| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,698,669 – 6,698,766 |
| Length | 97 |
| Max. P | 0.882793 |
| Location | 6,698,669 – 6,698,766 |
|---|---|
| Length | 97 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 100 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 81.33 |
| Mean single sequence MFE | -28.97 |
| Consensus MFE | -20.05 |
| Energy contribution | -21.33 |
| Covariance contribution | 1.28 |
| Combinations/Pair | 1.26 |
| Mean z-score | -2.39 |
| Structure conservation index | 0.69 |
| SVM decision value | 0.92 |
| SVM RNA-class probability | 0.882793 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 6698669 97 - 22407834 AGCUGUGCACUCGAUUCCCAACAUUGCCUGGUGUCGAGCCGGCAUAAUUAUUAUUUAUCUGGCUCAGAGCAAAGACACCAAAUUGGUAGCCAGCUCC--- (((((.((((.(((((............((((((((((((((.((((.......)))))))))))........)))))))))))))).)))))))..--- ( -32.20) >DroSec_CAF1 11696 97 - 1 AGCUGUGCACUCGAUUCCCAACAUUGCCUGGUGUCGAGCCGUCAUAAUUAUUAUUUAUCUGGCUCAGAGCAAAGACACCAAAUUGGUAGCCAGCUCC--- (((((.((((.(((((............(((((((((((((..((((.......)))).))))))........)))))))))))))).)))))))..--- ( -28.10) >DroEre_CAF1 11821 96 - 1 AGCUGUGCACUCGAUUC-CAACAUGGCCUGGUGUCGAGCCGGCAUAAUUAUUAUUUAUCUGGCUCAGAGCAAAGACACCAAAUUGGUAGCCAGCUAU--- (((((.((((.((((((-(.....))..((((((((((((((.((((.......)))))))))))........)))))))))))))).)))))))..--- ( -34.60) >DroWil_CAF1 20482 91 - 1 ACUUGUGUACUCGUUUCAU--------AUGGAACCGAUCCAGCAUAAUUAUUAUUUAUCUGGCUCAGUGCGAA-ACGCCAAAUUGGUAGCCCGCGCUCUG ............(((((..--------..))))).((.((((.((((.......)))))))).))((((((..-..(((.....)))....))))))... ( -21.80) >DroYak_CAF1 11944 96 - 1 AGCUGUGCACUCGAUUC-CAACAUUGCCUGGUGUCGAGUCGGUAUAAUUAUUAUUUAUCUGGCUCAGAGCAAAGACACCAGAUUGGUAGCCAGCUCC--- (((((.((((.((((..-.........(((((((((((((((.((((.......)))))))))))........)))))))))))))).)))))))..--- ( -31.30) >DroAna_CAF1 16134 91 - 1 UAGUAUGUAUGGGUUUU-GA-----GCCUGGUGUUGAGCCGCCAUAAUUAUAAUUUAUCUGGCUCAGAGCAAAGACACCAAAUUGGUAGCCCGUUCU--- ......(.((((((((.-.(-----...(((((((((((((..((((.......)))).)))))))........))))))..)..).))))))).).--- ( -25.80) >consensus AGCUGUGCACUCGAUUC_CAACAUUGCCUGGUGUCGAGCCGGCAUAAUUAUUAUUUAUCUGGCUCAGAGCAAAGACACCAAAUUGGUAGCCAGCUCC___ .((((.((((.(((((............((((((((((((((.((((.......)))))))))))........)))))))))))))).))))))...... (-20.05 = -21.33 + 1.28)
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