Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,575,422 – 8,575,529 |
Length | 107 |
Max. P | 0.624928 |
Location | 8,575,422 – 8,575,529 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 5 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.36 |
Mean single sequence MFE | -29.00 |
Consensus MFE | -26.18 |
Energy contribution | -26.86 |
Covariance contribution | 0.68 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.23 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 0.19 |
SVM RNA-class probability | 0.624928 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 8575422 107 - 22407834 GUCGGUGCAGUGUCGUUGCCAUCUCAUAAAAGAUGCACAUUGUAUCUCAUAGUAUGCAGAGUAUCUACGGCAUUCAACUCCUACCGCUGGCUCCCAGUGCAGUUCAC ((.((((.((((((((.....(((((((..((((((.....)))))).....)))).)))......))))))))))...)).))((((((...))))))........ ( -27.50) >DroSec_CAF1 11065 107 - 1 GUCGGUGCAGUGUCGUUGCCAUCUCAUAAAAGAUGCACAUUGUAUCUCAUAGUAUGCAGAGUAUCUACGGCAUUCAACUCCACCCGCUGGCUCCCAGUGCAGUUCAC ...((((.(((.....((((.(((((((..((((((.....)))))).....)))).)))((....))))))....))).))))((((((...))))))........ ( -30.50) >DroSim_CAF1 16389 107 - 1 GUCGGUGCAGUGUCGUUGCCAUCUCAUAAAAGAUGCACAUUGUAUCUCAUAGUAUGCAGAGUAUCUACGGCAUUCAACUCCACCCGCUGGCUCCCAGUGCAGUUCAC ...((((.(((.....((((.(((((((..((((((.....)))))).....)))).)))((....))))))....))).))))((((((...))))))........ ( -30.50) >DroEre_CAF1 11438 107 - 1 GUCGGUGCUGUGUCGUUGCCAUCUCAUAAAAGAUGCACAUUGUAUCUCAUAGUAUGCAGAGUAUCUACGGCAUUCAACUCCAUCCUCUGGCUAACAGUGCAGUUCAC ....(..(((((((((.....(((((((..((((((.....)))))).....)))).)))......)))))........(((.....)))...))))..)....... ( -26.00) >DroYak_CAF1 12201 107 - 1 GUCGGUGCAGUGUCGUUGCCAUCUCAUAAAAGAUGCACAUUGUAUCUCAUAGUAUGCAGAGUAUCUACGGCAUUUAACUCCACCCGCUGGCUCCCAGUGCAGCUCAA ...((((.(((.....((((.(((((((..((((((.....)))))).....)))).)))((....))))))....))).))))((((((...))))))........ ( -30.50) >consensus GUCGGUGCAGUGUCGUUGCCAUCUCAUAAAAGAUGCACAUUGUAUCUCAUAGUAUGCAGAGUAUCUACGGCAUUCAACUCCACCCGCUGGCUCCCAGUGCAGUUCAC ...((((.(((.....((((.(((((((..((((((.....)))))).....)))).)))((....))))))....))).))))(((((.....)))))........ (-26.18 = -26.86 + 0.68)
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