Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,546,759 – 8,546,869 |
Length | 110 |
Max. P | 0.944770 |
Location | 8,546,759 – 8,546,869 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.84 |
Mean single sequence MFE | -24.92 |
Consensus MFE | -21.98 |
Energy contribution | -22.78 |
Covariance contribution | 0.81 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.91 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 1.35 |
SVM RNA-class probability | 0.944770 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 8546759 110 - 22407834 --------CAUAU--GUGUAUCUUGAACGCGUUUCGUUGUAUCUACUUAAGGCAGCUUAAAUAUUUGUGUAACAUAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGUUAUACUUAGAUACAUAGA --------....(--((((((((..((((.....))))((((..(((.((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))).))).))))..))))))))).. ( -25.20) >DroSec_CAF1 56252 112 - 1 --------CAUAUUUGUGUAUCUUUAACGCGUUUCGUUGUAUCUACUUAAGGCAGCUUAAAUAUUUGUGUAACAUAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGUUAUACUUAGAUACAUAGA --------....(((((((((((..((((.....))))((((..(((.((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))).))).))))..))))))))))) ( -26.10) >DroSim_CAF1 55976 112 - 1 --------CAUAUUUGUGUAUCUUGAACGCGUUUCGUUGUAUCUACUUAAGGCAGCUUAAAUAUUUGUGUAACAUAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGUUAUACUUAGAUACAUAGA --------....(((((((((((..((((.....))))((((..(((.((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))).))).))))..))))))))))) ( -26.30) >DroEre_CAF1 57753 112 - 1 --------CAUAUUUGUGUAUCUUGAACGCGUUUCGUUGUAUCUACUUAAGGCAGCUUAAAUAUUUGUGUAACACAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGUUAUACUUAGAUACAUAGA --------....(((((((((((..((((.....))))((((..(((.((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))).))).))))..))))))))))) ( -26.30) >DroWil_CAF1 39673 120 - 1 UCUCCGUUUCUAUUUGUAUAUCUUAAACGCGUUUCGCUGUAUCUACUUAAGACAGCUUAAAUAUUUGUGUAACAUAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGUUAUACUUAGAUGCAUAGC .....((.((((...(((((........(((...))).......(((.((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))).)))))))).)))).))..... ( -21.90) >DroAna_CAF1 41135 111 - 1 --------UAUAU-UGUGUAUCUUAAACGCGUUUCGUUGUAUCUACUUAAGACAGCUUAAAUAUUUGUGUAACAUAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGAUAUACUUAGAUACAUUGC --------.....-.((((((((..((((.....))))(((((((...((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))))))))))....))))))))... ( -23.70) >consensus ________CAUAUUUGUGUAUCUUGAACGCGUUUCGUUGUAUCUACUUAAGGCAGCUUAAAUAUUUGUGUAACAUAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGUUAUACUUAGAUACAUAGA .............((((((((((..((((.....))))((((..(((.((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))).))).))))..)))))))))). (-21.98 = -22.78 + 0.81)
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