Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,954,619 – 5,954,736 |
Length | 117 |
Max. P | 0.818244 |
Location | 5,954,619 – 5,954,736 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.04 |
Mean single sequence MFE | -41.93 |
Consensus MFE | -18.09 |
Energy contribution | -19.15 |
Covariance contribution | 1.06 |
Combinations/Pair | 1.47 |
Mean z-score | -2.14 |
Structure conservation index | 0.43 |
SVM decision value | 0.67 |
SVM RNA-class probability | 0.818244 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5954619 117 - 22407834 CCAUUUCCUGAGAUGUACAAAUGUGUCUCCGUGAUUAGGAGCAGGGAGGGUUCAAAGGAGCUCUUCUCCUGGUCACAGAUCCAUUGGCAGCUGGGAAUCAGGGAGCACAUCUUGACU .(((((....)))))..((((((((.(((((((((((((((....((((((((....))))))))))))))))))).(((((...(....)..)).)))..))))))))).)))... ( -43.60) >DroVir_CAF1 15899 117 - 1 CCAUUGCCGGCAAUAUGCAAUUGUGUGUCUGUGGUCAGCAGCGUGCAGAGCUCAAAACUGCGCUUCUCCGGAACACAUAUCCACUGGCAGCCGCUGAGCACGGCGCACAUCCUAAUC ..(((((.........)))))((((((.(((((.(((((.((((((((.........))))))......(((.......))).......)).))))).)))))))))))........ ( -40.90) >DroGri_CAF1 10600 117 - 1 CCAUUGCCAGCAAUAUGCAAUUGUGUGUCCGUCGUGAGCAGUGUGCAGAGCUCAAAGCUACGCUUCUCCUGACCACAUGUCCACUGGCAGCCGCUCAGCAUGGCGCACAUCUUCAGU ..(((((.........)))))((((((.((((..(((((.(((..(((((....((((...)))))).)))..))).((((....))))...)))))..))))))))))........ ( -32.50) >DroSim_CAF1 10360 117 - 1 CUAUUUCCUGAGAUGUACAAAUGUGAGUCCGUGAUUAGGAGCAGGGAGGGUUCAAAGGAGCUCUUCUCCUGGUCACAGAUACAUUGGCAGCUGGGAAUCAGGGAGCACAUCUUGACU ....(((((.((.(((...(((((..(((.(((((((((((....((((((((....))))))))))))))))))).)))))))).))).)))))))((((((......)))))).. ( -42.90) >DroEre_CAF1 10266 117 - 1 CCGUUUCCUGAGAUGUACAAAUGCGACUCCGUGAUCAGGAGCAGGGAUGGUUCAAAGUUGCUCUUCUCCUGGUCACAAAUCCAUUGGCAGCUGGGAAUCAGGGAGCACAUCUUGACU ..(((((((((......((..((((....)(((((((((((.((((.(..(.....)..))))).)))))))))))..........)))..))....)))))))))........... ( -40.10) >DroAna_CAF1 10189 117 - 1 CCCUUCCCUGAGAUGUAGAGAUGGGUGGCGGUGGUCAGGAGCAUGCAUGGCUCAAAGCUUUGUUGCUCCUGGCCACAAGUCCAUUGGCAGCGGGGUAGAAGAGCGCAUAUCUUUACU .....(((((...(((...(((((((....(((((((((((((.(((.(((.....))).))))))))))))))))..))))))).))).)))))..(((((.......)))))... ( -51.60) >consensus CCAUUUCCUGAGAUGUACAAAUGUGUGUCCGUGAUCAGGAGCAGGCAGGGCUCAAAGCUGCGCUUCUCCUGGUCACAAAUCCAUUGGCAGCUGGGAAGCAGGGAGCACAUCUUGACU ....((((((((((((((....))))))).(((((((((((...((..(((.....)))..))..))))))))))).....................)).)))))............ (-18.09 = -19.15 + 1.06)
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