Locus 2197

Window 8

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>2L_DroMel_CAF1 5936114 96 + 22407834
CAACACUCAU----UUUCCUCUCCCCCAGCUGUGCAGCACGAGCGCGGUCCUAGGAAACCCAAGUUGCACCCGCAACUGCAUCAUCAUCAUCAUCAUGCU
..........----((((((........(((((((.......)))))))...))))))....((((((....))))))((((.((.......)).)))). ( -20.70)
>DroPse_CAF1 27165 98 + 1
CCUCUAUCUC--UCUCUCUCUUCUUACAGCCGUUCAACACGAGCGUGGUCCUCGGAAACCCAAGCUCCAUCCGCAGUUGCAUCACCAUCAUCAUCACGCG
..........--..................(((.....))).(((((((....(((.........)))....((....))............))))))). ( -14.10)
>DroSec_CAF1 21972 95 + 1
CAACACUCAU----UUUCCUCUCC-CCAGCUGUGCAGCACGAGCGCGGCCCCAGGAAACCGAAGUUGCACCCGCAACUGCAUCACCAUCAUCAUCAUGCU
......((..----((((((....-...(((((((.......)))))))...))))))..))((((((....))))))((((.............)))). ( -23.12)
>DroEre_CAF1 22043 96 + 1
CAACACCCAU----UUUCCUCUCCCCCAGCUGUGCAGCACGAGCGCGGUCCACGGAAACCCAAGUUGCACCCGCAACUGCAUCACCAUCACCAUCAUGCU
..........----.......(((....(((((((.......)))))))....)))......((((((....))))))((((.............)))). ( -20.22)
>DroWil_CAF1 32074 91 + 1
-------AUUUCU-UAUCUC-AUUCUCAGCUGUGCAGCACGAGCGUGGUCCUCGGAAACCGAAAUUGCAUCCCCAAUUGCAUCAUCAUCAUCAUCAUGCG
-------......-......-.......(((....)))....(((((((..((((...))))...((((........))))...........))))))). ( -17.60)
>DroYak_CAF1 22184 96 + 1
CAACACCCAU----UCUCCUCUCCCCCAGCUGUGCAGCACGAGCGCGGUCCACGGAAACCGAAGUUGCAUCCGCAACUGCACCACCAUCAUCAUCAUGCU
..........----.......(((....(((((((.......)))))))....)))....(.((((((....)))))).).................... ( -19.50)
>consensus
CAACACUCAU____UUUCCUCUCCCCCAGCUGUGCAGCACGAGCGCGGUCCUCGGAAACCCAAGUUGCACCCGCAACUGCAUCACCAUCAUCAUCAUGCU
.....................(((....(((((((.......)))))))....)))......((((((....))))))((((.............)))). (-14.72 = -14.22 +  -0.50) 

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Window 9

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5936132 117 + 22407834
CCCCCAGCUGUGCAGCACGAGCGCGGUCCUAGGAAACCCAAGUUGCACCCGCAACUGCAUCAUCAUCAUCAUCAUGCUGCUGCCGCCGCCGCUGCAGCGCAUCAUGCAGCAGCCGCC-
......((...((((((.((..(.(((........)))).((((((....))))))...............)).)))))).)).((.((.((((((........)))))).)).)).- ( -37.90)
>DroVir_CAF1 26869 114 + 1
-UUUUAGCUGUGCAGCACGAGCGCGGUCCACGCAAACCGAAGCUGCAUCCGCAGUUGCAUCAUCAUCAUCAUCAUGCGGCCGCUGC---GGCUGCAGCGCAUCAUGCAGCCGCCGCCC
-.....((.((((.(((.(((((((.....)))........((((((.(((((((.((..(((.((....)).)))..)).)))))---)).)))))))).)).))).).))).)).. ( -44.80)
>DroPse_CAF1 27185 117 + 1
CUUACAGCCGUUCAACACGAGCGUGGUCCUCGGAAACCCAAGCUCCAUCCGCAGUUGCAUCACCAUCAUCAUCACGCGGCGGCUGCAGCAGCCGCUGCCCAUCAUGCCGCUGCACAU-
......(((((.....))).))((((..((.((....)).))..))))..(((((.((((...............((((((((((...)))))))))).....)))).)))))....- ( -39.15)
>DroGri_CAF1 24954 114 + 1
-UUCUAGCUGUUCAGCACGAGCGUGGUCCCCGCAAACCAAAGCUGCAUCCGCAAUUGCAUCAUCAUCAUCAUCAUGCGGCGGCCGC---AGCGGCAGCUCAUCAUGCGGCCGCCGCCC
-....((((((((.....))))((((...)))).......))))(((........))).................(((((((((((---(((....))......)))))))))))).. ( -41.90)
>DroWil_CAF1 32087 117 + 1
UUCUCAGCUGUGCAGCACGAGCGUGGUCCUCGGAAACCGAAAUUGCAUCCCCAAUUGCAUCAUCAUCAUCAUCAUGCGGCAGCCGCUGCGGCAGCGGCUCAUCAUGCAGCUCAUGCC-
......((((.((.(((.(((((((((..((((...))))...((((........))))...........))))))).(.((((((((...))))))))).)).))).)).)).)).- ( -38.20)
>DroPer_CAF1 27391 117 + 1
CUUACAGCCGUUCAACACGAGCGUGGUCCUCGGAAACCCAAGCUGCAUCCGCAGUUGCACCACCAUCAUCAUCACGCGGCGGCUGCAGCAGCCGCUGCCCAUCAUGCCGCUGCACAU-
......(((((.....))).))(((((.(..((....)).((((((....))))))).)))))............((((((((.(((((....))))).......))))))))....- ( -42.30)
>consensus
CUUACAGCUGUGCAGCACGAGCGUGGUCCUCGGAAACCCAAGCUGCAUCCGCAAUUGCAUCAUCAUCAUCAUCAUGCGGCGGCCGC_GCAGCCGCAGCCCAUCAUGCAGCUGCCGCC_
......(((((.........(((((((.............((((((....))))))..............)))))))(((.((.((....)).)).)))......)))))........ (-24.19 = -24.28 +   0.09) 

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