Locus 3118

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	8,866,936 – 8,867,040
Length	104
Max. P	0.886166

overview

Window 7

Location	8,866,936 – 8,867,040
Length	104
Sequences	6
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.48
Mean single sequence MFE	-34.73
Consensus MFE	-21.18
Energy contribution	-23.27
Covariance contribution	2.09
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.87
SVM RNA-class probability	0.871895
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8866936 104 + 22407834
GCAUCAGUCAUGCGGCCAAGAUAUACGGACUUAGUGUGAUCCUGGCCGCCAUCGCAUUGACACAGUGGAUCAUUAUAGGUUACA---CCCAUAUGCUGAGCCACAGC
((....((((.(((((((.(((((((.......)))).))).)))))))........))))...((((.(((.((((((.....---.)).)))).))).)))).)) ( -34.40)
>DroVir_CAF1 21938 107 + 1
ACAUACGUCACGGCAUGCGCAUCUACUUGUUGAGUGCGGUCUUUGCCGCAGUUGCGCUACUCCAGUGGAUCAUAAUUGGAUACUUCUCGGACUGGCGCAAGCAUAAA
......(((.(((...(((((.((((((...))))(((((....))))))).)))))...((((((........))))))......))))))..((....))..... ( -32.50)
>DroSec_CAF1 77168 104 + 1
GCAUCAGUCAUGCGGCCAAGAUAUACGGACUUAGUGUAAUCCUGGCUGCCAUCGCAUUGACGCAGUGGAUCAUUAUAGGUAACA---CCCAUAUGCUGAGCCACAGC
((.(((((((((((((((.(((((((.......)))).))).)))))).))).).))))).)).((((.(((.((((((.....---.)).)))).))).))))... ( -35.10)
>DroSim_CAF1 75667 104 + 1
GCAUCAGUCAUGCGGCCAAGAUAUACGGACUUAGUGUAAUCCUGGCUGCCAUCGCAUUGACGCAGUGGAUCAUUAUAGGUUACA---CCCAUAUGCUGAGCCACAGC
((.(((((((((((((((.(((((((.......)))).))).)))))).))).).))))).)).((((.(((.((((((.....---.)).)))).))).))))... ( -35.10)
>DroEre_CAF1 81394 104 + 1
GCAUCAGUCAUGCGGCCAAGAUAUACGGACUCAGCGUGAUCCUGGCCGCCAUCGCAUUGACGCAGUGGAUCAUCAUAGGCUCCA---CCCAUUUGCUGAGCCACAGC
((.(((((((((((((((.(((.((((.......))))))).)))))).))).).))))).)).((((.(((.((..((.....---.))...)).))).))))... ( -35.90)
>DroYak_CAF1 79402 104 + 1
GCAUCAGUCAUGCGGCCAAGAUAUACGGACUAAGUGCCAUCCUGGCCGCCAUCGCAUUGACGCAGUGGCUCAUCAUUGGCUCCA---CCGAGUUGCUGACCCACAAC
((.(((((((((((((((.(((.(((.......)))..))).)))))).))).).))))).)).((((.(((.((...((((..---..)))))).))).))))... ( -35.40)
>consensus
GCAUCAGUCAUGCGGCCAAGAUAUACGGACUUAGUGUGAUCCUGGCCGCCAUCGCAUUGACGCAGUGGAUCAUUAUAGGUUACA___CCCAUAUGCUGAGCCACAGC
((.(((((((((((((((.(((((((.......)))).))).))))))).)).).))))).)).((((.(((.(((.((........)).)))...))).))))... (-21.18 = -23.27 +   2.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	8,866,936 – 8,867,040
Length	104
Sequences	6
Columns	107
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.48
Mean single sequence MFE	-37.83
Consensus MFE	-22.68
Energy contribution	-24.43
Covariance contribution	1.76
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-2.04
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.94
SVM RNA-class probability	0.886166
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8866936 104 - 22407834
GCUGUGGCUCAGCAUAUGGG---UGUAACCUAUAAUGAUCCACUGUGUCAAUGCGAUGGCGGCCAGGAUCACACUAAGUCCGUAUAUCUUGGCCGCAUGACUGAUGC
...((((.(((...((((((---.....)))))).))).)))).((((((...((...(((((((((((...((.......))..))))))))))).))..)))))) ( -37.70)
>DroVir_CAF1 21938 107 - 1
UUUAUGCUUGCGCCAGUCCGAGAAGUAUCCAAUUAUGAUCCACUGGAGUAGCGCAACUGCGGCAAAGACCGCACUCAACAAGUAGAUGCGCAUGCCGUGACGUAUGU
..((((((..(((((((..((...(((......)))..)).))))).((((((((.((((((......))))(((.....))))).))))).)))))..).))))). ( -30.40)
>DroSec_CAF1 77168 104 - 1
GCUGUGGCUCAGCAUAUGGG---UGUUACCUAUAAUGAUCCACUGCGUCAAUGCGAUGGCAGCCAGGAUUACACUAAGUCCGUAUAUCUUGGCCGCAUGACUGAUGC
((.((((.(((...((((((---.....)))))).))).)))).))((((.((((......(((((((((((.........))).))))))))))))))))...... ( -37.50)
>DroSim_CAF1 75667 104 - 1
GCUGUGGCUCAGCAUAUGGG---UGUAACCUAUAAUGAUCCACUGCGUCAAUGCGAUGGCAGCCAGGAUUACACUAAGUCCGUAUAUCUUGGCCGCAUGACUGAUGC
((.((((.(((...((((((---.....)))))).))).)))).))((((.((((......(((((((((((.........))).))))))))))))))))...... ( -37.50)
>DroEre_CAF1 81394 104 - 1
GCUGUGGCUCAGCAAAUGGG---UGGAGCCUAUGAUGAUCCACUGCGUCAAUGCGAUGGCGGCCAGGAUCACGCUGAGUCCGUAUAUCUUGGCCGCAUGACUGAUGC
...((((.(((....(((((---.....)))))..))).)))).((((((...((...(((((((((((.(((.......)))..))))))))))).))..)))))) ( -41.80)
>DroYak_CAF1 79402 104 - 1
GUUGUGGGUCAGCAACUCGG---UGGAGCCAAUGAUGAGCCACUGCGUCAAUGCGAUGGCGGCCAGGAUGGCACUUAGUCCGUAUAUCUUGGCCGCAUGACUGAUGC
...((.((((((((((.(((---(((..(.......)..)))))).))...)))....((((((((((((..((.......)).)))))))))))).))))).)).. ( -42.10)
>consensus
GCUGUGGCUCAGCAAAUGGG___UGUAACCUAUAAUGAUCCACUGCGUCAAUGCGAUGGCGGCCAGGAUCACACUAAGUCCGUAUAUCUUGGCCGCAUGACUGAUGC
((.((((.(((...((((((........)))))).))).)))).))((((.((((......((((((((...((.......))..))))))))))))))))...... (-22.68 = -24.43 +   1.76)

alignment

secondary structure

dotplot

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