Locus 2654

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 7,425,788 – 7,425,895
Length 107
Max. P 0.969845
window4223 window4224

overview

Window 3

Location 7,425,788 – 7,425,895
Length 107
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.45
Mean single sequence MFE -46.34
Consensus MFE -43.39
Energy contribution -43.61
Covariance contribution 0.22
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -3.69
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 1.65
SVM RNA-class probability 0.969845
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7425788 107 + 22407834
CCCGACUGUAAAGUCUCCUACCUUGCGCGCUAAUCAGUGACCGGGGCUGGUUUUUUAUA---UACAGUCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCGUGGUGG-CAGACAUAUA--UCUC
............((((.(((((.(((((((((.((((..(((..(((((..........---..))))).)))..))))..))))))))).)))))-.)))).....--.... ( -46.40)
>DroVir_CAF1 20717 110 + 1
--UCGCUGCGCCGUCUUUUACCGUGCGCGCUAAUCAGUGACCGGGGCUGGUUUUGGUUAUCCCACAGUCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCGUGGUGGCCAGACGUAUUCAUCU-
--.(((((.(((.......(((((((((((((.((((..(((..(((((....(((.....)))))))).)))..))))..))))))))))))))))))).)).........- ( -46.01)
>DroPse_CAF1 20855 109 + 1
ACCUUCUUGAAAGUCUCCUACCAUGCGCGCUAAUCAGAGACCGGGGCUGGUUUUUUCAC---UGCAGUCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCGUGGUGC-UAGACACGAACAUCUG
............((((..((((((((((((((.((((..(((..(((((..........---..))))).)))..))))..)))))))))))))).-.))))........... ( -46.90)
>DroMoj_CAF1 25964 110 + 1
---CGCCCGUCCGUCUUUUACCGUGCGCGCUAAUCAGUGACCGGGGCUGGUUUCGAUUAUCUCACAGUCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCGUGGUGGCUAGACGCAUUCAACGC
---........(((((.(((((((((((((((.((((..(((..(((((...............))))).)))..))))..)))))))))))))))..))))).......... ( -45.26)
>DroAna_CAF1 21695 99 + 1
----ACUCUCCAGUCUCCUACCUUGCGCGCUAAUCAGUGACCGGGGCUGGUUUUUGC-----AACAGUCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCGUGGUGG-CAGACAUAUA--UC--
----........((((.(((((.(((((((((.((((..(((..(((((........-----..))))).)))..))))..))))))))).)))))-.)))).....--..-- ( -46.60)
>DroPer_CAF1 22620 109 + 1
ACCUUCUUGAAAGUCUCCUACCAUGCGCGCUAAUCAGAGACCGGGGCUGGUUUUUUCAC---UGCAGUCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCGUGGUGC-UAGACACGAACAUCUG
............((((..((((((((((((((.((((..(((..(((((..........---..))))).)))..))))..)))))))))))))).-.))))........... ( -46.90)
>consensus
__CCACUCGAAAGUCUCCUACCAUGCGCGCUAAUCAGUGACCGGGGCUGGUUUUUUCUA___UACAGUCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCGUGGUGG_CAGACACAUACAUCU_
............((((..((((((((((((((.((((..(((..(((((...............))))).)))..))))..))))))))))))))...))))........... (-43.39 = -43.61 +   0.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 7,425,788 – 7,425,895
Length 107
Sequences 6
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.45
Mean single sequence MFE -37.99
Consensus MFE -31.44
Energy contribution -31.44
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 1.31
SVM RNA-class probability 0.940212
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7425788 107 - 22407834
GAGA--UAUAUGUCUG-CCACCACGCGCGCUACUUCAGGUACCUGACUGUA---UAUAAAAAACCAGCCCCGGUCACUGAUUAGCGCGCAAGGUAGGAGACUUUACAGUCGGG
..((--(....((((.-(((((..((((((((..((((..(((.(.(((..---..........)))..).)))..)))).))))))))..))).))))))......)))... ( -36.30)
>DroVir_CAF1 20717 110 - 1
-AGAUGAAUACGUCUGGCCACCACGCGCGCUACUUCAGGUACCUGACUGUGGGAUAACCAAAACCAGCCCCGGUCACUGAUUAGCGCGCACGGUAAAAGACGGCGCAGCGA--
-.........((.(((((((((..((((((((..((((.....((((((.(((..............))))))))))))).))))))))..))).......))).))))).-- ( -40.85)
>DroPse_CAF1 20855 109 - 1
CAGAUGUUCGUGUCUA-GCACCACGCGCGCUACUUCAGGUACCUGACUGCA---GUGAAAAAACCAGCCCCGGUCUCUGAUUAGCGCGCAUGGUAGGAGACUUUCAAGAAGGU
...((.(((..((((.-..((((.((((((((..((((..(((.(.(((..---.(....)...)))..).)))..)))).)))))))).))))...))))......))).)) ( -38.80)
>DroMoj_CAF1 25964 110 - 1
GCGUUGAAUGCGUCUAGCCACCACGCGCGCUACUUCAGGUACCUGACUGUGAGAUAAUCGAAACCAGCCCCGGUCACUGAUUAGCGCGCACGGUAAAAGACGGACGGGCG---
((.(((..(.(((((....(((..((((((((..((((..(((.(.((((((.....)))....)))..).)))..)))).))))))))..)))...))))).)))))).--- ( -35.70)
>DroAna_CAF1 21695 99 - 1
--GA--UAUAUGUCUG-CCACCACGCGCGCUACUUCAGGUACCUGACUGUU-----GCAAAAACCAGCCCCGGUCACUGAUUAGCGCGCAAGGUAGGAGACUGGAGAGU----
--..--.....((((.-(((((..((((((((..((((.....((((((..-----((........))..)))))))))).))))))))..))).))))))........---- ( -37.50)
>DroPer_CAF1 22620 109 - 1
CAGAUGUUCGUGUCUA-GCACCACGCGCGCUACUUCAGGUACCUGACUGCA---GUGAAAAAACCAGCCCCGGUCUCUGAUUAGCGCGCAUGGUAGGAGACUUUCAAGAAGGU
...((.(((..((((.-..((((.((((((((..((((..(((.(.(((..---.(....)...)))..).)))..)))).)))))))).))))...))))......))).)) ( -38.80)
>consensus
_AGAUGUAUAUGUCUA_CCACCACGCGCGCUACUUCAGGUACCUGACUGUA___UAGAAAAAACCAGCCCCGGUCACUGAUUAGCGCGCAAGGUAGGAGACUGUCAAGAAG__
...........((((....(((..((((((((..((((..(((.(.(((...............)))..).)))..)))).))))))))..)))...))))............ (-31.44 = -31.44 +   0.00)

alignment

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