Locus 3146

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 8,970,886 – 8,970,998
Length 112
Max. P 0.973795
window4998

overview

Window 8

Location 8,970,886 – 8,970,998
Length 112
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.69
Mean single sequence MFE -40.44
Consensus MFE -18.02
Energy contribution -18.67
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -3.21
Structure conservation index 0.45
SVM decision value 1.72
SVM RNA-class probability 0.973795
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8970886 112 + 22407834
UUCCGGGUCUGCCGGGAACAUGUCCGUUCAUCAUCUGACCGUGGGGUUUUCCACUCCCCACGGCGCUUCCGCGAUUUUUCAGAUGACCGUUCAUCAUGCUCACGUGGUGACU
..((((.....))))((((......)))).((((((((((((((((.........))))))))(((....))).....))))))))....((((((((....)))))))).. ( -46.80)
>DroVir_CAF1 30296 112 + 1
UGCCAGGUCGUCCAGCCACAUGUCCGUUCAUCAUUUGUGUGGGUCUCUUAGCGCUAACCAGAGCACUGCCCCGACUCUUCAGAUGGCCAUUCAUCAUGCUAACAUGAUGACU
.....(((((((...(((((((.............)))))))(((...(((.(((......))).)))....)))......)))))))..((((((((....)))))))).. ( -33.02)
>DroPse_CAF1 24269 112 + 1
UGCCUGGUCUACCAGGCACAUGACCAUUCAUCAUUUGGGAGGGAUUUUUGCCACUGACGAGGGCACUGCCCCGAUUCUUGAGAUGUCCAUUCAUCAUGCUCACAUGAUGACU
(((((((....))))))).........(((((((.((((.(((.....((((.((....))))))....))).........((((......))))...)))).))))))).. ( -38.70)
>DroWil_CAF1 90091 112 + 1
UAUCAGGUCUACCUGGUACAUGACCAUUCAUCAUUUGUGUUGGCUUCUUGCCACCGGCAAGAGCACUUCCACGAUUCUUGAGAUGUCCAUUCAUCAUGCUAACAUGAUGACU
(((((((....))))))).(((..((((((....(((((..((.((((((((...))))))))..))..)))))....))).)))..)))((((((((....)))))))).. ( -37.80)
>DroMoj_CAF1 29067 112 + 1
UGCCAGGUCGUCCGGCCACAUGACCGUUCAUCAUUUGGUUGGGCCGCUUAGCGUUCAGCUGGGCGCUGCCGCGACUCUUGAUAUGGCCAUUCAUCAUGCUCACAUGAUGGCU
.((((.((((((((((((.((((.......)))).)))))))))(((.((((((((....))))))))..)))......))).))))...((((((((....)))))))).. ( -47.00)
>DroPer_CAF1 24347 112 + 1
UGCCUGGUCUACCAGGCACAUGACCAUUCAUCAUUUGGGAGGGAUUCUUGCCACUGACGAGGGCACUGCCCCGAUUCUUGAGAUGUCCAUUCAUCAUGCUCACAUGAUGACU
(((((((....))))))).(((..((((((....(((((.((..((((((.......))))))..))..)))))....))).)))..)))((((((((....)))))))).. ( -39.30)
>consensus
UGCCAGGUCUACCAGGCACAUGACCAUUCAUCAUUUGGGUGGGAUUCUUGCCACUGACCAGGGCACUGCCCCGAUUCUUGAGAUGUCCAUUCAUCAUGCUCACAUGAUGACU
((((.((....)).((((.....(((((((.....)))))))......)))).........)))).........................((((((((....)))))))).. (-18.02 = -18.67 +   0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:45:24 2006