Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,128,303 – 6,128,420 |
Length | 117 |
Max. P | 0.778747 |
Location | 6,128,303 – 6,128,420 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.16 |
Mean single sequence MFE | -52.37 |
Consensus MFE | -24.44 |
Energy contribution | -27.28 |
Covariance contribution | 2.84 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -2.07 |
Structure conservation index | 0.47 |
SVM decision value | 0.55 |
SVM RNA-class probability | 0.778747 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 6128303 117 + 22407834 GGGCAGCCACUUGUCCGGCUGCGGUCUGCCCAGAUGGGAGACGAACACC---UUGGUCACAUCCUCCAGCUGGGUGCAGUUGUGGGGCAGCAGCAGGCUCCAUAUCUGGGCCUGCAAGCC ((((((....)))))).(((((.((((.(((....))))))).......---..........((..((((((....))))))..))))))).((((((.(((....)))))))))..... ( -53.20) >DroVir_CAF1 4334 117 + 1 UGGCAGCCAUUUAUCCGGCUGCGGUCUGCCCAGCUGCGAGACAAACACC---UUUCCCAGUUCAUCGAGCCGCGUGCAAUUUUGGGGCAGCAACUGUUGCCAAAUGUGCGACUGCAACUG ..((((((........))))))((..((...(((((.((((........---)))).)))))...))..))(((((((...((..((((((....)))))).))..))).)).))..... ( -38.70) >DroPse_CAF1 6661 117 + 1 GGGGAUCCAGCUCUCCGGGUGCGGUCUUCCCAGCUGUGACACAAAGACU---UGGGUCAUCUCGUCCAGGCUGCUGCAGUUGUGGGGCAGCAGCUUCUUCCAGAUCUCGGCCUGGAGGCU ((....))(((.(((((((((.(((((......(((.(((.....(((.---...))).....))))))((((((((.........)))))))).......))))).).))))))))))) ( -45.70) >DroSim_CAF1 395 117 + 1 GGGCAGCCACUUGUCCGGCCGCGGUCUGCCCAGAUGGGAGACCAACACC---UUGGUCACGUCCUCCAGCUGGGUGCAGUUGUGGGGCAGUAGCAGGCUCCAUAUCUGCGCCUGCAAGCU ((((((((.(..........).)).)))))).((((...((((((....---)))))).))))....((((((((((((.((((((((........)))))))).))))))))...)))) ( -53.90) >DroYak_CAF1 359 117 + 1 GGGCAGCCACUUGUCCGGCUCCGGUCUGCCCAGCUGGGAGACGAACAUC---UUGGCCACGUCCUCCAGCUGGGUGCAGUUGUGGGGCAACAGCAUGCUCCAUAUCUGGGCCUGCAAGUC ..((((((....(.(((....))).).((((((((((..((((......---.......))))..)))))))))).(((.(((((((((......))))))))).))))).))))..... ( -57.72) >DroMoj_CAF1 4316 120 + 1 CGGCAGCCAUUUAUCCAGCUGCGGUCUACCUAGCUGGGAGACGAACACCAGCUGAGCCACUUGCUCCAGCUGGGUGCAGUUGGGUGGCAGCAGUUGGCGCCAAAUGGCCUGCUGCAGCUG ((((((((((((..((((((((.(.((((((((((((....)..((.((((((((((.....))).))))))))).)))))))))))).))))))))....)))))).))))))...... ( -65.00) >consensus GGGCAGCCACUUGUCCGGCUGCGGUCUGCCCAGCUGGGAGACGAACACC___UUGGCCACGUCCUCCAGCUGGGUGCAGUUGUGGGGCAGCAGCAGGCUCCAUAUCUGCGCCUGCAAGCC ..((((((........)))))).....((((((((.((((.......................))))))))))))((((.((((((((........)))))))).......))))..... (-24.44 = -27.28 + 2.84)
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