Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,902,527 – 6,902,625 |
Length | 98 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 6,902,527 – 6,902,625 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 6 |
Columns | 103 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.49 |
Mean single sequence MFE | -32.28 |
Consensus MFE | -18.20 |
Energy contribution | -17.73 |
Covariance contribution | -0.47 |
Combinations/Pair | 1.45 |
Mean z-score | -1.50 |
Structure conservation index | 0.56 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 6902527 98 + 22407834 CAGAGCAUCACACUACUGGGCUACGGAACUGGAGCUGUGCUGGCCAACAUUCUAGUUGUGUCUCCAGUGGCAAGUGGUAGGG--AUUACU---UAAAUUUAUA ......(((((.((((((((..(((.((((((((.(((........))))))))))).))).))))))))...)))))....--......---.......... ( -28.60) >DroVir_CAF1 135244 95 + 1 CAGAGCAUAACCCUGCUCGGCUACGGCACAGGAGCUGUGCUGGCCAACAUAUUGGCCGUGUCGCCCGUGGCGAGCGGUGAGUGCAUUGCC---UGUAC----- (((.(((..((((((((((.(((((((((((...)))))).((((((....))))))........)))))))))))).).))....))))---))...----- ( -43.10) >DroGri_CAF1 121853 97 + 1 CAGAGCAUUACGCUGCUCGGCUAUGGCACUGGAGCUGUCCUGGCCAACAUAUUGGCCGUCUCACCCGUGGCCAGUGGUAUGUUCAUUUA-AAUCAUAG----- ..((((((...((..((.((((((((....(((....))).((((((....)))))).......))))))))))..)))))))).....-........----- ( -36.40) >DroEre_CAF1 101168 96 + 1 CAGAGCAUCACACUCCUGGGCUACGGAACUGGAGCUGUGCUGGCCAACAUACUGGUUGUGUCUCCAGUGGCAAGUGGUAUGG--AUUACC---UACAU--AAA .....((.((((((((.(..(....)..).)))).)))).))(((.....(((((........))))))))..((((((...--..))))---.))..--... ( -29.50) >DroWil_CAF1 110729 96 + 1 CAGAGUAUCACACUAUUGGGCUAUGGUACGGGCGCUGUGCUAGCCAAUAUAUUGGUUGUCUCACCAGUGGCAAGUGGUAAGC--AAUGGA---GAAAA--AUG ..(..((((((..((((((....((((((((...)))))))).))))))(((((((......)))))))....))))))..)--......---.....--... ( -26.70) >DroYak_CAF1 99227 96 + 1 CAGAGCAUCACACUCCUGGGCUACGGAACUGGAGCUGUGCUGGCCAACAUACUGGUUGUGUCUCCAGUGGCAAGUGGUGAGG--AUUACC---UAAAU--AUA .....((.((((((((.(..(....)..).)))).)))).))((((...((((((........)))))).....)))).(((--....))---)....--... ( -29.40) >consensus CAGAGCAUCACACUACUGGGCUACGGAACUGGAGCUGUGCUGGCCAACAUACUGGUUGUGUCUCCAGUGGCAAGUGGUAAGG__AUUACC___UAAAU__AUA ...........((((((..((((((((.....(((...)))(((((......))))).....))).))))).))))))......................... (-18.20 = -17.73 + -0.47)
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