Locus 3164

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	9,056,337 – 9,056,447
Length	110
Max. P	0.998728

overview

Window 1

Location	9,056,337 – 9,056,447
Length	110
Sequences	5
Columns	110
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.64
Mean single sequence MFE	-34.12
Consensus MFE	-32.36
Energy contribution	-32.96
Covariance contribution	0.60
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.18
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	3.20
SVM RNA-class probability	0.998728
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9056337 110 + 22407834
UCAGCUUGGACACAAAUUAGCGUCGGUUCUGCUGGCUUUUCUGUACGCUUAUGAAAAGUAUCUCGUGGAUCUUUUGUAUUUUUGAUGAGGUGCUCAGAGCCAUCAGAGCU
........(((.(......).)))(((((((.(((((((...((((.(((((.((((((((..............)))))))).)))))))))..))))))).))))))) ( -35.44)
>DroSec_CAF1 50234 110 + 1
UCAGCUUGGACACAAAUUAGCGUCGGUUCUGCUGGCUUUUCUGUACUCUUAUGAAAAGUAUCUCGUGGAUCUUUUGUAUUUUUGAUGAGGUGCUCAGAGCCAUCAGAGCU
........(((.(......).)))(((((((.(((((((...((((.(((((.((((((((..............)))))))).)))))))))..))))))).))))))) ( -35.44)
>DroSim_CAF1 55797 109 + 1
UCAGCUUGGAC-CAAAUUAGCGUCGGUUCUGCUGGCUUUUCUGUACGCUUAUGAAAAGUAUCUCGUGGAUCUUUUGUAUUUUUGAUGAGGUGCUCAGAGCCAUCAGAGCU
........(((-(......).)))(((((((.(((((((...((((.(((((.((((((((..............)))))))).)))))))))..))))))).))))))) ( -34.54)
>DroEre_CAF1 52597 110 + 1
UCAGCUUGGACACAAAUUAGCGUCGGUCCGGCUGGCUUUUCUGUACGCUUAUGAAAAGUAUCUCGUGGAUCUUUUGUAUUUUUGAUGAGGUGCUCAGAGCCAUCAGAGCU
..(((((((((((........))..))))((.(((((((...((((.(((((.((((((((..............)))))))).)))))))))..))))))))).))))) ( -32.24)
>DroYak_CAF1 51678 110 + 1
UCAGCUUGGACACAAAUUAGCGUCGGUCCUGCUGGCUUUUUUGUACGCUUAUGAAAAGUAUCUCGUGGAUCUUUUGUAUUUUUGAUGAGGUGCACAGAGCCAUCAGAGCU
..((((..(((.(......).)))....(((.(((((((..(((((.(((((.((((((((..............)))))))).)))))))))).))))))).))))))) ( -32.94)
>consensus
UCAGCUUGGACACAAAUUAGCGUCGGUUCUGCUGGCUUUUCUGUACGCUUAUGAAAAGUAUCUCGUGGAUCUUUUGUAUUUUUGAUGAGGUGCUCAGAGCCAUCAGAGCU
........(((.(......).)))(((((((.(((((((...((((.(((((.((((((((..............)))))))).)))))))))..))))))).))))))) (-32.36 = -32.96 +   0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	9,056,337 – 9,056,447
Length	110
Sequences	5
Columns	110
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.64
Mean single sequence MFE	-24.44
Consensus MFE	-21.92
Energy contribution	-22.28
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.27
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	0.01
SVM RNA-class probability	0.539744
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9056337 110 - 22407834
AGCUCUGAUGGCUCUGAGCACCUCAUCAAAAAUACAAAAGAUCCACGAGAUACUUUUCAUAAGCGUACAGAAAAGCCAGCAGAACCGACGCUAAUUUGUGUCCAAGCUGA
(((((((.((((((((.((.....(((............)))....((((....))))....))...))))...)))).))))...(((((......)))))...))).. ( -25.40)
>DroSec_CAF1 50234 110 - 1
AGCUCUGAUGGCUCUGAGCACCUCAUCAAAAAUACAAAAGAUCCACGAGAUACUUUUCAUAAGAGUACAGAAAAGCCAGCAGAACCGACGCUAAUUUGUGUCCAAGCUGA
(((((((.((((((((.....((((((............)))....))).((((((.....))))))))))...)))).))))...(((((......)))))...))).. ( -25.90)
>DroSim_CAF1 55797 109 - 1
AGCUCUGAUGGCUCUGAGCACCUCAUCAAAAAUACAAAAGAUCCACGAGAUACUUUUCAUAAGCGUACAGAAAAGCCAGCAGAACCGACGCUAAUUUG-GUCCAAGCUGA
(((((((.((((((((.((.....(((............)))....((((....))))....))...))))...)))).))))(((((.......)))-))....))).. ( -21.60)
>DroEre_CAF1 52597 110 - 1
AGCUCUGAUGGCUCUGAGCACCUCAUCAAAAAUACAAAAGAUCCACGAGAUACUUUUCAUAAGCGUACAGAAAAGCCAGCCGGACCGACGCUAAUUUGUGUCCAAGCUGA
(((((((.((((((((.((.....(((............)))....((((....))))....))...))))...))))..))))..(((((......)))))...))).. ( -24.10)
>DroYak_CAF1 51678 110 - 1
AGCUCUGAUGGCUCUGUGCACCUCAUCAAAAAUACAAAAGAUCCACGAGAUACUUUUCAUAAGCGUACAAAAAAGCCAGCAGGACCGACGCUAAUUUGUGUCCAAGCUGA
(((((((.(((((.(((((.....(((............)))....((((....))))......)))))....))))).)))....(((((......)))))..)))).. ( -25.20)
>consensus
AGCUCUGAUGGCUCUGAGCACCUCAUCAAAAAUACAAAAGAUCCACGAGAUACUUUUCAUAAGCGUACAGAAAAGCCAGCAGAACCGACGCUAAUUUGUGUCCAAGCUGA
(((((((.((((((((.((.....(((............)))....((((....))))......)).)))...))))).))))...(((((......)))))...))).. (-21.92 = -22.28 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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