Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,107,141 – 7,107,261 |
Length | 120 |
Max. P | 0.602697 |
Location | 7,107,141 – 7,107,261 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.67 |
Mean single sequence MFE | -51.70 |
Consensus MFE | -33.40 |
Energy contribution | -34.57 |
Covariance contribution | 1.17 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.98 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.14 |
SVM RNA-class probability | 0.602697 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 7107141 120 + 22407834 AAGAAGUGCAGCUCAACGUUGUGGGUGCUCUUGGCGGCACAAAUUUGGCUUCUGCUGGGGCAACAACCACUGUCCUCGCUGCAGCGAUGCAGGAUGGUGCAGUGAGGCGUAUAGAUCUUG ((((.((((...........((((.(((.((..((((..((....))....))))..)))))....)))).(.((((((((((.((........)).)))))))))))))))...)))). ( -42.50) >DroVir_CAF1 71021 120 + 1 UUGAAAUGCCUUUCGAAUUUGUGGGUGCGUUUGGGGGCACAGAUCUCGUUGCGCUGGGGACAGCAGCCGCUGUCCUCGGCACAGCGAUAGACGCUGGUGCAGUGCGGCGAGUAGGUCUUC ...((((((((..((....))..)).))))))((((((......((((((((((((((((((((....))))))))).((((((((.....)))).)))))))))))))))...)))))) ( -56.60) >DroPse_CAF1 68954 120 + 1 AAGAAAUGCAACUCAACGUUGUGGGUGCUCUUGGCGGCACAGAUCUGGGUGCGGCUGGGGCAGCAGCCGCUGUCCUCGCUGCAGCGGUGCAGGACGGUGCAGUGGGGCGUGUAGAUCUUC ((((..((((..........((((.((((((..((.((((........)))).))..))..)))).)))).((((.(((((((.((........)).))))))))))).))))..)))). ( -54.90) >DroYak_CAF1 55805 120 + 1 AAGAAAUGCAGCUCAACGUUGUGGGUGCUCUUGGCGGCGCAGAUCUGGCUCCUGCUGGGGCAGCAACCACUGUCCUCGCUGCAGCGGUGCAGGAUGGUGCAGUGGGGCGUGUAGAUCUUG ((((..((((((((...(((((...(((.((..((((.((.......)).)).))..))))))))))((((((((((.(((((....))))))).)).)))))))))).))))..)))). ( -49.60) >DroMoj_CAF1 66054 120 + 1 AAGAAAUACUUUUCGACUUUGUGGGUGCGCUUUGGGGCACAGAUCUCGGUGCGACUGUGGCAGCAGCCGCUGUCCUCGGAGCAACGGUGCACGAAGGUGCAGUGGGGGAAGUAGAUCUUG ((((..(((((..(..............((((((((((((.(....).))))(((.(((((....))))).)))))))))))..((.(((((....))))).)).)..)))))..)))). ( -51.70) >DroPer_CAF1 59993 120 + 1 AAGAAAUGCAACUCAACGUUGUGGGUGCUCUUGGCGGCACAGAUCUGGGUGCGGCUGGGGCAGCAGCCGCUGUCCUCGCUGCAGCGGUGCAGGACGGUGCAGUGGGGCGUGUAGAUCUUC ((((..((((..........((((.((((((..((.((((........)))).))..))..)))).)))).((((.(((((((.((........)).))))))))))).))))..)))). ( -54.90) >consensus AAGAAAUGCAACUCAACGUUGUGGGUGCUCUUGGCGGCACAGAUCUGGGUGCGGCUGGGGCAGCAGCCGCUGUCCUCGCUGCAGCGGUGCAGGAUGGUGCAGUGGGGCGUGUAGAUCUUC ((((..((((..........((((.(((.((..((.(((..........))).))..))...))).))))...((((((((((.((........)).))))))))))..))))..)))). (-33.40 = -34.57 + 1.17)
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