Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,905,749 – 6,905,863 |
Length | 114 |
Max. P | 0.781424 |
Location | 6,905,749 – 6,905,863 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.75 |
Mean single sequence MFE | -49.32 |
Consensus MFE | -36.24 |
Energy contribution | -35.22 |
Covariance contribution | -1.02 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -1.86 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 0.56 |
SVM RNA-class probability | 0.781424 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 6905749 114 - 22407834 UUGCUGUUGGGCUGCCAGAAAGGAUCGUGGUGGUGGCGGCGGUUCGGGAAUGUCAUCAUCCCGCGUGAUUUCCGAGUCAUGCCCUGCCGCCGCUUUCACUGCAUCCUCUAUCGC ..((..((((....))))..(((((.(..((((.(((((((((..((((.((....))))))((((((((....))))))))...))))))))).))))..)))))).....)) ( -51.20) >DroVir_CAF1 139581 114 - 1 CUGCUGCUGGGCAGCUAGAAAGGAACGCGGUGGAGGCGGCGGUUCUGGUAUAUCAUCGUCACGCAUGAUGUCCGAAUCGCCGCUGGCCGCUGCCUUGACCGCCUCCUCGAUGGC .((((....))))((((...((((..(((((.(((((((((((((.((.(((((((((...)).)))))))))))))))))((.....)).))))).))))).))))...)))) ( -53.70) >DroPse_CAF1 124798 114 - 1 UUGCUGUUGGGCAGCAAGAAAAGAUCGCGGUGGGGGCGGCGGUUCGGGUAUGUCAUCAUCUCGCAUGAUCUCAGAGUCUUGGAUGGCCGCCGCCUUGACGGCCUCUUCGAUAGC ((((((.....))))))(((.((..(((((.((.((((((.(((((((..((..(((((.....)))))..))....))))))).)))))).))))).))..)).)))...... ( -47.20) >DroGri_CAF1 125791 114 - 1 UUGUUGCUGGGCAGCUAGAAAGGAGCGUGGUGGUGGCGGCGGUUCGGGUAUAUCAUCGUCCCGCAUGAUAUCCAAAUCGCCGCUGGCCGCUGCCUUUACCGCCUCUUCAAUGGC ....(((...)))((((...(((((.(((((((.(((((((((..(((((((((((((...)).))))))).......))).)..))))))))).))))))))))))...)))) ( -46.81) >DroYak_CAF1 102641 114 - 1 UUGCUGUUGGGCGGCCAGGAAGGAUCGUGGUGGUGGCGGCGGUUCGGGAAUGUCAUCAUCCCGGGUGAUUUCGGAGUCAUGCCCGGCCGCCGCUUUAACUGCGUCCUCUAUCGC ..((((.....))))..(((.(((.((..((...((((((((((.((((.((....))))))((((((((....))))..))))))))))))))...))..))))))))..... ( -51.10) >DroPer_CAF1 117393 114 - 1 UUGCUGUUGGGCAGCAAGAAAAGAUCGCGGUGGGGGCGGCGGUUCGGGUAUGUCAUCAUCUCGCAUGAUCUCAGAGUCUUGGAUGGCCGCCGCCUUGACGGCUUCUUCGAUAGC ((((((.....))))))...((((..((.((.((((((((((((((((..((..(((((.....)))))..))....)))))...))))))))))).)).)).))))....... ( -45.90) >consensus UUGCUGUUGGGCAGCAAGAAAGGAUCGCGGUGGUGGCGGCGGUUCGGGUAUGUCAUCAUCCCGCAUGAUCUCCGAGUCAUGGCUGGCCGCCGCCUUGACCGCCUCCUCGAUAGC ..(((((...))))).....((((..(((((.(.((((((((((((((.(((....)))))))...(((......)))......)))))))))).).))))).))))....... (-36.24 = -35.22 + -1.02)
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