Locus 2374

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	6,452,332 – 6,452,452
Length	120
Max. P	0.996972

overview

Window 7

Location	6,452,332 – 6,452,452
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.61
Mean single sequence MFE	-41.02
Consensus MFE	-33.53
Energy contribution	-34.67
Covariance contribution	1.14
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.96
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.10
SVM RNA-class probability	0.583615
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6452332 120 + 22407834
GCGUAGGCCUGGCUAACGUGCCAGUCCCUGGCUGCUAAGAAACGCAGGAUGGUCUGAUAACUGGGCACACGCUCCAAGUCAUCGACACCAUCCAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAGCUUG
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>DroVir_CAF1 36021 120 + 1
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>DroGri_CAF1 33076 120 + 1
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..........((((((((((.....)))))((((.(.(((((.((..((((((.((((..((((((....)).))))...))))..))))))..)).))))).))))).....))))).. ( -39.10)
>DroWil_CAF1 28314 120 + 1
GAAAAGGCCUGACUGACAUGCCAAUCUCUGGCUGACAAGAAACGCAAGAUGGUCUGAUAACUGGGCAUACGCUCCAAGUCAUCGACACCAUCAAGCAUUUUUCUCAGCUCCAGCAAUUUG
.....(((.((.....)).)))...((..((((((.(((((..((..((((((.((((.(((((((....)).)).))).))))..))))))..)).))))).))))))..))....... ( -33.70)
>DroMoj_CAF1 45637 120 + 1
GCAUAGGCCUGGCUAACGUGCCAGUCGCGUGCUGACAAGAAACGCAAGAUGGUCUGAUAACUGGGCAUACGCUCCAGAUCAUCGACACCAUCGAGCAUUUUUCUCAGCUCCAGCAGCUUG
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>DroAna_CAF1 19452 120 + 1
GAAAAGGCCUGGCUGACGUGCCAGUCUCUAGCUGCCAAGAAACGCAGUAUGGUCUGAUAACUGGGCACACGCUCCAGGUCAUCGACACCAUCCAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAGCUUG
....(((((((((......))))).((..((((((.(((((..((.(.(((((.((((..((((((....)).))))...))))..))))).).)).))))).))))))..))..)))). ( -39.70)
>consensus
GAAUAGGCCUGGCUGACGUGCCAGUCGCGUGCUGACAAGAAACGCAAGAUGGUCUGAUAACUGGGCAUACGCUCCAGAUCAUCGACACCAUCCAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAGCUUG
....(((((((((......)))))......(((((.(((((..((..((((((.((((..((((((....)).))))...))))..))))))..)).))))).))))).......)))). (-33.53 = -34.67 +   1.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	6,452,332 – 6,452,452
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.61
Mean single sequence MFE	-49.00
Consensus MFE	-43.37
Energy contribution	-43.07
Covariance contribution	-0.30
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.97
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	2.78
SVM RNA-class probability	0.996972
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6452332 120 - 22407834
CAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUUCUUAGCAGCCAGGGACUGGCACGUUAGCCAGGCCUACGC
...((..(((..(((((...((((((.(((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))).))))))....))))))))((.(((((......))))).))...)) ( -54.00)
>DroVir_CAF1 36021 120 - 1
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...((....((.(((((((.((((((.(((((((.(.(((((.((((.((....)))))))))))).))))))).)))))).))).))))......(((((......))))).))...)) ( -50.10)
>DroGri_CAF1 33076 120 - 1
CAAGCUGUUGGAGCUGCGAAAAAUGCUCGAUGGUGUCGAUGAUCUGGAGCGUAUGCCCAGUUAUCAGACCAUCUUGCGUUUCUUGUCAGCACGCGAUUGGCACGUCAGCCAGGCCUAUUC
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>DroWil_CAF1 28314 120 - 1
CAAAUUGCUGGAGCUGAGAAAAAUGCUUGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUAUGCCCAGUUAUCAGACCAUCUUGCGUUUCUUGUCAGCCAGAGAUUGGCAUGUCAGUCAGGCCUUUUC
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>DroMoj_CAF1 45637 120 - 1
CAAGCUGCUGGAGCUGAGAAAAAUGCUCGAUGGUGUCGAUGAUCUGGAGCGUAUGCCCAGUUAUCAGACCAUCUUGCGUUUCUUGUCAGCACGCGACUGGCACGUUAGCCAGGCCUAUGC
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>DroAna_CAF1 19452 120 - 1
CAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACCUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUACUGCGUUUCUUGGCAGCUAGAGACUGGCACGUCAGCCAGGCCUUUUC
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>consensus
CAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACCUGGAGCGUAUGCCCAGUUAUCAGACCAUCUUGCGUUUCUUGUCAGCAAGCGACUGGCACGUCAGCCAGGCCUAUGC
.........((.(((((.((((((((..((((((.(.(((((.((((.((....)))))))))))).))))))..)))))).)).)))))......(((((......))))).))..... (-43.37 = -43.07 +  -0.30)

alignment

secondary structure

dotplot

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