Locus 2985

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 8,527,202 – 8,527,362
Length 160
Max. P 0.794359
window4747 window4748

overview

Window 7

Location 8,527,202 – 8,527,322
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.67
Mean single sequence MFE -52.90
Consensus MFE -35.72
Energy contribution -37.90
Covariance contribution 2.18
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.57
SVM RNA-class probability 0.786923
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8527202 120 + 22407834
CUCCUGAUGUGGAGCUAGUUGAGGCGUGGGAAGUGGUCGAGCCAGUGGCCAGUUUUGUGGGCAGUCCUCCGCUGGCUGCCGGCGAGGCCAUGGCCCUGGAAUUCACAACUCCCGCACUCC
((((......))))......(((..((((((.((((.....((((.((((((((((((.(((((.((......))))))).)))))))..)))))))))...))))...)))))).))). ( -58.60)
>DroPse_CAF1 3983 99 + 1
UCCCCGAUGUCGAGCUGGUUGACGCAUGGGAAGUCGUCGAACCCGUUGCCAGUUUGGUGGGCAGCCCCCCACUAGCCGCCGGCGAGGCCAUGGUCCUGG---------------------
...(((..(((..((((((....(((((((..(....)...)))).)))..(.((((((((......)))))))).)))))))..)))..)))......--------------------- ( -33.20)
>DroSim_CAF1 35695 120 + 1
CUCCUGAUGUGGAGCUAGUUGAGGCGUGGGAUGUGGUCGACCCAGUGGCCAGUUUGGUGGGCAGUCCCCCGCUGGCUGCCGGCGAGGCCAUGGCCCUUGAGUUCACAACUCCCGCACUUC
((((......))))......((((.((((((.((.((.(((.(((.(((((((((.((.(((((((.......))))))).)).))))..))))).))).))).)).)))))))).)))) ( -54.60)
>DroEre_CAF1 36291 120 + 1
CUCCUGAAGUGGAGCUAGUUGAGGCGUGGGAAGUGGUCGACCCAGUGGCCAGUUUGGUUGGCAGUCCCCCACUGGCUGCCGGCGAGGCCAUGGCCCUGGAGUUCACAAUCCCCGCACUCC
((((......))))......((((((.((((....((.(((((((.(((((((((.((((((((((.......)))))))))).))))..))))))))).))).))..))))))).))). ( -59.40)
>DroYak_CAF1 37048 120 + 1
CUCCUGAAGUGGAGCUAGUUGAGGCGUGGGAAGUGGUCGACCCAGUGGCCAGUUUGGUGGGCAGUCCACCGCUGGCUGCCGGCGAUGCCAUGGCCCUGGAAUUCACAACACCCGCACUCC
((((......))))......((((((.(((..((((.....((((.(((((((.(.((.(((((.(((....)))))))).)).).))..)))))))))...))))..).))))).))). ( -51.30)
>DroAna_CAF1 19977 120 + 1
UUCCAGAAUUGGAGCUGGUCGAAGCGUGAGAAGUAGUCGAUCCCGUGGCUAGCUUCGUAGGUAGUCCUCCGCUGGCUGCCGGCGAAGCUAUGGUACGGGAUCCUGCCGCUCCAGGGCUCG
....((..(((((((.(((.(...(....)........(((((((((.((((((((((.(((((.((......))))))).))))))))).).)))))))))).))))))))))..)).. ( -60.30)
>consensus
CUCCUGAAGUGGAGCUAGUUGAGGCGUGGGAAGUGGUCGACCCAGUGGCCAGUUUGGUGGGCAGUCCCCCGCUGGCUGCCGGCGAGGCCAUGGCCCUGGAAUUCACAACUCCCGCACUCC
((((......))))......((((((.(((..((((.....((((.(((((((((.((.(((((((.......))))))).)).))))..)))))))))...))))..))).))).))). (-35.72 = -37.90 +   2.18)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 8,527,242 – 8,527,362
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.50
Mean single sequence MFE -51.16
Consensus MFE -42.79
Energy contribution -44.10
Covariance contribution 1.31
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.87
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.60
SVM RNA-class probability 0.794359
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8527242 120 + 22407834
GCCAGUGGCCAGUUUUGUGGGCAGUCCUCCGCUGGCUGCCGGCGAGGCCAUGGCCCUGGAAUUCACAACUCCCGCACUCCCAGCUCCGGCAGUAUCUGUCAUCUUAGGCAAGGCUACUGG
.(((((((((.(((((((.(((((.((......))))))).)))))))....(((..(((.............((.......))...(((((...))))).)))..)))..))))))))) ( -51.00)
>DroPse_CAF1 4023 96 + 1
ACCCGUUGCCAGUUUGGUGGGCAGCCCCCCACUAGCCGCCGGCGAGGCCAUGGUCCUGG-----------------------GCACCGGC-GCGUCUAUCAGCUUCGGGCCCACCACGGG
.(((((.........(((((((.((((...((((...(((.....)))..))))...))-----------------------)).((((.-((........)).)))))))))))))))) ( -44.90)
>DroSec_CAF1 36431 120 + 1
CCCAGUGGCCAGUUUGGUGGGCAGUCCCCCGCUGGCUGCCGGCGAGGCCAUAGCCCUGGAGUUCACAACUCCCGCACUUCCAGCACCGGCAGCAUCUGUCAGCUUAGGCAAGGCUACUGG
.(((((((((.....((((((......)))))).((((((((.(.(((....)))..(((((.....)))))...........).))))))))...((((......)))).))))))))) ( -55.00)
>DroSim_CAF1 35735 120 + 1
CCCAGUGGCCAGUUUGGUGGGCAGUCCCCCGCUGGCUGCCGGCGAGGCCAUGGCCCUUGAGUUCACAACUCCCGCACUUCCAGCACCGGCAGCAUCUGUCAGCUUAGGCAAGGCUACUGG
.(((((((((.....((((((......)))))).((((((((.(.(((....)))...((((.....))))............).))))))))...((((......)))).))))))))) ( -53.60)
>DroEre_CAF1 36331 120 + 1
CCCAGUGGCCAGUUUGGUUGGCAGUCCCCCACUGGCUGCCGGCGAGGCCAUGGCCCUGGAGUUCACAAUCCCCGCACUCCCAGCUCCGGCAGCAUCUGUCAUCUUAGGCAAGGCUACUGG
.(((((((((.((((((.((((((..........((((((((.(.(((....)))(((((((.(.........).))).))))).))))))))..))))))..))))))..))))))))) ( -52.50)
>DroYak_CAF1 37088 120 + 1
CCCAGUGGCCAGUUUGGUGGGCAGUCCACCGCUGGCUGCCGGCGAUGCCAUGGCCCUGGAAUUCACAACACCCGCACUCCCAGCUCCGGCAGCAUCUGUCAUCUUAGGCAAGGCUACUGG
.((((((((((((..(((((.....)))))))).((((((((.(..((....)).((((....................))))).))))))))...((((......)))).))))))))) ( -49.95)
>consensus
CCCAGUGGCCAGUUUGGUGGGCAGUCCCCCGCUGGCUGCCGGCGAGGCCAUGGCCCUGGAGUUCACAACUCCCGCACUCCCAGCACCGGCAGCAUCUGUCAGCUUAGGCAAGGCUACUGG
.(((((((((....(((((((......)))))))((((((((.(.(((....)))((((....................))))).))))))))...((((......)))).))))))))) (-42.79 = -44.10 +   1.31)

alignment

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secondary structure

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