Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,119,993 – 8,120,113 |
Length | 120 |
Max. P | 0.661782 |
Location | 8,119,993 – 8,120,113 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.00 |
Mean single sequence MFE | -38.41 |
Consensus MFE | -23.37 |
Energy contribution | -24.04 |
Covariance contribution | 0.67 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -1.89 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 0.27 |
SVM RNA-class probability | 0.661782 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 8119993 120 + 22407834 AGAUCCACACACAGCUCGCCCAGCUUGGCGUACAAGCACAUCCACAACUUAUCGAACUGCGGCAUCUUCACUGUGCCUGGGAAGUCGGGCAGAAUGGACACAUCCUGCAGCUGAGUGGAC ...(((((...(((((..(((((((((.....))))).......................(((((.......))))))))).......((((.(((....))).))))))))).))))). ( -39.60) >DroVir_CAF1 85434 120 + 1 AGAUCCACACACAGCUCGCCCAGUUUGGCGUACAGGCACAUCCACAGCUUGUCAAACUGAGGCAUUUUAAGGGUGCCGGGAAAGUCCGGCAAUAUGGCCACAUCCUCCAGCUGUGUUGAU .....((.((((((((.(((((((((((((....(((.........))))))))))))).))).......((((((((((....)))))))..(((....)))..))))))))))))).. ( -45.30) >DroGri_CAF1 78482 120 + 1 AAGUCGACGCACAAUUCACCCAGUUUGGCAUACAGACACAUCCACAGCUUGUCGAAUUGUGGCAUUUUGACUGUACCCGGAAAGUCCGGCAAGAUGGUCACAUCCUCCAGCUGUGUGGAC ...................((((((((.....))))).....(((((((.(..((..((((((((((((.......((((.....)))))))))).))))))))..).)))))))))).. ( -35.71) >DroWil_CAF1 92808 120 + 1 AAAUCCACACAAAGUUCACCCAAUUUAGCAUACAGACACAUCCAUAAUUUAUCGAAUUGCGGCAUUUUGACUGUACCGGGGAAAUCGGGUAAAAUGGCAACAUCUUGCAAUUGAGUCGAC .............(((.((.(((((.....(((((.((.((((.((((((...)))))).)).))..)).)))))((((.....))))((((.(((....))).))))))))).)).))) ( -21.50) >DroMoj_CAF1 74752 120 + 1 AAAUCCACGCACAGCUCGCCCAGCUUGGCGUACAGGCACAUCCACAGUUUGUCAAACUGUGGCAUUUUCAAAGUGCCUGGAAAGUCGGGCAGUAUGGCCACAUCCUCAAGCUGUGUGGAC .......(((((((((.((((.((((......(((((((((((((((((.....)))))))).)).......)))))))..)))).))))((.(((....))).))..)))))))))... ( -48.91) >DroPer_CAF1 157067 120 + 1 AGAUCUACGCACAGCUCUCCCAAUUUGGCAUACAGACACAUCCAGAGCUUGUCGAAUUGUGGCAUCUUCACGGUGCCCGGAAACUCUGGCAAUAUGGCCACAUCCUGCAGCUGUGUGGAC .......(((((((((.(((((((((((((..(.............)..)))))))))).((((((.....)))))).))).....((((......))))........)))))))))... ( -39.42) >consensus AAAUCCACACACAGCUCGCCCAGUUUGGCAUACAGACACAUCCACAGCUUGUCGAACUGUGGCAUUUUCACUGUGCCCGGAAAGUCGGGCAAUAUGGCCACAUCCUCCAGCUGUGUGGAC .......(((((((((.(((((((((((((...................)))))))))).(((((.......)))))..........)))...(((....))).....)))))))))... (-23.37 = -24.04 + 0.67)
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