Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,052,515 – 8,052,635 |
Length | 120 |
Max. P | 0.981927 |
Location | 8,052,515 – 8,052,635 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.22 |
Mean single sequence MFE | -45.32 |
Consensus MFE | -39.32 |
Energy contribution | -39.63 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -2.68 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 1.90 |
SVM RNA-class probability | 0.981927 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 8052515 120 + 22407834 AUCUGUUUGUGUUCUUCUCAGUGUUCUUCUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUCGCCGUCUGCGUGAUCGUGUGGAAGGUGAAGCAGGCAGCGGAUCUGAGACGAGCUAGAAGACAGCAUGUGG ..((((((..((((.((((((...(((.((((((((((....((((((.(((.(((.....))).))).)))))).)))))))).)).))).)))))).))))....))))))....... ( -49.20) >DroPse_CAF1 54346 120 + 1 AUCUGUUUGUGUUCUUCUCGGUGUUCUUCUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUGGCUGUCUGUGUGAUUGUCUGGAAGGUGAAGCAGACGGCGGACCUGAGACGGGCCAGACGACAGCAUGUUG ....(((((.((((.((((((.((((.((..(((((((....((((((.(((.(((.....))).))).)))))).)))))))..)).)))))))))).)))))))))(((.....))). ( -46.00) >DroWil_CAF1 9381 120 + 1 AUCUCUUUGUCUUCUUUUCGGUGUUCUUUUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUGGCCGUUUGUGUUAUCGUGUGGAAGGUUAAGCAGGCAGCUGAUUUGAGACGAGCUCGACGUCAACAUGUCG .....((((((((....(((((........(((((((.....((((((..((.((.......)).))..))))))..)))))))..)))))...))))))))..((((((....)))))) ( -31.60) >DroYak_CAF1 9430 120 + 1 ACCUGUUUGUGUUCUUCUCAGUGUUCUUCUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUCGCCGUCUGCGUGAUUGUGUGGAAGGUGAAGCAGGCAGCGGAUCUGAGACGAGCUAGAAGACAGCAUGUGG ..((((((..((((.((((((...(((.((((((((((....((((((.(((.(((.....))).))).)))))).)))))))).)).))).)))))).))))....))))))....... ( -49.40) >DroAna_CAF1 10720 120 + 1 ACUUGUUCGUGUUCUUCUCGGUGUUCUUCUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUCGCCGUCUGUGUGAUCGUGUGGAAGGUGAAGCAGGCGGCGGACCUGAGACGAGCCAGACGGCAGCAUGUGG .......(((((((.((((((.((((.((.((((((((....((((((.(((.(((.....))).))).)))))).)))))))).)).)))))))))).))(((....))).)))))... ( -49.70) >DroPer_CAF1 75050 120 + 1 AUCUGUUUGUGUUCUUCUCGGUGUUCUUCUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUGGCUGUCUGUGUGAUUGUCUGGAAGGUGAAGCAGACGGCGGACCUGAGACGGGCCAGACGACAGCAUGUUG ....(((((.((((.((((((.((((.((..(((((((....((((((.(((.(((.....))).))).)))))).)))))))..)).)))))))))).)))))))))(((.....))). ( -46.00) >consensus AUCUGUUUGUGUUCUUCUCGGUGUUCUUCUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUCGCCGUCUGUGUGAUCGUGUGGAAGGUGAAGCAGGCAGCGGACCUGAGACGAGCCAGACGACAGCAUGUGG ..(((((...((((.((((((.((((.((.((((((((....((((((.(((.(((.....))).))).)))))).)))))))).)).)))))))))).)))).....)))))....... (-39.32 = -39.63 + 0.31)
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