Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,641,985 – 5,642,086 |
Length | 101 |
Max. P | 0.984117 |
Location | 5,641,985 – 5,642,086 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.24 |
Mean single sequence MFE | -27.08 |
Consensus MFE | -15.37 |
Energy contribution | -14.76 |
Covariance contribution | -0.61 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -3.27 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 1.94 |
SVM RNA-class probability | 0.983419 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5641985 101 + 22407834 UUUCUUAGUCUAAUCUAAAACAAGGUAAAUAUCAGGUUGUUUCCUGUAUUCG---AUCGAAACAUCUGUAUAUACCUUUGUUCCGAUU-GGACAAAA--GUGCGUC-U .......((((((((...(((((((((.(((.(((((.(((((.........---...))))))))))))).)))).)))))..))))-))))....--.......-. ( -27.30) >DroVir_CAF1 125989 106 + 1 AACAACAAUCUAAUCUGAAACAAGGUACAUAUCAGAGUGUUUCUUAAAUUUGAUUAUUGAAACCUCUGUAUAUACCUUUCAUUGGAUU-AAACUGAUAAGCACAUG-U ..........(((((..(...((((((.(((.(((((.(((((.(((......)))..))))))))))))).))))))...)..))))-)................-. ( -24.80) >DroEre_CAF1 88237 104 + 1 GUUCUUAGUCUAAUCUAAAACAAGGUACAUAUCAGGUUGUUUCCUGUAUUGGAUGAUCGAAACAUCUGUAUAUACCUUUGUUCCGAAU-GGACGAAA--GAGCAUC-U ((((((.(((((.((...(((((((((.(((.(((((.(((((...(((...)))...))))))))))))).)))).)))))..)).)-))))..))--))))...-. ( -30.20) >DroWil_CAF1 126026 106 + 1 AUUCUAAUUCUAGUCUAAAACAAGGUACAUAUCAGGUUGUUUCGUAUAUUUGAAGCCUGAAACAUCUGUAUCUACCUUUGUUUCGAAUAGGACUAAA--GAGUUUUCU .....(((((((((((.((((((((((.(((.(((((.((((((.............)))))))))))))).)))).))))))......)))))..)--))))).... ( -24.02) >DroYak_CAF1 87666 104 + 1 GUUCUUGGUCUAAUCUAAAACAAGGUACAUAUCAGGUUGUUUCCUAUAUUGGAUGAUCGAAACAUCUGUAUAUACCUUUGUUCCGAAU-GGACGAAA--GAGCAUC-U ((((((.(((((.((...(((((((((.(((.(((((.(((((...............))))))))))))).)))).)))))..)).)-))))..))--))))...-. ( -30.06) >DroAna_CAF1 83618 104 + 1 GUUCUUGAUUUAAUCUAAAACAAGGUACAUAUCUGGUUGUUUCCUAUAUUCAAAGUUUGAAACAUCUGUAUCUACCUUUGUUUCGAUU-AAACUAAA--GAGCUAC-U ((((((..(((((((..((((((((((.((((..((.((((((..((.......))..)))))).)))))).)))).)))))).))))-)))...))--))))...-. ( -26.10) >consensus GUUCUUAGUCUAAUCUAAAACAAGGUACAUAUCAGGUUGUUUCCUAUAUUCGAUGAUCGAAACAUCUGUAUAUACCUUUGUUCCGAAU_GGACUAAA__GAGCAUC_U .....................((((((.(((.(((((.(((((...............))))))))))))).)))))).((((......))))............... (-15.37 = -14.76 + -0.61)
Location | 5,641,985 – 5,642,086 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.24 |
Mean single sequence MFE | -26.68 |
Consensus MFE | -14.97 |
Energy contribution | -15.19 |
Covariance contribution | 0.22 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -3.31 |
Structure conservation index | 0.56 |
SVM decision value | 1.96 |
SVM RNA-class probability | 0.984117 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5641985 101 - 22407834 A-GACGCAC--UUUUGUCC-AAUCGGAACAAAGGUAUAUACAGAUGUUUCGAU---CGAAUACAGGAAACAACCUGAUAUUUACCUUGUUUUAGAUUAGACUAAGAAA .-......(--((..(((.-(((((((((((.((((.((((((.((((((...---.........))))))..))).))).))))))))))).)))).))).)))... ( -25.00) >DroVir_CAF1 125989 106 - 1 A-CAUGUGCUUAUCAGUUU-AAUCCAAUGAAAGGUAUAUACAGAGGUUUCAAUAAUCAAAUUUAAGAAACACUCUGAUAUGUACCUUGUUUCAGAUUAGAUUGUUGUU .-...........((((((-((((......((((((((((((((((((((..(((......))).))))).))))).))))))))))......))))))))))..... ( -32.40) >DroEre_CAF1 88237 104 - 1 A-GAUGCUC--UUUCGUCC-AUUCGGAACAAAGGUAUAUACAGAUGUUUCGAUCAUCCAAUACAGGAAACAACCUGAUAUGUACCUUGUUUUAGAUUAGACUAAGAAC .-.....((--((..(((.-(((..((((((.(((((((((((.((((((...............))))))..))).))))))))))))))..)))..))).)))).. ( -27.56) >DroWil_CAF1 126026 106 - 1 AGAAAACUC--UUUAGUCCUAUUCGAAACAAAGGUAGAUACAGAUGUUUCAGGCUUCAAAUAUACGAAACAACCUGAUAUGUACCUUGUUUUAGACUAGAAUUAGAAU .........--((((((.(((.(((((((((.((((.((((((.((((((...............))))))..))).))).))))))))))).)).))).)))))).. ( -25.06) >DroYak_CAF1 87666 104 - 1 A-GAUGCUC--UUUCGUCC-AUUCGGAACAAAGGUAUAUACAGAUGUUUCGAUCAUCCAAUAUAGGAAACAACCUGAUAUGUACCUUGUUUUAGAUUAGACCAAGAAC .-.....((--((..(((.-(((..((((((.(((((((((((.((((((...............))))))..))).))))))))))))))..)))..))).)))).. ( -27.36) >DroAna_CAF1 83618 104 - 1 A-GUAGCUC--UUUAGUUU-AAUCGAAACAAAGGUAGAUACAGAUGUUUCAAACUUUGAAUAUAGGAAACAACCAGAUAUGUACCUUGUUUUAGAUUAAAUCAAGAAC .-.....((--((..((((-(((((((((((.((((.(((((((.((.....))))))......(....).......))).))))))))))).)))))))).)))).. ( -22.70) >consensus A_GAUGCUC__UUUAGUCC_AAUCGAAACAAAGGUAUAUACAGAUGUUUCAAUCAUCAAAUAUAGGAAACAACCUGAUAUGUACCUUGUUUUAGAUUAGACUAAGAAC ...............(((....(((((((((.((((.((((((.((((((...............))))))..))).))).))))))))))).))...)))....... (-14.97 = -15.19 + 0.22)
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