Locus 2219

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 5,990,700 – 5,990,805
Length 105
Max. P 0.566309
window3567

overview

Window 7

Location 5,990,700 – 5,990,805
Length 105
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.68
Mean single sequence MFE -39.57
Consensus MFE -16.99
Energy contribution -19.35
Covariance contribution 2.36
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.43
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.566309
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5990700 105 + 22407834
UACUGUGACCGGAGCCCUGUGUUCCGAUGGCAACUGUCUUUGUGCAUCGAAUGCAGAUAUAGUCGUCGUCGGGCUUUAUCUGGCUGCGAUUGAGGCCCACACAGU
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>DroVir_CAF1 70858 99 + 1
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>DroEre_CAF1 51793 105 + 1
UACUGUGACCGGAGCCCUGUGUUCCGAUGGCUACCGUCUUGGUGCAUCGGAUGCAGAUAUAGUCGUCGUCCGGCUUUAUCUGGCUGCGAUUGAGGCCCACACAGU
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>DroYak_CAF1 51024 105 + 1
UACUGUGACCGGAGCCCUGUGUGCCGAUGGCCACUGUCUUGGUGCAUCGGAUGCAGAUAUAGUCGUCGUCCGGCUUUAUCUGGCUGCGAUUGAGGCCCACACAGU
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>DroMoj_CAF1 68478 99 + 1
UACUGCCGCCGGCCAC------GCCCACGCUGACCGUCUUGGAGCAGCGUAUGCAUAUGUAAUCAUCGUCGGCCUUAAUCUGGCUGCGAUUGAGGCCCACACAGU
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>DroAna_CAF1 48677 99 + 1
GAUUAUGGCUGGACACC------CCGAUGGCCACCGUCUUGGUGCAUCGGAUGCAGAUGUAGUCGUCGUCGGGCUUGAUCUGACUCCGGAUCAGGCCCACGCAGU
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>consensus
UACUGUGACCGGAGACC_____GCCGAUGGCCACCGUCUUGGUGCAUCGGAUGCAGAUAUAGUCGUCGUCGGGCUUUAUCUGGCUGCGAUUGAGGCCCACACAGU
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alignment

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