Locus 3139

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 8,928,180 – 8,928,333
Length 153
Max. P 0.734329
window4987 window4988 window4989

overview

Window 7

Location 8,928,180 – 8,928,300
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.22
Mean single sequence MFE -41.25
Consensus MFE -30.95
Energy contribution -30.82
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.628462
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8928180 120 + 22407834
CACAUCGCUGAUUAUGAGAACCAUGCGAUCGGCCAGUGAAUUCGAUGAGGCCAUGCGUCGUCUGAGCAUAGCUUCGAUUGAGUCCGCCUUGGUUCAACCAACAAUAGUGGUGCCCACGCC
..((((((((....((.((((((.((.....))..(((.((((((((((((.((((.((....)))))).))))).))))))).)))..))))))...))....))))))))........ ( -35.90)
>DroVir_CAF1 109203 120 + 1
CACAUCGCUUAUUAUGAAAACAAUGCGCUCGGCGAGCGAAUUCGAUGAGGCCAUGCGUCGCCUGAGCAUAGCCUCAAUCGAGUCCGCUUUGAUACAGCCCACAAUUGUGGUUCCCACGCC
......((.((((.(....).)))).))..((((((((.((((((((((((.((((.((....)))))).))))).))))))).))))..........((((....))))......)))) ( -41.80)
>DroGri_CAF1 108894 120 + 1
CACAUCGCUCAUAAUGAAAACAAUGCGCUCCGCAAGCGAAUUCGAUGAGGCCAUGCGCCGCUUGAGCAUAGCCUCAAUCGAGUCCGCACUUAUCCAGCCCACAAUUGUGGUGCCCACGCC
......((.(((..(....)..))).))...((..(((.((((((((((((.((((.........)))).))))).))))))).))).........((((((....)))).))....)). ( -40.20)
>DroWil_CAF1 202248 120 + 1
CACAUCAUUGAUAAUGAAAACCAUGCGAUCAGCAAGCGAAUUCGAUGAGGCCAUGCGUCGUCUGAGCAUAGCCUCAAUCGAGUCCGCAUUGAUUCAACCCACGAUACUAGUGCCUAGGCC
...(((.(((((.(((.....)))...)))))((((((.((((((((((((.((((.((....)))))).))))).))))))).))).)))...........))).((((...))))... ( -35.50)
>DroMoj_CAF1 173059 120 + 1
GACAUCGUUGAUAAUGAAAACCAUGCGAUCGGCAAGUGAAUUCGAUGAGGCAAUGCGUCGAUUGAGCAUUGCCUCGAUCGAGUCCGCUCUGAUACAGCCCACGAUUGUGGUGCCGACGCC
....((((.....)))).......(((.((((((((((.(((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))))).))))..........((((....))))))))))))). ( -49.40)
>DroAna_CAF1 140197 120 + 1
CACGUCCCUUAUAAUGCGCACCAUGCGCUCGGCCAGCGAAUUCGAUGAGGCCAUGCGGCGCCUGAGCAUAGCUUCGAUUGAGUCCGCCCUGGUCCAGCCGACGAUCGUGGUGCCCACGCC
..((((.........((((.....))))..((((((((.((((((((((((.((((.........)))).))))).))))))).)))..))))).....))))..(((((...))))).. ( -44.70)
>consensus
CACAUCGCUGAUAAUGAAAACCAUGCGAUCGGCAAGCGAAUUCGAUGAGGCCAUGCGUCGCCUGAGCAUAGCCUCAAUCGAGUCCGCACUGAUACAGCCCACAAUUGUGGUGCCCACGCC
........................(((...(((..(((.((((((((((((.((((.........)))).)))))).)))))).))).........(((.((....))))))))..))). (-30.95 = -30.82 +  -0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 8,928,180 – 8,928,300
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.22
Mean single sequence MFE -47.02
Consensus MFE -35.47
Energy contribution -37.00
Covariance contribution 1.53
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.32
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.43
SVM RNA-class probability 0.734329
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8928180 120 - 22407834
GGCGUGGGCACCACUAUUGUUGGUUGAACCAAGGCGGACUCAAUCGAAGCUAUGCUCAGACGACGCAUGGCCUCAUCGAAUUCACUGGCCGAUCGCAUGGUUCUCAUAAUCAGCGAUGUG
...((((...))))(((((((((((((((((..((((........((.(((((((((....)).))))))).)).(((...........))))))).))))))....))))))))))).. ( -38.20)
>DroVir_CAF1 109203 120 - 1
GGCGUGGGAACCACAAUUGUGGGCUGUAUCAAAGCGGACUCGAUUGAGGCUAUGCUCAGGCGACGCAUGGCCUCAUCGAAUUCGCUCGCCGAGCGCAUUGUUUUCAUAAUAAGCGAUGUG
((((......((((....))))..........((((((.(((((.((((((((((((....)).))))))))))))))).))))))))))...((((((((((.......)))))))))) ( -54.40)
>DroGri_CAF1 108894 120 - 1
GGCGUGGGCACCACAAUUGUGGGCUGGAUAAGUGCGGACUCGAUUGAGGCUAUGCUCAAGCGGCGCAUGGCCUCAUCGAAUUCGCUUGCGGAGCGCAUUGUUUUCAUUAUGAGCGAUGUG
.((((.(((.((((....))))))).)......(((((.(((((.((((((((((.(.....).))))))))))))))).))))).)))....((((((((((.......)))))))))) ( -52.60)
>DroWil_CAF1 202248 120 - 1
GGCCUAGGCACUAGUAUCGUGGGUUGAAUCAAUGCGGACUCGAUUGAGGCUAUGCUCAGACGACGCAUGGCCUCAUCGAAUUCGCUUGCUGAUCGCAUGGUUUUCAUUAUCAAUGAUGUG
.((....)).....((((((.(((.((((((..(((((.(((((.((((((((((((....)).))))))))))))))).))))).(((.....))))))))).....))).)))))).. ( -44.80)
>DroMoj_CAF1 173059 120 - 1
GGCGUCGGCACCACAAUCGUGGGCUGUAUCAGAGCGGACUCGAUCGAGGCAAUGCUCAAUCGACGCAUUGCCUCAUCGAAUUCACUUGCCGAUCGCAUGGUUUUCAUUAUCAACGAUGUC
.((((((((.((((....)))).........(((.(((.(((((.((((((((((((....)).))))))))))))))).))).)))))))).))).((((.......))))........ ( -49.70)
>DroAna_CAF1 140197 120 - 1
GGCGUGGGCACCACGAUCGUCGGCUGGACCAGGGCGGACUCAAUCGAAGCUAUGCUCAGGCGCCGCAUGGCCUCAUCGAAUUCGCUGGCCGAGCGCAUGGUGCGCAUUAUAAGGGACGUG
...(((.((((((....((((((((.......((((((.((.((.((.(((((((.........))))))).)))).)).)))))))))))).))..)))))).)))............. ( -42.41)
>consensus
GGCGUGGGCACCACAAUCGUGGGCUGAAUCAAAGCGGACUCGAUCGAGGCUAUGCUCAGGCGACGCAUGGCCUCAUCGAAUUCGCUUGCCGAGCGCAUGGUUUUCAUUAUCAGCGAUGUG
(((...(((.((((....)))))))........(((((.(((((.((((((((((((....)).))))))))))))))).)))))..)))...(((((.(((.........))).))))) (-35.47 = -37.00 +   1.53)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 8,928,220 – 8,928,333
Length 113
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.18
Mean single sequence MFE -45.10
Consensus MFE -33.28
Energy contribution -33.87
Covariance contribution 0.59
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.36
SVM RNA-class probability 0.705722
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8928220 113 - 22407834
-------CCCUCCUCCUGGUAGCUGUGCGAUCGCAGCAUGGGCGUGGGCACCACUAUUGUUGGUUGAACCAAGGCGGACUCAAUCGAAGCUAUGCUCAGACGACGCAUGGCCUCAUCGAA
-------...(((.((((((.((((((....)))))).(((((....)).)))..............))).))).))).....((((.(((((((((....)).)))))))....)))). ( -37.30)
>DroVir_CAF1 109243 113 - 1
-------CUCUCCUCCUGAUAGCUAUGCGAGCGCAACAUGGGCGUGGGAACCACAAUUGUGGGCUGUAUCAAAGCGGACUCGAUUGAGGCUAUGCUCAGGCGACGCAUGGCCUCAUCGAA
-------...((((((((...(((.(((....))).....))).))))).((((....))))(((.......)))))).(((((.((((((((((((....)).))))))))))))))). ( -44.90)
>DroGri_CAF1 108934 113 - 1
-------CUCUCCUCCUGAUAGCUGUGCGAGCGCAACAUUGGCGUGGGCACCACAAUUGUGGGCUGGAUAAGUGCGGACUCGAUUGAGGCUAUGCUCAAGCGGCGCAUGGCCUCAUCGAA
-------...(((.(((..(((((((((..((((.......))))..))))(((....))))))))....)).).))).(((((.((((((((((.(.....).))))))))))))))). ( -47.20)
>DroWil_CAF1 202288 120 - 1
UGUUCUAGUAUCCUCCUGGUAACUGUGCGAGCGAAUCAUUGGCCUAGGCACUAGUAUCGUGGGUUGAAUCAAUGCGGACUCGAUUGAGGCUAUGCUCAGACGACGCAUGGCCUCAUCGAA
.((((((((..((....))..)))).....(((.....(..(((((.(.........).)))))..).....)))))))(((((.((((((((((((....)).))))))))))))))). ( -40.40)
>DroMoj_CAF1 173099 113 - 1
-------CCCUCCUCCUGAUAGCUGUGCGAGCGCAACAUGGGCGUCGGCACCACAAUCGUGGGCUGUAUCAGAGCGGACUCGAUCGAGGCAAUGCUCAAUCGACGCAUUGCCUCAUCGAA
-------...(((.((((((((((.(((....))).....)))..((((.((((....)))))))))))))).).))).(((((.((((((((((((....)).))))))))))))))). ( -50.20)
>DroPer_CAF1 195620 113 - 1
-------GUCUCCUCCUGGUAGCUGUGGGAGCGCAGCAUCGGCGUGGGUACUACAAUGGAGGGCUGGAUCAGGGCGGACUCGAUCGAGGCAAUGCUCAGGCGUCGCAUUGCCUCAUCGAA
-------((((.(.((((((.((((((....)))))).(((((.(.....(......)..).)))))))))))).))))(((((.((((((((((.........))))))))))))))). ( -50.60)
>consensus
_______CUCUCCUCCUGAUAGCUGUGCGAGCGCAACAUGGGCGUGGGCACCACAAUUGUGGGCUGAAUCAAAGCGGACUCGAUCGAGGCUAUGCUCAGGCGACGCAUGGCCUCAUCGAA
..........(((...((((((((((((..((((.......))))..))))(((....)))))))..))))....))).(((((.((((((((((((....)).))))))))))))))). (-33.28 = -33.87 +   0.59)

alignment

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