| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 8,706,058 – 8,706,178 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.557793 |
| Location | 8,706,058 – 8,706,178 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 83.78 |
| Mean single sequence MFE | -46.81 |
| Consensus MFE | -31.07 |
| Energy contribution | -30.93 |
| Covariance contribution | -0.13 |
| Combinations/Pair | 1.43 |
| Mean z-score | -2.20 |
| Structure conservation index | 0.66 |
| SVM decision value | 0.05 |
| SVM RNA-class probability | 0.557793 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 8706058 120 + 22407834 AUACGGUACGUGAACAGCGCGGAUUUGCCGUCAAAUUCUACACCGACGACGGCAUCUGGGACAUUGUGGGUUGCAACAUGCCCGUGCAUUAUGUCCGGGAUCCCAUGUUGUUCCCCAGCU .((((...))))...(((.((((..(((((((...............)))))))))))........((((..((((((((((((..(.....)..))))....))))))))..))))))) ( -42.76) >DroPse_CAF1 30284 120 + 1 ACACCAUCCGGGAGCAGCGGGGCUUCGCCGUCAAGUUCUACACGGACGACGGCAUCUGGGACAUUGUGGGCUGCAACAUGCCCGUCUACUACGUGCGCGAUCCUUCGCUGUUCCCCAGCC .........(((((((((((((..((((((((..((((.....))))))))((((.((((((.....((((........)))))))..))).))))))))..)))))))))))))..... ( -52.00) >DroEre_CAF1 21099 120 + 1 AUACGGUGCGUGAACAGCGUGGAUUUGCCGUCAAAUUCUACACGGACGACGGCAUCUGGGACAUUGUGGGCUGCAACAUGCCCGUGCAUUAUGUCCGGGAUCCCAUGCUGUUCCCCAGCC ....(((....(((((((((((...(((((((...(((.....))).)))))))(((.(((((((((((((........))))..)))..)))))).)))..)))))))))))....))) ( -54.50) >DroWil_CAF1 23697 120 + 1 AUACGGUGAGGGAGCAGCGGGGAUUCUCCGUCAAGUUCUACACGGAUGAUGGAAUCUGGGAUAUUGUUGGUUGCAAUAUGCCUGUAUACUAUGUAAGAGAUCCAUCUUUGUUUCCCAGCU ....(.((.((((((((.((((((.(((...(((((..(((((((((......)))))(((((((((.....))))))).)))))).))).))...))))))).)).)))))))))).). ( -36.80) >DroAna_CAF1 17326 120 + 1 AUACGGUGCGAGAGCAGCGAGGAUUCUCCCUGAAGUUCUACACGGACGACGGCAUCUGGGACAUUGUGGGCUGCAACAUGCCAGUGUACUAUUUGAGGGAUCCCUCAUUGUUCCCCAGCC ...((.(((....))).))(((......)))...((((.....))))...(((....((((((..(((.(((((.....).)))).)))....(((((....))))).))))))...))) ( -39.10) >DroPer_CAF1 27235 120 + 1 ACACCAUCCGGGAGCAGCGAGGCUUCGCCGUCAAGUUCUACACGGACGACGGCAUCUGGGACAUUGUGGGCUGCAACAUGCCCGUCUACUACGUGCGCGAUCCCUCGCUGUUCCCCAGCC .........(((((((((((((..((((((((..((((.....))))))))((((.((((((.....((((........)))))))..))).))))))))..)))))))))))))..... ( -55.70) >consensus AUACGGUGCGGGAGCAGCGAGGAUUCGCCGUCAAGUUCUACACGGACGACGGCAUCUGGGACAUUGUGGGCUGCAACAUGCCCGUGUACUAUGUGCGGGAUCCCUCGCUGUUCCCCAGCC ...........(((((((((((..((((((((..((((.....)))))))))).............(((((........)))))..............))..)))))))))))....... (-31.07 = -30.93 + -0.13)
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