Locus 2336

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 6,334,441 – 6,334,583
Length 142
Max. P 0.939947
window3766 window3767 window3768

overview

Window 6

Location 6,334,441 – 6,334,543
Length 102
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.49
Mean single sequence MFE -46.71
Consensus MFE -35.53
Energy contribution -34.95
Covariance contribution -0.58
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.88
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 1.28
SVM RNA-class probability 0.939947
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6334441 102 + 22407834
ACCAACGAUUUGGCAGGUUGAGAUCGUCUUGGGCUAGCUUUAGCUUUGCCGCCAGCUUGGAGUGCUGACCUGCCG---UUGUGGCCUUUUCCCUGCCCAGUGUGG
.(((((.....(((((((.............(((.(((....)))..)))..((((.......))))))))))).---.((.(((.........))))))).))) ( -32.30)
>DroVir_CAF1 44534 102 + 1
ACCAACGAUGCGGCAGAUUGAGAUCGUCCUGGGCCAGCUUCAUUUUCGUUGCCAGCUUGGCAUGUUGGGCGGCUG---UGCUGGCCUUCUCUCUGCCGAGCGUGG
.(((.((...(((((((..((((.......((((((((..((........(((.(((..(....)..))))))))---.)))))))))))))))))))..))))) ( -45.31)
>DroPse_CAF1 64475 102 + 1
ACCAUCGAUUGGGCAGAUUGAGAUCGUCUUGGGCCAGCUUCAUCUUUGCCGCCAGCUUUGCAUGCUGGUUGGAGG---AGGUGGCCUUCUCUCUGCCCAGCGUGG
.(((.((.(((((((((..((((.......((((((.((((.(((.....((((((.......)))))).)))))---)).)))))))))))))))))))))))) ( -50.41)
>DroGri_CAF1 19173 105 + 1
ACCAGCGAUGCGGCAGAUUUAGAUCGUCCUGGGCCAGCUUCAUUUUGGUCGCCAGCUUGGCUUGCUGGGCGGCCGAGGAGCUGGCCUUCUCUCUGCCGAGCGUGG
.(((.((...(((((((...(((.......(((((((((((...((((((((((((.......))).))))))))))))))))))))))).)))))))..))))) ( -57.01)
>DroAna_CAF1 26392 99 + 1
ACCAACGAUUGGGGAGGUUGAGGUCAUCCUGGGCCAGUUUCAGCUUCGCCGCUAGCUUGGCGUGUUGCCCGGCC------GUGGCCUUCUCCCUGCCCAGCGUGG
.(((.((.(((((.(((..((((((((.((((((.......(((..(((((......))))).)))))))))..------)))))).))..))).)))))))))) ( -44.81)
>DroPer_CAF1 62559 102 + 1
ACCAUCGAUUGGGCAGAUUGAGAUCGUCUUGGGCCAGCUUCAUCUUUGCCGCCAGCUUUGCAUGCUGGUUGGAGG---AGGUGGCCUUCUCUCUGCCCAGCGUGG
.(((.((.(((((((((..((((.......((((((.((((.(((.....((((((.......)))))).)))))---)).)))))))))))))))))))))))) ( -50.41)
>consensus
ACCAACGAUUGGGCAGAUUGAGAUCGUCCUGGGCCAGCUUCAUCUUUGCCGCCAGCUUGGCAUGCUGGCCGGCCG___AGGUGGCCUUCUCUCUGCCCAGCGUGG
.(((.((.(((((((((..((((.......((((((...........(((((((((.......))))).))))........)))))))))))))))))))))))) (-35.53 = -34.95 +  -0.58)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 7

Location 6,334,441 – 6,334,543
Length 102
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.49
Mean single sequence MFE -37.15
Consensus MFE -24.67
Energy contribution -25.28
Covariance contribution 0.61
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.742668
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6334441 102 - 22407834
CCACACUGGGCAGGGAAAAGGCCACAA---CGGCAGGUCAGCACUCCAAGCUGGCGGCAAAGCUAAAGCUAGCCCAAGACGAUCUCAACCUGCCAAAUCGUUGGU
(((.((..((((((......(((....---.)))..((((((.......))))))(((..(((....))).)))..............)))))).....))))). ( -33.10)
>DroVir_CAF1 44534 102 - 1
CCACGCUCGGCAGAGAGAAGGCCAGCA---CAGCCGCCCAACAUGCCAAGCUGGCAACGAAAAUGAAGCUGGCCCAGGACGAUCUCAAUCUGCCGCAUCGUUGGU
(((((..(((((((((((.(((((((.---.....(.....).((((.....))))...........)))))))(.....).))))..)))))))...)).))). ( -36.10)
>DroPse_CAF1 64475 102 - 1
CCACGCUGGGCAGAGAGAAGGCCACCU---CCUCCAACCAGCAUGCAAAGCUGGCGGCAAAGAUGAAGCUGGCCCAAGACGAUCUCAAUCUGCCCAAUCGAUGGU
(((((.((((((((((((.((((((.(---(.(((..(((((.......)))))..)....)).)).).)))))(.....).))))..))))))))..)).))). ( -37.10)
>DroGri_CAF1 19173 105 - 1
CCACGCUCGGCAGAGAGAAGGCCAGCUCCUCGGCCGCCCAGCAAGCCAAGCUGGCGACCAAAAUGAAGCUGGCCCAGGACGAUCUAAAUCUGCCGCAUCGCUGGU
(((((..(((((((.(((.((((((((.(..((.((((.(((.......))))))).)).....).))))))))(.....).)))...)))))))...)).))). ( -44.10)
>DroAna_CAF1 26392 99 - 1
CCACGCUGGGCAGGGAGAAGGCCAC------GGCCGGGCAACACGCCAAGCUAGCGGCGAAGCUGAAACUGGCCCAGGAUGACCUCAACCUCCCCAAUCGUUGGU
(((((.((((.(((..((.((((..------((((((.((.(.((((........))))..).))...))))))..))....))))..))).))))..)).))). ( -35.40)
>DroPer_CAF1 62559 102 - 1
CCACGCUGGGCAGAGAGAAGGCCACCU---CCUCCAACCAGCAUGCAAAGCUGGCGGCAAAGAUGAAGCUGGCCCAAGACGAUCUCAAUCUGCCCAAUCGAUGGU
(((((.((((((((((((.((((((.(---(.(((..(((((.......)))))..)....)).)).).)))))(.....).))))..))))))))..)).))). ( -37.10)
>consensus
CCACGCUGGGCAGAGAGAAGGCCACCU___CGGCCGACCAGCAUGCCAAGCUGGCGGCAAAGAUGAAGCUGGCCCAAGACGAUCUCAAUCUGCCCAAUCGUUGGU
(((((..(((((((((((.(((..........)))..............((((((............)))))).........))))..)))))))...)).))). (-24.67 = -25.28 +   0.61)

alignment

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secondary structure

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Window 8

Location 6,334,472 – 6,334,583
Length 111
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.07
Mean single sequence MFE -44.60
Consensus MFE -28.09
Energy contribution -27.71
Covariance contribution -0.38
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.63
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.526443
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6334472 111 + 22407834
GGCUAGCUUUAGCUUUGCCGCCAGCUUGGAGUGCUGACCUGCCG---UUGUGGCCUUUUCCCUGCCCAGUGUGGCGGAUUUCUGUUUGUCGGGUGUUUUGCUGCGUGACAAAAA
(((.(((....)))..)))..((((.......))))..((((((---(((.(((.........))))))..)))))).......(((((((.((........)).))))))).. ( -34.60)
>DroVir_CAF1 44565 111 + 1
GGCCAGCUUCAUUUUCGUUGCCAGCUUGGCAUGUUGGGCGGCUG---UGCUGGCCUUCUCUCUGCCGAGCGUGGCAGACUUUUGUUUAUCGGGCGUUUUGCUGCGCGACAGAAU
(((((((..((........(((.(((..(....)..))))))))---.))))))).....((((....(((..((((((.((((.....)))).).)))))..)))..)))).. ( -42.40)
>DroPse_CAF1 64506 111 + 1
GGCCAGCUUCAUCUUUGCCGCCAGCUUUGCAUGCUGGUUGGAGG---AGGUGGCCUUCUCUCUGCCCAGCGUGGCCGCCUUCUGUUUGUCGGGGGUCUUGCUGCGCGCCAAAAA
(((((.((((.(((.....((((((.......)))))).)))))---)).)))))........((.(((((.((((.((..(.....)..)).)))).))))).))........ ( -47.60)
>DroGri_CAF1 19204 114 + 1
GGCCAGCUUCAUUUUGGUCGCCAGCUUGGCUUGCUGGGCGGCCGAGGAGCUGGCCUUCUCUCUGCCGAGCGUGGCCGACUUUUGUUUGUCGGGCGUUUUGCUGCGCGACAAAAU
((((((((((...((((((((((((.......))).))))))))))))))))))).....((.((((....)))).))......(((((((.(((......))).))))))).. ( -56.70)
>DroEre_CAF1 26074 111 + 1
AGCUAGCUUCAGCUUCGCCGCCAGCUUGGAGUGCUGGCCUGCCG---UCGUGGCCUUUUCCCUGCCCAGCGUGGCGGAUUUCUGUUUGUCGGGCGUUUUGCUACGUGAUAAGAA
.((((((........((((((((((.......))))))((((((---.((((((.........)))..)))))))))..............))))....)))).))........ ( -36.90)
>DroPer_CAF1 62590 111 + 1
GGCCAGCUUCAUCUUUGCCGCCAGCUUUGCAUGCUGGUUGGAGG---AGGUGGCCUUCUCUCUGCCCAGCGUGGCCGCCUUCUGUUUGUCGGGGGUCUUGCUGCGCGCCAGAAA
(((((.((((.(((.....((((((.......)))))).)))))---)).)))))((((...(((.(((((.((((.((..(.....)..)).)))).))))).)))..)))). ( -49.40)
>consensus
GGCCAGCUUCAUCUUUGCCGCCAGCUUGGCAUGCUGGCCGGCCG___AGGUGGCCUUCUCUCUGCCCAGCGUGGCCGACUUCUGUUUGUCGGGCGUUUUGCUGCGCGACAAAAA
(((((.(.........(((((((((.......))))).))))......).))))).............(((((((.(((..(((.....)))..)))..)))))))........ (-28.09 = -27.71 +  -0.38)

alignment

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