Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,738,966 – 6,739,083 |
Length | 117 |
Max. P | 0.871087 |
Location | 6,738,966 – 6,739,083 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.63 |
Mean single sequence MFE | -43.58 |
Consensus MFE | -23.47 |
Energy contribution | -26.53 |
Covariance contribution | 3.06 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -2.25 |
Structure conservation index | 0.54 |
SVM decision value | 0.87 |
SVM RNA-class probability | 0.871087 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 6738966 117 - 22407834 CCUUCCUGUUCCAGCAUCAGCAGCUGGUGAACGAGGAUGGUCGCAUCCAGCACGACGGUGGCCAGCG---GCUGGAGCCGAUGGUCAAGAGCUGCCUCUCGCUGGUGGACAAGAUGAAGG (((((.(((((((((....((((((.(((.....(((((....)))))..))).....((((((.((---((....)))).))))))..)))))).....)))))..))))....))))) ( -48.30) >DroVir_CAF1 7973 117 - 1 CGUUCCUCUACCAGCACCAGCAGCUGGUCAACGAGGAUGGACGCAUCCAGCACGA---UGGCCAACGUACGCUCGACCACAUGGUCAAGAGCUGUGUUACGCUGGUGGAGAAAAUGAAGG ((((.((((((((((....(((((((((((.((.(((((....)))))....)).---)))))........((.((((....)))).)))))))).....))))))))))..)))).... ( -48.30) >DroGri_CAF1 6835 117 - 1 CCUUCCUCUAUCAGCAUCAGCAGCUGGUCAACGAGGAUGCACGCAUCCAGCAUGA---UGGCCAGCGUACGCUGGACCACAUGGUCAAGAGCUGCAUUACGCUGGUGGAGAAGAUGAAAA .((((.(((((((((....((((((.........(((((....)))))..((((.---((((((((....))))).)))))))......)))))).....)))))))))))))....... ( -52.40) >DroWil_CAF1 7584 114 - 1 CUUUUCUCUAUCAGCAUCAUCAGUUGGUCAAUGAGGAUGGACGCAUCCAACACGA---UGGCCAGCG---UUUAGAGAACAUGAUAAAGACCUGCCUCUUGCUAAUAGACAAAAUGAAAA .((((.(((((.((((((((..((((((((.((.(((((....)))))....)).---))))))))(---(((...))))))))).((((......))))))).))))).))))...... ( -30.00) >DroMoj_CAF1 7048 117 - 1 CCUUCCUCUACCAGCACCAGCAGCUGGUCAACGAGGAUGGGCGCAUCCAGCACGA---CGGACAGCGCACGCUCGACCACAUGGUCAAGAGCUGUGUGACUCUGGUUGAGAAGAUGAAGG (((((.(((.(((((.......)))))(((((..(((((....))))).......---((((...(((((((((((((....))))..)))).)))))..)))))))))..))).))))) ( -49.20) >DroAna_CAF1 6609 114 - 1 CCUUUCUCUUCCAGCACCAGCUCCUGGUCAACGAGGAUGGACGGGUGCAGCACGACG---GCCAGCG---GCUGGAUCCAAUGGUGAAGAGCUGCCUCUCCCUGAUCGAUAAAAUGAAGA ......(((((..(.(((((...))))))..(((....(((.(((.(((((.(..((---.(((..(---(......))..)))))..).)))))))))))....))).......))))) ( -33.30) >consensus CCUUCCUCUACCAGCACCAGCAGCUGGUCAACGAGGAUGGACGCAUCCAGCACGA___UGGCCAGCG___GCUGGACCACAUGGUCAAGAGCUGCCUCACGCUGGUGGAGAAAAUGAAGA ......(((((((((..((((.((((((((.((.(((((....)))))....))....)))))))).....((.((((....)))).)).))))......)))))))))........... (-23.47 = -26.53 + 3.06)
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