Locus 2277

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 6,171,644 – 6,171,738
Length 94
Max. P 0.823840
window3657

overview

Window 7

Location 6,171,644 – 6,171,738
Length 94
Sequences 5
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.14
Mean single sequence MFE -32.00
Consensus MFE -23.76
Energy contribution -25.40
Covariance contribution 1.64
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.02
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.823840
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6171644 94 + 22407834
GCA--------GGUGGGUAUCUGGAUCUGGAUCUGUUUAUAUGACUGUACGGCUGUAUGGCUAUAUGGCAGUGUGGCACAAUGGCCGGCAGCAAAAGUCAUG
(((--------(((((((......))))..))))))...(((((((.....(((((.(((((((.((((......)).))))))))))))))...))))))) ( -31.70)
>DroSec_CAF1 7929 94 + 1
GCA--------GGUGGGUAUCUGGAUCUGGAUCUGGUUAUAUGACUGUACGGCUGUAUGGCUAUAUGGCAGUGUGGCACAAUGGCCGGCAGCAAAAGUCAUG
...--------.....(((.(..(((....)))..).)))((((((.....(((((.(((((((.((((......)).))))))))))))))...)))))). ( -31.30)
>DroSim_CAF1 17341 94 + 1
GCA--------GGUGGGUAUCUGGAUCUGGAUCUGGUUAUAUGACUGUACGGCUGUAUGGCUAUAUGGCAGUGUGGCACAAUGGCCGGCAGCAAAAGUCAUG
...--------.....(((.(..(((....)))..).)))((((((.....(((((.(((((((.((((......)).))))))))))))))...)))))). ( -31.30)
>DroEre_CAF1 7164 94 + 1
GCAGGUGGCCAGGUUGGUAUCUGGAUCUGGAUCUGGCUAUAUG--------GCCGUAUGGCUAUAUGGCAGUGUGGCACAAUGGCCGGCAGCAAAAGUCAUG
((..(((((((((((.(.((....)).).))))))))))).((--------(((((.(((((((((....))))))).)))))))))...)).......... ( -37.00)
>DroYak_CAF1 17649 83 + 1
-----------GGUUGGUAUCUGGAUCUGGAUCUGGCUAUAUG--------GCUCUACGGCUAUGUGGCAGUGUGGCACAAUGGCCGGCAGCAAAAGUCAUG
-----------(((..(.((((......)))))..))).((((--------(((((.((((((((((.(.....).))).)))))))..))....))))))) ( -28.70)
>consensus
GCA________GGUGGGUAUCUGGAUCUGGAUCUGGUUAUAUGACUGUACGGCUGUAUGGCUAUAUGGCAGUGUGGCACAAUGGCCGGCAGCAAAAGUCAUG
................(((.((((((....)))))).)))((((((.....(((((.(((((((.((((......)).))))))))))))))...)))))). (-23.76 = -25.40 +   1.64)

alignment

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secondary structure

Postscript

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