Locus 2707

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	7,606,866 – 7,606,968
Length	102
Max. P	0.999303

overview

Window 3

Location	7,606,866 – 7,606,968
Length	102
Sequences	5
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.22
Mean single sequence MFE	-37.50
Consensus MFE	-33.06
Energy contribution	-32.70
Covariance contribution	-0.36
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.04
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	2.54
SVM RNA-class probability	0.995115
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7606866 102 + 22407834
GCGAUGUGGAUAUCCGCGAGGAGGUGGACGUUUUUAUAUUCGCAGGAGAUGACACUACAACCAGUGGAGUGUCCCAUGCACUACAUGCGAUAUCCAGACAUC
..((((((((((((.(((((...(((((....))))).))))).(((.((..((((......))))..)).)))...(((.....))))))))))..))))) ( -32.60)
>DroSec_CAF1 106497 102 + 1
GCGAUGUGGAUAUCCGCGAGGAGGUGGACGUUUUUAUAUUCGCAGGAGAUGACACCACCACCAGUGGAGUGUCCCAUGCACUACAUGCGAUAUCCAGGCAUC
..((((((((((((.((..((.(((((.(((((((.........)))))))...))))).)).(((.(((((.....))))).))))))))))))..))))) ( -35.60)
>DroSim_CAF1 112670 102 + 1
GCGAUGUGGAUAUCCGCGAGGAGGUGGACGUUUUUAUAUUCGCAGGAGAUGACACCACCACCAGUGGAGUGUCCCAUGCACUACAUGCGAUAUCCAGGCAUC
..((((((((((((.((..((.(((((.(((((((.........)))))))...))))).)).(((.(((((.....))))).))))))))))))..))))) ( -35.60)
>DroEre_CAF1 106798 102 + 1
GUGAUGUGGAUAUCCGCGAGGAGGUGGACGUUUUCAUAUUCGCCGGGGAUGACACCACCACUAGUGGGGUGUCCCACGCCCUACAUGCGAUAUCCAGGCAUC
..((((((((((((.(((.((.((((..((((..(.........)..)))).)))).))....((((((((.....)))))))).))))))))))..))))) ( -43.90)
>DroYak_CAF1 109369 102 + 1
GUGAUGUGGAUAUCCGCGAGGAGGUGGAUGUUUUCAUAUUCGCAGGAGAUGACACCACCACGAGUGGGGUGUCCCACGCACUACAUGCGAUAUCCAGGCAUC
..((((((((((((.(((((...(((((....))))).))))).((....((((((.(((....)))))))))))..(((.....))))))))))..))))) ( -39.80)
>consensus
GCGAUGUGGAUAUCCGCGAGGAGGUGGACGUUUUUAUAUUCGCAGGAGAUGACACCACCACCAGUGGAGUGUCCCAUGCACUACAUGCGAUAUCCAGGCAUC
..((((((((((((.(((((...(((((....))))).))))).((.(((.((.((((.....)))).)))))))..(((.....))))))))))..))))) (-33.06 = -32.70 +  -0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	7,606,866 – 7,606,968
Length	102
Sequences	5
Columns	102
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.22
Mean single sequence MFE	-34.43
Consensus MFE	-33.23
Energy contribution	-32.79
Covariance contribution	-0.44
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	3.50
SVM RNA-class probability	0.999303
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7606866 102 - 22407834
GAUGUCUGGAUAUCGCAUGUAGUGCAUGGGACACUCCACUGGUUGUAGUGUCAUCUCCUGCGAAUAUAAAAACGUCCACCUCCUCGCGGAUAUCCACAUCGC
(((((..(((((((.((((.....)))).((((((.((.....)).))))))......(((((....................))))))))))))))))).. ( -29.45)
>DroSec_CAF1 106497 102 - 1
GAUGCCUGGAUAUCGCAUGUAGUGCAUGGGACACUCCACUGGUGGUGGUGUCAUCUCCUGCGAAUAUAAAAACGUCCACCUCCUCGCGGAUAUCCACAUCGC
((((..((((((((.((((.....)))).(((((((((....))).))))))......(((((....................))))))))))))))))).. ( -32.75)
>DroSim_CAF1 112670 102 - 1
GAUGCCUGGAUAUCGCAUGUAGUGCAUGGGACACUCCACUGGUGGUGGUGUCAUCUCCUGCGAAUAUAAAAACGUCCACCUCCUCGCGGAUAUCCACAUCGC
((((..((((((((.((((.....)))).(((((((((....))).))))))......(((((....................))))))))))))))))).. ( -32.75)
>DroEre_CAF1 106798 102 - 1
GAUGCCUGGAUAUCGCAUGUAGGGCGUGGGACACCCCACUAGUGGUGGUGUCAUCCCCGGCGAAUAUGAAAACGUCCACCUCCUCGCGGAUAUCCACAUCAC
((((..((((((((.(.((.((((.(((((((((((((....))).)))))).......(((..........))))))).)))))).))))))))))))).. ( -40.50)
>DroYak_CAF1 109369 102 - 1
GAUGCCUGGAUAUCGCAUGUAGUGCGUGGGACACCCCACUCGUGGUGGUGUCAUCUCCUGCGAAUAUGAAAACAUCCACCUCCUCGCGGAUAUCCACAUCAC
((((..((((((((((((...))))(((((((((((((....))).)))))).((......))............)))).........)))))))))))).. ( -36.70)
>consensus
GAUGCCUGGAUAUCGCAUGUAGUGCAUGGGACACUCCACUGGUGGUGGUGUCAUCUCCUGCGAAUAUAAAAACGUCCACCUCCUCGCGGAUAUCCACAUCGC
((((..((((((((.((((.....)))).(((((((((....))).)))))).......((((....................)))).)))))))))))).. (-33.23 = -32.79 +  -0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

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