Locus 2933

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	8,423,691 – 8,423,825
Length	134
Max. P	0.994456

overview

Window 3

Location	8,423,691 – 8,423,802
Length	111
Sequences	5
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.46
Mean single sequence MFE	-41.26
Consensus MFE	-25.68
Energy contribution	-26.60
Covariance contribution	0.92
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.82
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.542893
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8423691 111 + 22407834
CUCGCCGGCAGGCGA--GAAUGAGACGGCCAGAUGGAUAGAUAGCGUUGGAAGGAGGUGACUGAGCUG-----UCAGCUUGGCUAUUUUUAGCUAUAUUCCAAAAUCACUUGGCUAUC
((((((....)))))--).....((..(((((.(((...(....).((((((.(((.((((......)-----))).)))(((((....)))))...))))))..))).)))))..)) ( -38.90)
>DroSec_CAF1 21888 116 + 1
CUCGCCGGCAGGCGA--GAAUGAGAUGGCCAGAUGGAUAGAUAGCGUUGGAAGGAGGCGACUGAGCUGUCAUGUCGGCUUGGCUAUUUUUAGCUAUAUUCCAAAAUCAGUUGGCUAUC
((((((....)))))--).....(((((((((...(((........((((((.(((.(((((((....))).)))).)))(((((....)))))...)))))).)))..))))))))) ( -45.40)
>DroSim_CAF1 21726 118 + 1
CUCGCCGGCAGGCGAGAGAAUGAGAUGGCCAGAUGGAUAGAUAGCGUUGGAAGGAGGCGACUGAGCUGCCAUGUCAGCUUGGCUAUUUUUAGCUAUAUUCCAAAAUCAGUUGGCUAUC
((((((....)))))).......(((((((((.((((...(((((....(((((.(((...(((((((......)))))))))).))))).)))))..)))).......))))))))) ( -43.10)
>DroEre_CAF1 22136 108 + 1
CUCGCGGGCAGGCGA--GAAUGAGACGGCCAGAUGGAUGGAUAGCGUUGG---GAUGCGGCUGAACUG-----UCAUCUUGACUAUUUUUAGCUAUAUUCCAAAAUCAGCUAUCUAUC
(((((......))))--).................((((((((((.((((---((((..((((((..(-----((.....)))....))))))..)))))))).....)))))))))) ( -40.60)
>DroYak_CAF1 22168 111 + 1
CUCGCCAGCAGGCGA--GAAUGAGACGGCCAGAUGGAUAGAUAGCGCUGGAAGGAGGCGACUGAGCUG-----UCAGCUUGGCUAUUUAUAGCUAAAUUCCAAUAUCAGUUAUCUAUC
((((((....)))))--).................(((((((((((((((.....(((......))).-----)))))(((((((....)))))))............)))))))))) ( -38.30)
>consensus
CUCGCCGGCAGGCGA__GAAUGAGACGGCCAGAUGGAUAGAUAGCGUUGGAAGGAGGCGACUGAGCUG_____UCAGCUUGGCUAUUUUUAGCUAUAUUCCAAAAUCAGUUGGCUAUC
((.((((.((..(....)..))...)))).))...(((((.((((.((((((..........((((((......))))))(((((....)))))...)))))).....)))).))))) (-25.68 = -26.60 +   0.92)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	8,423,727 – 8,423,825
Length	98
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.88
Mean single sequence MFE	-28.87
Consensus MFE	-18.48
Energy contribution	-19.08
Covariance contribution	0.60
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-2.44
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	2.48
SVM RNA-class probability	0.994456
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8423727 98 + 22407834
AGAUAGCGUUGGAAGGAGGUGACUGAGCUG-----UCAGCUUGGCUAUUUUUAGCUAUAUUCCAAAAUCACUUGGCUAUCAAAUC---UAAU---UGUCUCAGAAUAGU-----------
.((((((.((((((.(((.((((......)-----))).)))(((((....)))))...))))))...(....))))))).....---....---..............----------- ( -26.10)
>DroSec_CAF1 21924 101 + 1
AGAUAGCGUUGGAAGGAGGCGACUGAGCUGUCAUGUCGGCUUGGCUAUUUUUAGCUAUAUUCCAAAAUCAGUUGGCUAUCAAAUC---UAAU---UGUCUUAGA--AGU-----------
.((((((.((((((.(((.(((((((....))).)))).)))(((((....)))))...))))))...(....)))))))...((---(((.---....)))))--...----------- ( -30.30)
>DroSim_CAF1 21764 101 + 1
AGAUAGCGUUGGAAGGAGGCGACUGAGCUGCCAUGUCAGCUUGGCUAUUUUUAGCUAUAUUCCAAAAUCAGUUGGCUAUCAAAUC---UAGU---UGUCUUAGA--AGU-----------
(((((((.((((....((.(((((((((((......)))).((((((....))))))..........))))))).)).))))...---..))---)))))....--...----------- ( -29.50)
>DroEre_CAF1 22172 108 + 1
GGAUAGCGUUGG---GAUGCGGCUGAACUG-----UCAUCUUGACUAUUUUUAGCUAUAUUCCAAAAUCAGCUAUCUAUCAAAUUCGCUGGUCAAUAUUUUAAA--AAUCGUUCUCCU--
(((.((((((((---((((..((((((..(-----((.....)))....))))))..)))))))).((((((..............))))))............--...)))).))).-- ( -30.84)
>DroYak_CAF1 22204 110 + 1
AGAUAGCGCUGGAAGGAGGCGACUGAGCUG-----UCAGCUUGGCUAUUUAUAGCUAAAUUCCAAUAUCAGUUAUCUAUCAAAUU---UGAUAAGUCUCUUAAC--ACUACUUCUAUUAA
.(((((...((..(((((((((((((((..-----...))(((((((....))))))).........))))))...(((((....---))))).)))))))..)--)......))))).. ( -27.60)
>consensus
AGAUAGCGUUGGAAGGAGGCGACUGAGCUG_____UCAGCUUGGCUAUUUUUAGCUAUAUUCCAAAAUCAGUUGGCUAUCAAAUC___UAAU___UGUCUUAGA__AGU___________
.(((((((((.......)))((((((((((......)))).((((((....))))))..........)))))).))))))........................................ (-18.48 = -19.08 +   0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

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