCCCGCACAGCGCGC---AGACAUGACAAAUGAUGUCAGCGCUCGUGCAUAGUUUUCCGGAAAGCAAAGGAAAGCUG------------------UGAGUU
--..((((((((...)))..(((((((((..---.(((((........))))).))))).))))..((((((((..........)))))))))------------------)))).. ( -37.00)
>DroSim_CAF1 32263 94 - 1
--GCCUUACGCGCUUCGCCCGCACAGCGCGC---AGACAUGACAAAUGAUGUCAGCGCUCGUGCAUAGUUUUCCGGAAAGCAAAGGAAAGCUG------------------GGAGUU
--((.....))(((((....(((((((((..---.(((((........))))).))))).)))).(((((((((..........)))))))))------------------))))). ( -35.40)
>DroYak_CAF1 33120 102 - 1
--GCCUUACGCGCUUCGCCCGCACAGCGCAG---AGACAUGACAAAUGAUGUCAGCGCUCGUGCAUAGUUUU-CGGAGAGCAAAGGAAAGCCGGGA---------AAGCGAGGAGUU
--..(((...(((((..((((((((((((..---.(((((........))))).))))).))))...(((((-(...........)))))).))).---------)))))..))).. ( -36.70)
>DroAna_CAF1 31103 109 - 1
CUGCCUCACGCUUUUCGCCCGCACCGAGCGC---AGACAUGACAAAUGAUGUCAGCGCUCGUGCAUAGUUUUCCGGAAAGGAAAACACAGAGGG--GGAAACCGGA--CCGGGGGU-
..(((((...((((((.(((((((.((((((---.(((((........))))).))))))))))...(((((((.....))))))).....)))--.))))..)).--...)))))- ( -49.60)
>consensus
__GCCUCACGCGCUUCGCCCGCACAGCGCGC___AGACAUGACAAAUGAUGUCAGCGCUCGUGCAUAGUUUUCCGGAAAGCAAAGGAAAGCUG__________________GGAGUU
..((.....))(((......(((((((((......(((((........))))).))))).))))...(((((....))))).......))).......................... (-15.41 = -15.92 +   0.51) 

Postscript

Postscript

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:48:28 2006