Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 675,324 – 675,433 |
Length | 109 |
Max. P | 0.999939 |
Location | 675,324 – 675,419 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 5 |
Columns | 95 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 96.42 |
Mean single sequence MFE | -35.14 |
Consensus MFE | -32.66 |
Energy contribution | -33.26 |
Covariance contribution | 0.60 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.40 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 1.03 |
SVM RNA-class probability | 0.902782 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 675324 95 + 22407834 GGGGCGGUGCAAAAGGCCACGACGAUGGCGUCCCCGUCCCAAGUGAGCCAACUGAACCACCACAGGCGGUUCAAUCAGCAGCCCACCGGCACCAC (((.(((((.....((((((...(((((.....)))))....))).)))...((((((.((...)).))))))..........))))).).)).. ( -36.40) >DroSec_CAF1 63560 95 + 1 GGGGCGGUGCAAGAAGCCACGACGAUGGCGUCCCCGUCCCAAGUGAGCCAACUGAACCACCACAGGCGGUUCAAUCAGCAGCCCACCGGCACCAC (((((((.(...((.((((......)))).))))))))))..(((.((....((((((.((...)).))))))....)).(((....)))..))) ( -35.50) >DroSim_CAF1 68319 95 + 1 GGGGCGGUGCAAGAAGCCACGACGAUGGCGUCCCCGUCCCAAGUGAGCCAACUGAACCACCACAGGCGGUUCAAUCAGCAGCCCACCGGCACCAC (((((((.(...((.((((......)))).))))))))))..(((.((....((((((.((...)).))))))....)).(((....)))..))) ( -35.50) >DroEre_CAF1 72733 95 + 1 GGGGCGGUGCAAGAAGCCACGAUGAUGGCGUCCCCGUCCCAAGUGAGCCAACUGAACCACCACAGGCGGUUCAAUCAGCAGCCCACCGGCACCAC (((((((.(...((.((((......)))).))))))))))..(((.((....((((((.((...)).))))))....)).(((....)))..))) ( -35.50) >DroYak_CAF1 68584 95 + 1 GGGGCGGUGCAAGAAGCCACGAUGAUGGCGUCCGCGUCCCAAGCGAGCCAACUGAACCACCACGGGCGGUUCAUACAGCAGCCCACCGGCACCAC (((.(((((...((.((((......)))).))(((.......))).((....((((((.((...)).))))))....))....))))).).)).. ( -32.80) >consensus GGGGCGGUGCAAGAAGCCACGACGAUGGCGUCCCCGUCCCAAGUGAGCCAACUGAACCACCACAGGCGGUUCAAUCAGCAGCCCACCGGCACCAC (((((((.....((.((((......)))).)).)))))))..(((.((....((((((.((...)).))))))....)).(((....)))..))) (-32.66 = -33.26 + 0.60)
Location | 675,324 – 675,419 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 5 |
Columns | 95 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.42 |
Mean single sequence MFE | -47.62 |
Consensus MFE | -46.12 |
Energy contribution | -46.40 |
Covariance contribution | 0.28 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -2.65 |
Structure conservation index | 0.97 |
SVM decision value | 4.69 |
SVM RNA-class probability | 0.999939 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 675324 95 - 22407834 GUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUGGCCUUUUGCACCGCCCC (((((((....(((((((..(((((((((((...)))))))))))..)).......((.((....))))........)))))...)))))))... ( -49.00) >DroSec_CAF1 63560 95 - 1 GUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUGGCUUCUUGCACCGCCCC ((((((((((((((((...((((((((((((...))))))))))))))))))).)))..((((((.(((((....)))))))))))))))))... ( -48.40) >DroSim_CAF1 68319 95 - 1 GUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUGGCUUCUUGCACCGCCCC ((((((((((((((((...((((((((((((...))))))))))))))))))).)))..((((((.(((((....)))))))))))))))))... ( -48.40) >DroEre_CAF1 72733 95 - 1 GUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCAUCGUGGCUUCUUGCACCGCCCC ((((((((((((((((...((((((((((((...))))))))))))))))))).)))..((((((.(((((....)))))))))))))))))... ( -48.40) >DroYak_CAF1 68584 95 - 1 GUGGUGCCGGUGGGCUGCUGUAUGAACCGCCCGUGGUGGUUCAGUUGGCUCGCUUGGGACGCGGACGCCAUCAUCGUGGCUUCUUGCACCGCCCC (((((((.((.((((..(....(((((((((...)))))))))(.((((((((.......))))..)))).)...)..)))))).)))))))... ( -43.90) >consensus GUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUGGCUUCUUGCACCGCCCC (((((((.((((((((...((((((((((((...)))))))))))))))))))).......((((.(((((....))))).)))))))))))... (-46.12 = -46.40 + 0.28)
Location | 675,341 – 675,433 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 5 |
Columns | 92 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.74 |
Mean single sequence MFE | -40.60 |
Consensus MFE | -38.28 |
Energy contribution | -38.28 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -2.53 |
Structure conservation index | 0.94 |
SVM decision value | 4.10 |
SVM RNA-class probability | 0.999795 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 675341 92 - 22407834 AGUUACUUUCCUUGGUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUG .....((.((((.(((((.(((....))).((..(((((((((((...)))))))))))..))))))).)))).)).((((....))))... ( -41.80) >DroSec_CAF1 63577 92 - 1 AGUUACUUUCCUUGGUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUG .....((.((((.(((((.(((....))).((..(((((((((((...)))))))))))..))))))).)))).)).((((....))))... ( -41.80) >DroSim_CAF1 68336 92 - 1 AGUUACUUUCCUUGGUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUG .....((.((((.(((((.(((....))).((..(((((((((((...)))))))))))..))))))).)))).)).((((....))))... ( -41.80) >DroEre_CAF1 72750 92 - 1 ACUUACUUUCCUUGGUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCAUCGUG ............(((((((.((((((((((...((((((((((((...))))))))))))))))))).)))...(....))))))))..... ( -40.30) >DroYak_CAF1 68601 92 - 1 AGUUACUUUCCUUGGUGGUGCCGGUGGGCUGCUGUAUGAACCGCCCGUGGUGGUUCAGUUGGCUCGCUUGGGACGCGGACGCCAUCAUCGUG ............(((((((((((((((((.(((...(((((((((...)))))))))...)))..))))...)).))).))))))))..... ( -37.30) >consensus AGUUACUUUCCUUGGUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUG ............(((((((.((((((((((...((((((((((((...))))))))))))))))))).)))...(....))))))))..... (-38.28 = -38.28 + 0.00)
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