| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 7,390,544 – 7,390,637 |
| Length | 93 |
| Max. P | 0.922186 |
| Location | 7,390,544 – 7,390,637 |
|---|---|
| Length | 93 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 106 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.99 |
| Mean single sequence MFE | -35.22 |
| Consensus MFE | -24.20 |
| Energy contribution | -24.07 |
| Covariance contribution | -0.13 |
| Combinations/Pair | 1.31 |
| Mean z-score | -1.83 |
| Structure conservation index | 0.69 |
| SVM decision value | 1.15 |
| SVM RNA-class probability | 0.922186 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 7390544 93 - 22407834 --------AA-GAA----AUGUACCUGGUGCAUGGUAAUGCAGUUCUGCGGAUCCAUCGAUAGCUUCUCCAGUGCCAUGGCCGUGCUGCGGUGCACCAAGGGAUUG --------..-...----.....((((((((((((...((((....))))...))..((.((((....(((......)))....))))))))))))).)))..... ( -31.10) >DroVir_CAF1 1868 101 - 1 GAGGCUAUUU-AAU----GCUCACCUGGUGCAUGGUAAUGCAGUUCUGUGGAUCCAUAGAGAGUUUCUCGAGGGCCAUGGCCGUGGUGCGAUGCACCAGGGGAUUG (((.(.....-...----)))).((((((((((.(((..((..(((((((....)))))))...........(((....)))))..))).))))))))))...... ( -41.40) >DroGri_CAF1 1918 99 - 1 --GGCGAAUG-GAG----UCUAACCUGGUGCAUAGUGAUGCAGUUCUGUGGAUCCAUUGAUAGUUUCUCCAGUGCCAUGGCCGUGGUGCGAUGCACCAUCGGAUUC --((((..((-(((----.(((......(((((....)))))..((.(((....))).)))))...))))).))))....(((((((((...)))))).))).... ( -34.00) >DroWil_CAF1 1841 96 - 1 --------UGAGAUU--CUCUUACCUGGUGCAUGGUUAUGCAGUUCUGUGGAUCCAUUGAUAGCUUCUCUAGGGCCAUAGCUGUACUACGAUGCACCAUGGGAUUA --------((((...--..))))((((((((((.((..(((((..((((((.(((...((.....))....))))))))))))))..)).)))))))).))..... ( -36.30) >DroMoj_CAF1 1871 101 - 1 AAGGCACAUG-GAU----ACAGACCUGGUGCAUAGUGAUGCAGUUUUGCGGAUCCAUCGAUAGCUUCUCGAGGGCCAUGGCCGUGGUGCGGUGCACCAAGGGAUUC ..(((.((((-(..----.....((.(.(((((....))))).).....)).(((.((((.......))))))))))))))).((((((...))))))........ ( -31.30) >DroPer_CAF1 1844 100 - 1 --GGCA--AA-GAG-GCUUCCUACUUGGUGCAUGGUGAUGCAGUUCUGGGGAUCCAUCGAUAGUUUCUCUAGGGCCAUAGCUGUGCUGCGAUGCACCAUGGGAUUG --(((.--..-...-)))(((((..((((((((.((..((((((((((((((..(.......)..))))))))......))))))..)).)))))))))))))... ( -37.20) >consensus __GGC___UG_GAU____UCUUACCUGGUGCAUGGUGAUGCAGUUCUGUGGAUCCAUCGAUAGCUUCUCCAGGGCCAUGGCCGUGCUGCGAUGCACCAUGGGAUUG .......................((((((((((.(((.(((....(((.(((..(.......)..))).)))(((....)))))).))).)))))))).))..... (-24.20 = -24.07 + -0.13)
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