Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,686,629 – 7,686,749 |
Length | 120 |
Max. P | 0.542931 |
Location | 7,686,629 – 7,686,749 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.00 |
Mean single sequence MFE | -49.77 |
Consensus MFE | -24.88 |
Energy contribution | -24.92 |
Covariance contribution | 0.03 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -1.81 |
Structure conservation index | 0.50 |
SVM decision value | 0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.542931 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 7686629 120 + 22407834 AGCUCCACGCAAUCCGCGGUCGCCACCCGCUUAGGUUGGACAUUCACCUGAUGGAUGGGCAGCAGAGAAGAUUGCAGGUGGAUGCGGCCAGUACAGCUCGAGAGGCAGUCAAUCAACUUU .(((((((((((((.((((.......))))....((((..((((((.....))))))..))))......))))))..))))).))..........((.(....))).............. ( -36.60) >DroPse_CAF1 29690 120 + 1 AGCUGCAGGCCAUCCGUGGCCGCCAGCCCCUGAAGCUGGACAUUCACCUGAUGGACGGAGAGACGCGUCGACUGCAGGUGGAUGCCGCCAGCACGGCCAGGGAGGCCGUGCAGCAGCUGU .((((((((((.(((.((((((.(((...)))..(((((.((((((((((.(.((((........)))).)...))))))))))...))))).)))))).))))))).))))))...... ( -69.50) >DroGri_CAF1 40574 120 + 1 AGCUCCAAGCGAUUCGCAGUCGCCAGCCGCUGAAGCUAGCGAUUCAUUUGAUGGAUGGACAGGUGCUGAAGUUGCAAGUGGAUGCAGCCAGCACGGCUCGCGAGGCAGUGCAGCAAUUGU .((((((.((((((..(((.((((...(((((....))))).((((((.....))))))..))))))).))))))...)))).)).((..((((.((.(....))).)))).))...... ( -43.40) >DroMoj_CAF1 34241 120 + 1 AGCUGCAGGCGAUUCGAAGUCGGCAGCCCCUAAAGCUGGCUAUUUAUUUGACGGACGGCCAGGCGCGCAAAUUGCAGGUGGAUGCAGCCAGCACAGCCCGAGAGGCAGUGCAGCAGCUGA ((((((.((((((.....))).(((.(((((....(((((..(((.......)))..)))))....((.....))))).)).))).))).((((.(((.....))).)))).)))))).. ( -49.20) >DroAna_CAF1 35532 120 + 1 AACUUCAAGCUAUAAGGGAGCGUCUUCCCCUGAAACUGGACAUUCAUCUGAUGGAUGGACAGCAGCGAAGACUGCAGGUGGAUGCAGCUAGCACGGCUCGAGAGGCAGUGAAUCAACUGU ...(((.((((.......(((((((((..(((...(((..(((((((...)))))))..)))))).))))))((((......))))))).....)))).)))..(((((......))))) ( -37.00) >DroPer_CAF1 32921 120 + 1 AGCUGCAGGCCAUCCGCGGACGCCAGCCCCUGAAGCUGGACAUUCACCUGAUGGACGGAGAGACGCGUCGACUGCAGGUGGAUGCCGCCAGCACGGCCAGGGAGGCCGUGCAGCAGCUGU ((((((.........((((...(((((.......))))).((((((((((.(.((((........)))).)...))))))))))))))..((((((((.....)))))))).)))))).. ( -62.90) >consensus AGCUGCAGGCCAUCCGCGGUCGCCAGCCCCUGAAGCUGGACAUUCACCUGAUGGACGGACAGACGCGAAGACUGCAGGUGGAUGCAGCCAGCACGGCCCGAGAGGCAGUGCAGCAACUGU .((((((...........................(((((.((((((((((.....((........)).......))))))))))...)))))...(((.....)))..))))))...... (-24.88 = -24.92 + 0.03)
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