Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,353,952 – 6,354,071 |
Length | 119 |
Max. P | 0.570173 |
Location | 6,353,952 – 6,354,071 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.65 |
Mean single sequence MFE | -42.27 |
Consensus MFE | -15.38 |
Energy contribution | -16.60 |
Covariance contribution | 1.23 |
Combinations/Pair | 1.36 |
Mean z-score | -2.40 |
Structure conservation index | 0.36 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.570173 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 6353952 119 + 22407834 ACUUCGCCUCCGCCAGGCGUUGCCAGUUGAGGCGAUUCCGGUUGCAGAUCGUUAUGACCGGAAAUGGUAUGCGGUAAACCGGAAACCGCGUGCUAUCCACCACCGUCUGGAAGUGGGCG ....((((..(.((((((((((((......)))))((((((((((.....))...))))))))((((((((((((.........)))))))))))).......)))))))..)..)))) ( -51.10) >DroVir_CAF1 9421 119 + 1 CUUUAGCCAAAUCCAAACGCUGCCAGUUGAGGCGAUUGUGAUUGCAUAUGGUGAUGACCGGAAAUGCAAUGCGGUAAACCGGAAAACGCGUGCUAUCGACCACAGUCUGAAAUUUGCCA .....(.(((((.........(((......)))((((((((((((((.((((....))))...))))))).(((((.((((.....)).))..)))))..)))))))....))))).). ( -32.40) >DroGri_CAF1 2448 119 + 1 UCUUGGCCCGGUCCAAACGUUGCCAAUUGAGGCGAUUGUGAUUGCAAAUGGUGAUGACCGGAAACGGUAUGCGAUAAACCGGAUAACGAGUGCUAUCCACCACAGUUUGGAAUUUGCCA ...((((....(((((((((((((......))))))((((((((((..........((((....)))).)))))).....(((((........)))))..)))))))))))....)))) ( -42.90) >DroWil_CAF1 1288 119 + 1 GUUUGGCCUCCGCCAGACGCUGCCAAUUCAAGCGAUUAUUAUUACAGAUUGUAAUGACUGGAAAUGGUAUACGAUAUACCGGAUAUCGUGUGCUAUCCACCACAGUUUGAAAAUGUCCU (((((((....)))))))........(((((((.....(((((((.....))))))).((((..(((((((((((((.....))))))))))))))))).....)))))))........ ( -40.10) >DroMoj_CAF1 12691 119 + 1 GCUUGGCCAGGGGCAAACGCUGCCAAUUCAGGCGAUUGUGAUUGCAUAUGGUGAUGACCGGAAAUGCAAUACGAUAGACCGGAUAACGCGUGCUAUCCACAACAGUUUGAAAGUUGCCA ...((((....((((.....))))..(((((((..((((((((((((.((((....))))...)))))))..(((((((((.....)).)).))))))))))..)))))))....)))) ( -40.80) >DroAna_CAF1 1571 119 + 1 CUUUGGCCUGCGGCAGCCGCUCCCAGUUCAGCCUAUUCCGAUUACAAAUGGUGAUCACUGGAAAGGGUAUCCGGUACACCGGGUAUCGGGUACUAUCCACCACCGUCUGGAAGUUGGCA ..((((...((((...))))..))))....(((..((((((((((.....))))))..((((...((((((((((((.....)))))))))))).)))).........))))...))). ( -46.30) >consensus CCUUGGCCUGCGCCAAACGCUGCCAAUUCAGGCGAUUGUGAUUGCAAAUGGUGAUGACCGGAAAUGGUAUGCGAUAAACCGGAUAACGCGUGCUAUCCACCACAGUCUGAAAGUUGCCA .............(((((...(((......))).......(((((.....)))))....(((..(((((((((.............))))))))))))......))))).......... (-15.38 = -16.60 + 1.23)
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