Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,179,276 – 6,179,383 |
Length | 107 |
Max. P | 0.992071 |
Location | 6,179,276 – 6,179,383 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 5 |
Columns | 110 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.12 |
Mean single sequence MFE | -44.30 |
Consensus MFE | -40.54 |
Energy contribution | -40.54 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 2.31 |
SVM RNA-class probability | 0.992071 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 6179276 107 - 22407834 CACUCGCGCUGCGCGGAUUGCGUAU--CCGUAUCUGUCGGAUCUCUUGGCGAUUGGCUGCCAGCCGAUUAAGCCUGAGAUGGGU-AACUGCGUUGAUUCGCGACCGCGUU ....((((...((((((((((((((--(((.......))))((((..((((((((((.....)))))))..))).)))).....-...)))).)))))))))..)))).. ( -42.50) >DroSec_CAF1 15601 107 - 1 CACUCGCGCUGCGCGGAUUGCGUAU--CCGUAUCUGUCGGAUCUCGUGGCGAUUGGCUGCCAGCCGAUUAAGCCUGAGAUGGGU-AGCUGCGUUGAUUCGCGACCGCGUU ..........((((((.(((((.((--(((((.((..(.(.(((((.((((((((((.....)))))))..))))))))).)..-)).))))..))).))))))))))). ( -45.90) >DroSim_CAF1 25061 109 - 1 CACUCGCGCUGCGCGGAUUGCGUAUCUCCGUAUCUGUCGGAUCUCGUGGCGAUUGGCUGCCAGCCGAUUAAGCCUGAGAUGGGU-AACUGCGUUGAUUCGCGACCGCGUU ..........((((((.(((((.(((..((((..(..(.(.(((((.((((((((((.....)))))))..))))))))).)..-)..))))..))).))))))))))). ( -45.30) >DroEre_CAF1 15420 107 - 1 CACUCGCGCUGCGCGGAUUGCGUAU--CCGUAUCUGUCGGAUCUCUUGGCGAUUGGCUGCCAGCCGAUUAAGCCUGAGAUGGGU-AACUGCGAUGAUUCGCGACCGCGAU ...(((((...((((((((((((((--(((.......))))((((..((((((((((.....)))))))..))).)))).....-...)))).)))))))))..))))). ( -44.40) >DroYak_CAF1 26441 108 - 1 CACUCGCGCUGCGCGGAUUGCGUAU--CCGUAUCUGUCGGAUCUCUGGGCGAUUGGCUGCCAGCCGAUUAAGCCUGAGAUGGAAAAACUGCGUUGAUUCGCGACCGCGUU ....((((...((((((((((((((--(((.......))))((((.(((((((((((.....)))))))..)))))))).........)))).)))))))))..)))).. ( -43.40) >consensus CACUCGCGCUGCGCGGAUUGCGUAU__CCGUAUCUGUCGGAUCUCUUGGCGAUUGGCUGCCAGCCGAUUAAGCCUGAGAUGGGU_AACUGCGUUGAUUCGCGACCGCGUU ....((((...(((((((((((((...(((.......)))(((((..((((((((((.....)))))))..))).)))))........)))).)))))))))..)))).. (-40.54 = -40.54 + -0.00)
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