Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,353,920 – 7,354,055 |
Length | 135 |
Max. P | 0.971212 |
Location | 7,353,920 – 7,354,015 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 95 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 95.43 |
Mean single sequence MFE | -25.58 |
Consensus MFE | -24.18 |
Energy contribution | -23.68 |
Covariance contribution | -0.50 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.40 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 1.67 |
SVM RNA-class probability | 0.971212 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 7353920 95 + 22407834 CCAGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUG ..........(((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).)))))).. ( -26.20) >DroVir_CAF1 191008 94 + 1 ACAGAUU-CAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUG .......-..(((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).)))))).. ( -25.00) >DroPse_CAF1 172288 95 + 1 CCAGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCUCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGCGGAUUUCAAUUAAUUG ...((..((((.((.....))))))..))(((((((((((((((((((((((...(((....))))))))))....)))))))))).)))))).. ( -26.50) >DroGri_CAF1 161020 94 + 1 ACAGAUU-CAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUG .......-..(((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).)))))).. ( -25.00) >DroMoj_CAF1 202788 94 + 1 ACAGAUU-CAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCGUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUG .......-..(((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).)))))).. ( -24.30) >DroPer_CAF1 174220 95 + 1 CCAGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCUCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGCGGAUUUCAAUUAAUUG ...((..((((.((.....))))))..))(((((((((((((((((((((((...(((....))))))))))....)))))))))).)))))).. ( -26.50) >consensus ACAGAUU_CAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUG ..........(((.((.......)).)))(((((((((((..((((((((((...(((....))))))))))....)))..))))).)))))).. (-24.18 = -23.68 + -0.50)
Location | 7,353,935 – 7,354,055 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.39 |
Mean single sequence MFE | -30.23 |
Consensus MFE | -27.19 |
Energy contribution | -26.63 |
Covariance contribution | -0.55 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -1.25 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 0.37 |
SVM RNA-class probability | 0.708711 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 7353935 120 + 22407834 UUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACAC ((((..((((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).)))).)(((........)))..........)))..))))... ( -30.90) >DroVir_CAF1 191022 120 + 1 UUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACUG ((((..((((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).)))).)(((........)))..........)))..))))... ( -29.70) >DroGri_CAF1 161034 120 + 1 UUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUGUGGUGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACUG .......(((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).))))(((((........))))))))................. ( -30.40) >DroWil_CAF1 205091 120 + 1 UUUAUCUGGGCAGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAAUGAACAAAAAAA .(((..(((((.((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).))).))(((........)))..)))..)))............ ( -30.50) >DroMoj_CAF1 202802 120 + 1 UUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCGUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACUG ((((..((((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).)))).)(((........)))..........)))..))))... ( -29.00) >DroPer_CAF1 174235 120 + 1 UUUAUCUUGGGCUCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGCGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACAC .......((((((.(((((((((((((((((((((((...(((....))))))))))....)))))))))).))))))...)))(((........)))..)))................. ( -30.90) >consensus UUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACAG .........(.((((((((((((((..((((((((((...(((....))))))))))....)))..))))).))))).)))).)(((........)))...................... (-27.19 = -26.63 + -0.55)
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