Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,744,547 – 6,744,639 |
Length | 92 |
Max. P | 0.994543 |
Location | 6,744,547 – 6,744,639 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 94 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 67.07 |
Mean single sequence MFE | -24.03 |
Consensus MFE | -8.54 |
Energy contribution | -11.02 |
Covariance contribution | 2.47 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -2.80 |
Structure conservation index | 0.36 |
SVM decision value | 2.49 |
SVM RNA-class probability | 0.994543 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 6744547 92 + 22407834 AGGGCUUCU--GUUCAUUGGGAGCAGAGCCCCACAAAUGUUAAUGGGACACUCAUUAUUAUUGAUUAGUUGUUUAGUUGAUGGACAGCUAUCAC .(((((.((--((((.....)))))))))))....((((.(((((((...))))))).))))(((.(((((((((.....)))))))))))).. ( -32.80) >DroSec_CAF1 11514 76 + 1 AGGGCUUCU--GUUUAUUGGGAGCAGAGCCCCACUAAUGUUAAUGGGACGCUCAUUAAUAUUGAUUAGUUAUUU----------------UAAG .(((((.((--((((.....)))))))))))...(((((((((((((...)))))))))))))...........----------------.... ( -25.30) >DroSim_CAF1 12011 76 + 1 AGGGCUUCU--GUUUAUUGGGAGCAGAGCCCCACAAAUGUUAAUGGGACGCUCAUUAAUAUUGAUUAGUUGUUU----------------UAGG .(((((.((--((((.....)))))))))))....((((((((((((...))))))))))))............----------------.... ( -24.40) >DroEre_CAF1 14899 85 + 1 GGGGCUUCU--CUUUAUUGGGAACAGAGCCCCACAAAUGUUAAUGGGAUGUUCAUUAAUAUUGAUUAGUUGUAUA-------GGCAGCCAUCAC (((((((((--(......))))....))))))...(((((((((((.....)))))))))))(((..(((((...-------.))))).))).. ( -26.80) >DroYak_CAF1 13246 82 + 1 AGGGCUUCU--GUUUAUUGGGAGCAGAGCCACACAAAAGUUAAUGGG---UUCAAUUAUAUUGAUUAGUUGUAUA-------GGCAGCCAUCAC ..(((((((--((((.....)))))))(((..((((.((((((((..---........))))))))..))))...-------)))))))..... ( -21.70) >DroPer_CAF1 14894 74 + 1 AUGGCUUCUCUGUGCUUUAGAGACAGGAAAAUAAAAAUAUCU-------AUUAAUUAUCAUUGAUUAGCCACU-AGAUGCUG------------ .((((.((((((.....))))))...................-------..((((((....))))))))))..-........------------ ( -13.20) >consensus AGGGCUUCU__GUUUAUUGGGAGCAGAGCCCCACAAAUGUUAAUGGGACGCUCAUUAAUAUUGAUUAGUUGUUUA_______________UCAC .(((((.((..((((.....)))))))))))....((((((((((((...))))))))))))................................ ( -8.54 = -11.02 + 2.47)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:28:31 2006