Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,859,850 – 6,859,944 |
Length | 94 |
Max. P | 0.696509 |
Location | 6,859,850 – 6,859,944 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 94 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.86 |
Mean single sequence MFE | -35.80 |
Consensus MFE | -21.07 |
Energy contribution | -21.38 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.45 |
Mean z-score | -1.86 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.34 |
SVM RNA-class probability | 0.696509 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 6859850 94 - 22407834 CGGUUGCAAUUGAGCGGCUGAAUUGUGUCGGACGCUCUGCAGCAACAGCUGCUGCAUUAGAUGUCCUAGCUCGUCGUACGCUUGCUGCUCUAAU .(((.((((.((.(((((.((...((...(((((((.(((((((.....)))))))..)).)))))..))))))))).)).)))).)))..... ( -31.70) >DroPse_CAF1 81192 94 - 1 AGGCUGCAGUUGGGCAUUGGUGUUGUGUUUGACGCACUGCAGCAAAAGCUGACGCAUCAGCUGGCCCACCUCAUCGUAGGCCUGCAGUUCUAGC .((((((((.(((((.(((.(((.((((.....)))).))).))).((((((....)))))).)))))(((......))).))))))))..... ( -37.80) >DroSec_CAF1 64199 94 - 1 CGGUUGCAAUUGAGCGGCUGAAUUGUGACGGACGCUCUGCAACAGCAGCUGCUGCAUGAGAUGUCCUAGCUCGUCGUACGCUUGCUGCUCUAAU ..((((((...(((((.(((........))).)))))))))))((((((.((((((((((.........))))).))).))..))))))..... ( -35.10) >DroEre_CAF1 63923 94 - 1 CGGUAGCAAUUGGGCCGCUGGAUUGUGUCGGAUGCUCUGCAGAAGCAGCUGCUGCAUCAGAUGUCCUAGCUCGUCGUACGCCUGCUGCUCUAAC .(((((((....(((.(((((((...(((.(((((...((((......)))).))))).))))))).)))..(.....)))))))))))..... ( -33.30) >DroYak_CAF1 62008 94 - 1 CGGUAGCAAUUGGGCUGCUGGAUUGUGUCGGAUGCUCUGCAGCAGUAGCUGCUGCAUCAGAUGUCCCAGCUCGUCGUACGCUUGCUGCUCCAAC .((((((((..((((((..((((...(((.(((((...(((((....))))).))))).)))))))))))))((.....))))))))))..... ( -39.10) >DroPer_CAF1 73356 94 - 1 AGGCUGCAGUUGGGCAUUGGUGUUGUGUUUGACGCACUGCAGCAAAAGCUGACGCAUCAGCUGGCCCACCUCAUCGUAGGCCUGCAGUUCUAGC .((((((((.(((((.(((.(((.((((.....)))).))).))).((((((....)))))).)))))(((......))).))))))))..... ( -37.80) >consensus CGGUUGCAAUUGGGCAGCUGAAUUGUGUCGGACGCUCUGCAGCAACAGCUGCUGCAUCAGAUGUCCCAGCUCGUCGUACGCCUGCUGCUCUAAC .((((((((...((((((((..((((..(((.....)))..))))))))))))((....((((........))))....))))))))))..... (-21.07 = -21.38 + 0.31)
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