Locus 3234

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	9,291,493 – 9,291,631
Length	138
Max. P	0.920751

overview

Window 7

Location	9,291,493 – 9,291,594
Length	101
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.60
Mean single sequence MFE	-41.71
Consensus MFE	-29.59
Energy contribution	-30.12
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-1.49
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	1.14
SVM RNA-class probability	0.920751
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9291493 101 - 22407834
GCCAAAGGACGAACAGGAGCAGCUGCAUCAGUAGCGGCCAUUGCUGCAGCUCGUACCGCGUCCUUCGCACCAGUUGCUGCAGACGUUGAAUGCUCC-GCUUG---
...............(((((((((((.......)))))((.(((((((((.......(((.....))).......))))))).)).))..))))))-.....--- ( -35.64)
>DroVir_CAF1 182278 92 - 1
GCCACAGGACGAGCACCACCAGCUGCAUGAGCAGCGGCCACUGUUGUAGCUCGUGGCGUGUGCGACGCUUCAGUUGCUGGAGGCG---------CC-CCUUG---
....((((..(.((.((.(((((..(((((((.(((((....))))).)))))))((((.....)))).......))))).)).)---------))-.))))--- ( -36.40)
>DroPse_CAF1 143205 98 - 1
GCCAGAGGACCAGCAGCAGCAGCUGCAUGAGCAUCGGCCACUGCUGCAGCUCGUGCUGCGUGCGACGCUUCAGCUGUUGGAGGCGACUCGGGCGCC-GG------
(((.(((..((((((((.(((((.((((((((..((((....))))..)))))))).)).)))((....)).))))))))......))).)))...-..------ ( -46.90)
>DroYak_CAF1 129067 101 - 1
GCCAAAGCACGAACAGGAGCAGCUGCAUCAGCAGCGGCCACUGCUGCAGCUCGUGCCGCGUCCUUCGCACCAGUUGCUGCAGUCGGCGAACGCUCC-GCUUU---
...(((((.......(((((.(((((....))))).((((((((.((((((.((((..........)))).)))))).))))).)))....)))))-)))))--- ( -47.71)
>DroAna_CAF1 121482 102 - 1
GCCACAGGACAAACAGCAGCAGUUGCAUGAGCAGCGGCCAUUGCUGCAGCUCGUACCGUGUCCUUCGCUUCAGCUGCUGCAACCG---ACUGCUCCCGCCUAUCC
.....(((.......((((((((((.((((((.(((((....))))).))))))...(((.....)))..))))))))))...((---........))))).... ( -36.70)
>DroPer_CAF1 143765 98 - 1
GCCAGAGGACCAGCAGCAGCAGCUGCAUGAGCAUCGGCCACUGCUGCAGCUCGUGCUGCGUGCGACGCUUCAGCUGUUGGAGGCGACUCGGGCGCC-GG------
(((.(((..((((((((.(((((.((((((((..((((....))))..)))))))).)).)))((....)).))))))))......))).)))...-..------ ( -46.90)
>consensus
GCCAAAGGACGAACAGCAGCAGCUGCAUGAGCAGCGGCCACUGCUGCAGCUCGUGCCGCGUCCGACGCUUCAGCUGCUGCAGGCG_C_AAGGCUCC_GCUU____
...............(((((((((((((((((.(((((....))))).)))))))..(((.....)))..))))))))))......................... (-29.59 = -30.12 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	9,291,514 – 9,291,631
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.95
Mean single sequence MFE	-44.63
Consensus MFE	-23.80
Energy contribution	-23.42
Covariance contribution	-0.38
Combinations/Pair	1.46
Mean z-score	-1.79
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	0.13
SVM RNA-class probability	0.599465
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9291514 117 - 22407834
---ACCUGUUCGUUGACCAGCUGCCAGAACUUGGCAUUUAGCCAAAGGACGAACAGGAGCAGCUGCAUCAGUAGCGGCCAUUGCUGCAGCUCGUACCGCGUCCUUCGCACCAGUUGCUGC
---.((((((((((.....((((((((...)))))....))).....))))))))))((((((((.((.(((.(((((....))))).))).))...(((.....)))..)))))))).. ( -46.40)
>DroVir_CAF1 182290 120 - 1
AGGAUCUGCUCGUUCACGAUCUGCCAGAAUUUGCCAUGCAGCCACAGGACGAGCACCACCAGCUGCAUGAGCAGCGGCCACUGUUGUAGCUCGUGGCGUGUGCGACGCUUCAGUUGCUGG
......(((((((((.....((((.............)))).....)))))))))(((.(((((((((((((.(((((....))))).)))))))((((.....))))..)))))).))) ( -46.32)
>DroWil_CAF1 225914 117 - 1
---ACCUGCUCGUUCACGAUCUGCCAGAAUUUGCCAUGCAGCCAAAUAACAAGAACCACCAAUUGCAUUAGCAAUGGCCAUUGCUGCAGUUCGUAUUGGGUUCUUCGCUUCAAUUGCUGC
---..(((((((....)))...).)))..........(((((........(((((((((.(((((((...(((((....)))))))))))).))....)))))))..........))))) ( -27.47)
>DroMoj_CAF1 223497 120 - 1
AGUAUCUGCUCGCGCACAAUCUGCCAGAACUUGGCGUGCAGCCAGACGAGCAGCACCACCAGCUGCAUGAGCAGCGGCCACUGUUGCAGUUCGUGACGUGUGCGACGCUUCAGCUGCUGC
((((.((((((((((((.............(((((.....)))))((((((.(((.((((.(((((....)))))))....)).))).))))))...)))))))).))...)).)))).. ( -45.80)
>DroAna_CAF1 121504 117 - 1
---ACCUGCUCGUUGACCAACUGCCAGAACUUGGCAUUCAGCCACAGGACAAACAGCAGCAGUUGCAUGAGCAGCGGCCAUUGCUGCAGCUCGUACCGUGUCCUUCGCUUCAGCUGCUGC
---.((((...(((((.....((((((...)))))).)))))..)))).......((((((((((.((((((.(((((....))))).))))))...(((.....)))..)))))))))) ( -47.70)
>DroPer_CAF1 143783 117 - 1
---ACCUGCUCGUCGACGAUCCGCCAGAAGCGGGCGUUCAGCCAGAGGACCAGCAGCAGCAGCUGCAUGAGCAUCGGCCACUGCUGCAGCUCGUGCUGCGUGCGACGCUUCAGCUGUUGG
---.(((.((.((.((((.(((((.....)))))))))..)).))))).((((((((.(((((.((((((((..((((....))))..)))))))).)).)))((....)).)))))))) ( -54.10)
>consensus
___ACCUGCUCGUUCACGAUCUGCCAGAACUUGGCAUGCAGCCAAAGGACAAGCACCACCAGCUGCAUGAGCAGCGGCCACUGCUGCAGCUCGUACCGUGUGCGACGCUUCAGCUGCUGC
........................(((...(((((.....)))))..............((((((.((((((.(((((....))))).))))))...(((.....)))..))))))))). (-23.80 = -23.42 +  -0.38)

alignment

secondary structure

dotplot

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