Locus 2227

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 6,045,257 – 6,045,367
Length 110
Max. P 0.829506
window3579

overview

Window 9

Location 6,045,257 – 6,045,367
Length 110
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.80
Mean single sequence MFE -43.72
Consensus MFE -26.07
Energy contribution -23.97
Covariance contribution -2.10
Combinations/Pair 1.57
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.71
SVM RNA-class probability 0.829506
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6045257 110 + 22407834
AGCAACUGACUCGACC--CA-GUUGACUGCAGGGCAGGUUGCCUGGACAAGCUCUGGCCUUUGCUCAGCGGUUGCUUGACCAGCCACACCAGCAGCUCGUCCAGGGCCAGUGA
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>DroPse_CAF1 7765 113 + 1
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>DroSec_CAF1 7122 110 + 1
AGCAAUUGCCUCGACC--CA-GUCGACUGCAGGGCAGGUUGCCUGGACAGGCUCUGGCCAUUGCUCAGCGGCUGCUUCACCAGCCACACCAGCAGCUCGUCCAGGACCAGUGA
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>DroEre_CAF1 8195 110 + 1
AGCAACUGCCUCGGCC--CU-GUCGACUGCAGGGCAGGUUGCCUGGCCAGGCUCUGGCCAUUGCUCAGCGGCUGCUUCACCAGCCACACCAGCAGCUCGUCGAGGGCCAGAGA
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>DroYak_CAF1 8153 110 + 1
AGCAACUGCCUCGGUC--CU-GUCGACUGCAGAGCAGGUUGUCUGGACAGGCUCUGGCCAUUGCUCAGCGGCUGCUUCACCAGCCACACCAGCAGCUCGUCCAGGGCCAGAGA
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>DroPer_CAF1 7748 113 + 1
AGAAGUUGCCGCUCAUUAUUGGCCACCUUCAAGAUGGGCUGCUUGGUUAGACUCUUGCCACUGUCCAUGGGCUGCUUGACCAGCCAGAUUAGCAGCUCAUCCAGCGUCAUGGA
.((((..((((........))))...))))..(((((((((((((((.((...)).)))).........(((((......))))).....)))))))))))............ ( -36.90)
>consensus
AGCAACUGCCUCGACC__CU_GUCGACUGCAGGGCAGGUUGCCUGGACAGGCUCUGGCCAUUGCUCAGCGGCUGCUUCACCAGCCACACCAGCAGCUCGUCCAGGGCCAGAGA
.....(((..(((((......)))))...)))(((.((((((.(((...(((..........)))....(((((......)))))...))))))))).)))............ (-26.07 = -23.97 +  -2.10)

alignment

Postscript

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