Locus 2787

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	7,895,852 – 7,895,948
Length	96
Max. P	0.897416

overview

Window 8

Location	7,895,852 – 7,895,948
Length	96
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.19
Mean single sequence MFE	-47.42
Consensus MFE	-36.74
Energy contribution	-36.49
Covariance contribution	-0.25
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-2.40
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.45
SVM RNA-class probability	0.742013
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7895852 96 + 22407834
CUGCCACCCGCUGAAAACUCCUCCGGGCUGCGCAUGUUCCGAAGGUUAGUUGGUG---------UGGGCGGUGCACCACCUGCAUUGGGUGGUGCGGUGGCUGGU
..((((((((((.(.(((((((.(((((.......).)))).)))..))))....---------).))))..(((((((((.....))))))))))))))).... ( -45.10)
>DroSec_CAF1 68429 96 + 1
CUGCCACCCGCUGAAAACUCCUCGGGGCUGCGCAUGUUCCGAAGGUUAGUUGGUG---------UGGGCGGUGCACCACCUGCAUUGGGUGGUGCAGUGGCUGGU
..((((((((((.(.(((((((((((((.......)))))).)))..))))....---------).)))))((((((((((.....))))))))))))))).... ( -49.20)
>DroSim_CAF1 69720 96 + 1
CUGCCACCCGCUGAAAACUCCUCGGGGCUGCGCAUGUUCCGAAGGUUAGUUGGUG---------UGGGCGGUGCACCACCUGCAUUGGGUGGUGCAGUGGCUGGU
..((((((((((.(.(((((((((((((.......)))))).)))..))))....---------).)))))((((((((((.....))))))))))))))).... ( -49.20)
>DroEre_CAF1 68669 96 + 1
CUGCCACCCGCCGAAAACUCCUCCGGACUGCGCAUGUUCCGAAGGUUAGUUGGUG---------UGGGCGGUGCACCACCUGCAGUGGGUGGUGCACUGGCUGGC
..((((((((((((.....(((.(((((.......).)))).)))....))))))---------.)).(((((((((((((.....)))))))))))))..)))) ( -49.00)
>DroYak_CAF1 70069 96 + 1
CUGCCACCCGCCGAGAACUCCUCCGGACUGCGCAUAUUCCGAAGGCUAGUUGGUG---------UGGGCGGUGCACCACCUGCAUGGGGUGGUGCAGUGGCUGGU
..((((((((((.(.(((((((.((((.((....)).)))).)))..)))...).---------).)))))((((((((((.....))))))))))))))).... ( -44.30)
>DroAna_CAF1 68225 102 + 1
CUGCCGCCCGCCGAAAAUUCCUCAGGACUGCGUAUGUUCCUCAGGCUAGUGGGUGCCACCGUGGCGGGUGGUGCCCCAGCAGC---GGUCGCGGCAGCAGCGGGU
(((((((((((.........((.(((((.......).)))).))(((.(.(((..(((((......)))))..))))))).))---))..)))))))........ ( -47.70)
>consensus
CUGCCACCCGCCGAAAACUCCUCCGGACUGCGCAUGUUCCGAAGGUUAGUUGGUG_________UGGGCGGUGCACCACCUGCAUUGGGUGGUGCAGUGGCUGGU
..((((((((((.(.(((((((.(((((.......).)))).)))..)))).............).)))))((((((((((.....))))))))))))))).... (-36.74 = -36.49 +  -0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	7,895,852 – 7,895,948
Length	96
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.19
Mean single sequence MFE	-43.27
Consensus MFE	-34.08
Energy contribution	-34.42
Covariance contribution	0.34
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-3.04
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.00
SVM RNA-class probability	0.897416
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7895852 96 - 22407834
ACCAGCCACCGCACCACCCAAUGCAGGUGGUGCACCGCCCA---------CACCAACUAACCUUCGGAACAUGCGCAGCCCGGAGGAGUUUUCAGCGGGUGGCAG
....((((((((((((((.......))))))))..(((...---------....((((..(((((((............)))))))))))....))))))))).. ( -42.20)
>DroSec_CAF1 68429 96 - 1
ACCAGCCACUGCACCACCCAAUGCAGGUGGUGCACCGCCCA---------CACCAACUAACCUUCGGAACAUGCGCAGCCCCGAGGAGUUUUCAGCGGGUGGCAG
....((((((((((((((.......)))))))))((((...---------....((((...((((((.............))))))))))....))))))))).. ( -38.52)
>DroSim_CAF1 69720 96 - 1
ACCAGCCACUGCACCACCCAAUGCAGGUGGUGCACCGCCCA---------CACCAACUAACCUUCGGAACAUGCGCAGCCCCGAGGAGUUUUCAGCGGGUGGCAG
....((((((((((((((.......)))))))))((((...---------....((((...((((((.............))))))))))....))))))))).. ( -38.52)
>DroEre_CAF1 68669 96 - 1
GCCAGCCAGUGCACCACCCACUGCAGGUGGUGCACCGCCCA---------CACCAACUAACCUUCGGAACAUGCGCAGUCCGGAGGAGUUUUCGGCGGGUGGCAG
((((.((.((((((((((.......)))))))))).(((..---------....((((..((((((((.(.......)))))))))))))...))))).)))).. ( -47.50)
>DroYak_CAF1 70069 96 - 1
ACCAGCCACUGCACCACCCCAUGCAGGUGGUGCACCGCCCA---------CACCAACUAGCCUUCGGAAUAUGCGCAGUCCGGAGGAGUUCUCGGCGGGUGGCAG
....((((((((((((((.......)))))))))(((((..---------....((((..((((((((..........))))))))))))...)))))))))).. ( -47.00)
>DroAna_CAF1 68225 102 - 1
ACCCGCUGCUGCCGCGACC---GCUGCUGGGGCACCACCCGCCACGGUGGCACCCACUAGCCUGAGGAACAUACGCAGUCCUGAGGAAUUUUCGGCGGGCGGCAG
.....((((((((.((.((---((((.((((...(((((......)))))..)))).)))(((.((((.(.......))))).)))......))))))))))))) ( -45.90)
>consensus
ACCAGCCACUGCACCACCCAAUGCAGGUGGUGCACCGCCCA_________CACCAACUAACCUUCGGAACAUGCGCAGCCCGGAGGAGUUUUCAGCGGGUGGCAG
....(((((.((((((((.......)))))))).((((......................(((((((............))))))).(....).))))))))).. (-34.08 = -34.42 +   0.34)

alignment

secondary structure

dotplot

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