Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,728,341 – 7,728,455 |
Length | 114 |
Max. P | 0.841136 |
Location | 7,728,341 – 7,728,455 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.82 |
Mean single sequence MFE | -34.18 |
Consensus MFE | -22.97 |
Energy contribution | -23.33 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -2.41 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.75 |
SVM RNA-class probability | 0.841136 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 7728341 114 - 22407834 UAUAUUC-----AAACAGAUCACGUUGGUAUGAUGCCAUUACAUGUGGAUGAGAAGCAUCAUAUGCAGUUUCUGUAUCUCUGCUUCUCAUACUUGUUUGGACGUUUUACGACGACUCCA ....(((-----((((((.((((((((((.....))))....))))))((((((((((....((((((...))))))...))))))))))..)))))))))((((....))))...... ( -35.30) >DroPse_CAF1 12135 119 - 1 UAUAUUCCUUCCUUGCAGAUCACGUGGGCAUGCUGCCGUUUCAUGUGGAUGAGAAGCAUGAUUUGCAGUACUUGUAUCUCAGCUUCUCGUAUCUUUUUGGCCGCUUUAGUACUGUGCCC ..............((((.((((((((((.....)))....)))))))(((((((((.(((..(((((...)))))..)))))))))))).....................)))).... ( -32.80) >DroSim_CAF1 19300 114 - 1 AUUAUUC-----AAACAGAUCACGUGGGUAUGAUGCCAUUACAUGUGGAUGAGAAGCAUCAUAUGCAAUUCCUGUAUCUCUGCUUCUCCUACCUGUUUGGUCGGUUUACGACGACUCCA ......(-----((((((.(((((((...(((....)))..)))))))..((((((((....(((((.....)))))...))))))))....)))))))((((.....))))....... ( -36.90) >DroEre_CAF1 14360 114 - 1 CUUUUUC-----AAACAGACCACGUGGGUAUGAUGCCAUUGCACGUGGAUGAGAAGCAUCAUAUGCAGUUCCUGUAUCUCUGCUUCUCCUACUUGUUCGGACGGUUUACGACGACCCCA ....(((-----.(((((.(((((((.(.(((....)))).)))))))..((((((((....((((((...))))))...))))))))....))))).))).((((......))))... ( -34.80) >DroYak_CAF1 11543 114 - 1 CUUAUUC-----AAACAGAUCACGUGGGUAUGAUGCCAUUACAUGUGGAUGAGAAGCAUCAUAUGCAGUUCCUGUAUCUCUGUUUCUCCUACUUGUUUGGACGAUUUACGACAACGCCA .(..(((-----((((((.(((((((...(((....)))..)))))))..((((((((....((((((...))))))...))))))))....)))))))))..)............... ( -29.90) >DroPer_CAF1 12054 119 - 1 UAUAUUCCUUCCUUGCAGAUCACGUGGGCAUGCUGCCGUUUCAUGUGGAUGAGAAGCAUGAUUUGCAGUACUUGUAUCUCAGCUUCUCGUACCUCUUUGGCCGCUUUAGUACUGUGCCC .........................((((((((.((((......(.(((((((((((.(((..(((((...)))))..)))))))))))).)).)..)))).)).........)))))) ( -35.40) >consensus UAUAUUC_____AAACAGAUCACGUGGGUAUGAUGCCAUUACAUGUGGAUGAGAAGCAUCAUAUGCAGUUCCUGUAUCUCUGCUUCUCCUACCUGUUUGGACGCUUUACGACGACGCCA ...............((((((((((((((.....)))....)))))))..((((((((....((((((...))))))...)))))))).......)))).................... (-22.97 = -23.33 + 0.36)
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