Locus 2766

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 7,827,048 – 7,827,180
Length 132
Max. P 0.919022
window4396 window4397

overview

Window 6

Location 7,827,048 – 7,827,144
Length 96
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.70
Mean single sequence MFE -41.20
Consensus MFE -31.25
Energy contribution -31.42
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -1.46
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 1.12
SVM RNA-class probability 0.919022
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7827048 96 + 22407834
-----------------------GCGAUUACUUACCACGGGAGGCCGAAAUUAUGGUGUCGGGAUCCUUGGGGUUGGUGGCGAUCUGGGUGACCCAUCCAUUGUGGCCAAUGAGGGUAC
-----------------------.....(((((.(((.((((..((((.((....)).))))..))))))).((((((.((((..((((((...)))))))))).))))))..))))). ( -33.60)
>DroPse_CAF1 11514 118 + 1
UCGGCAUU-CGCGAAAGCGGCUUCCGAGUACUUGCCACGGGAGGCCGAGAUGAUGGUGUCGGGAUCCUUGGGGUUGGUGGCGAUUUGGGUGACCCAGCCAUUGUGGCCGAUCAGGGUAC
((((.(..-(((....)))..).))))((((((.(((.((((..((((.((....)).))))..)))))))(((((((.((((((((((...)))))..))))).))))))).)))))) ( -52.20)
>DroGri_CAF1 4017 112 + 1
UCAAUUUAACCUCAAAGU-------GAAUACUUGCCACGCGACGCCGAGAUGAUGGUGUCGGGAUCCUUGGGAUUGGUCGCAAUCUGGGUAACCCAGCCAUUGUGGCCGAUCAGCGUGC
..............((((-------....))))..((((((((((((......)))))))...........((((((((((((((((((...)))))..))))))))))))).))))). ( -43.00)
>DroWil_CAF1 5934 96 + 1
-----------------------UUCACAACUUACCACGAGAUGCCGAGAUAAUGGUAUCGGGAUCCUUGGGAUUGGUAGCGAUUUGGGUGACCCAGCCAUUGUGGCCAAUUAGGGUUC
-----------------------.....(((((.(((.(.(((.((((.((....)).)))).)))).)))(((((((.((((((((((...)))))..))))).))))))).))))). ( -30.60)
>DroAna_CAF1 5030 103 + 1
UGGG-----------AGU-----GGGUCUACUUACCACGGGAGGCCGAGAUGAUGGUGUCGGGAUCCUUGGGGUUGGUGGCGAUCUGGGUGACCCAUCCAUUGUGGCCAAUGAGGGUAC
..((-----------(.(-----(((((.((((((((.((((..((((.((....)).))))..)))))))(((((....)))))))))))))))))))...(((.((.....)).))) ( -39.50)
>DroPer_CAF1 11494 118 + 1
UCGGCAUU-CGCGAAAGCGGCUUCCGAGUACUUGCCACGGGAGGCCGAGAUGAUGGUGUCAGGAUCCUUGGGGUUGGUGGCGAUUUGGGUGACCCAGCCAUUGUGGCCGAUCAGGGUAC
((((.(..-(((....)))..).))))((((((.(((.((((..((..(((......))).)).)))))))(((((((.((((((((((...)))))..))))).))))))).)))))) ( -48.30)
>consensus
UCGG___________AG______CCGACUACUUACCACGGGAGGCCGAGAUGAUGGUGUCGGGAUCCUUGGGGUUGGUGGCGAUCUGGGUGACCCAGCCAUUGUGGCCAAUCAGGGUAC
............................(((((.(((.((((..((((.((....)).))))..)))))))(((((((.((((((((((...)))))..))))).))))))).))))). (-31.25 = -31.42 +   0.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 7,827,064 – 7,827,180
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.45
Mean single sequence MFE -40.68
Consensus MFE -32.08
Energy contribution -31.63
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.589830
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7827064 116 + 22407834
GGAGGCCGAAAUUAUGGUGUCGGGAUCCUUGGGGUUGGUGGCGAUCUGGGUGACCCAUCCAUUGUGGCCAAUGAGGGUACCGCGCAAUUGCAGGGUCUCGGACAUCUUGAG-UUUAU---
........(((((..((((((((((((((.(.(((((((((..((((((....))....(((((....))))).)))).)))).))))).))))))))).))))))...))-)))..--- ( -42.00)
>DroVir_CAF1 4020 119 + 1
CGAUGCCGAAAUGAUGGUAUCGGGAUCCUUGGGGUUGGUGGCAAUCUGGGUGACCCAGCCAUUGUGGCCGAUCAGCGUACCACGCAAUUGCAAUGUCUCAGACAUGUUUUAAUAUAACU-
.(((((((......)))))))(((((..(((.(((((((.((((((((((...)))))..))))).))))))).(((.....))).....))).)))))....................- ( -39.60)
>DroGri_CAF1 4049 118 + 1
CGACGCCGAGAUGAUGGUGUCGGGAUCCUUGGGAUUGGUCGCAAUCUGGGUAACCCAGCCAUUGUGGCCGAUCAGCGUGCCACGCAAUUGCAAUGUCUCAGACAUUUU--AAUAUGUUUU
.(((((((......)))))))(((((..(((.((((((((((((((((((...)))))..))))))))))))).(((.....))).....))).)))))((((((...--...)))))). ( -46.80)
>DroWil_CAF1 5950 116 + 1
AGAUGCCGAGAUAAUGGUAUCGGGAUCCUUGGGAUUGGUAGCGAUUUGGGUGACCCAGCCAUUGUGGCCAAUUAGGGUUCCACGUAAUUGCAAUGUCUCAGACAUGGUUAA-UAAAU---
.(((((((......)))))))((((((((...(((((((.((((((((((...)))))..))))).)))))))))))))))........((.(((((...))))).))...-.....--- ( -39.10)
>DroMoj_CAF1 4354 119 + 1
AGAUGCCGAAAUAAUGGUAUCGGGAUCCUUGGGGUUGGUAGCAAUCUGGGUGACCCAGCCAUUGUGGCCGAUCAGCGUACCACGCAAUUGCAAUGUCUCAGACAUGUUGAAAUAUUACU-
.(((((((......)))))))(((((..(((.(((((((.((((((((((...)))))..))))).))))))).(((.....))).....))).)))))....................- ( -37.40)
>DroPer_CAF1 11532 116 + 1
GGAGGCCGAGAUGAUGGUGUCAGGAUCCUUGGGGUUGGUGGCGAUUUGGGUGACCCAGCCAUUGUGGCCGAUCAGGGUACCACGCAAUUGCAAUGUCUCAGACAUUUUCAG-UCAAU---
.......((..(((..(((((.(((((((...(((((((.((((((((((...)))))..))))).)))))))))))).))..((....)).........)))))..))).-))...--- ( -39.20)
>consensus
AGAUGCCGAAAUGAUGGUAUCGGGAUCCUUGGGGUUGGUGGCAAUCUGGGUGACCCAGCCAUUGUGGCCGAUCAGCGUACCACGCAAUUGCAAUGUCUCAGACAUGUUGAA_UAUAU___
.(((((((......)))))))(((((......(((((((.((((((((((...)))))..))))).)))))))..........((....))...)))))..................... (-32.08 = -31.63 +  -0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

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