Locus 2077

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	5,580,573 – 5,580,718
Length	145
Max. P	0.982979

overview

Window 9

Location	5,580,573 – 5,580,686
Length	113
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.35
Mean single sequence MFE	-47.57
Consensus MFE	-35.24
Energy contribution	-35.47
Covariance contribution	0.22
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.37
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	0.99
SVM RNA-class probability	0.895783
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5580573 113 + 22407834
CGACUUCAGGGUGCCCAGGGACAAAUCCGAGCAGCAGCGCAGAGUGGAGGUCUCCGUCUCGUCCAAUGAGUUGACUUCACUGGACGACUCGGAGCUGCCCACGUAGCGCACUG
......((((.(((...(((.....)))..))).).((((...((((.((.(((((..(((((((.((((.....)))).)))))))..)))))))..))))...)))).))) ( -47.90)
>DroVir_CAF1 35749 105 + 1
CCGUUU--------CCAAGGAUCUCGGUGAGCUGCAGCGCAGUGUGGACAUCUCCGUGUCGGCCAUCGAGUUGAGCUCGCAGGACGAUGCGGAGCGGCCCACAUAGCGCACCG
(((..(--------(....))...))).........((((.((((((.(..((((((((((.((..((((.....))))..)).))))))))))..).)))))).)))).... ( -47.10)
>DroSim_CAF1 26300 113 + 1
CGACUUCAGGGUGCCCAGGGACAAAUCCGAGCAGCAGCGCAGAGUGGAGGUCUCCGUCUCGCCCAAUGAGUUGACUUCACUGGACGACUCGGAGCUGCCCACGUAGCGCACUG
......((((.(((...(((.....)))..))).).((((...((((.((.(((((..(((.(((.((((.....)))).))).)))..)))))))..))))...)))).))) ( -42.90)
>DroEre_CAF1 24661 113 + 1
CGACAUCAGGGUGCCCAGGGACAAAUCCGAGCAGCAGCGCAGAGUGGAGAUCUCCGUCUCGUCCAAUGAGUUCACUUCACUGCACGACCCGGAGCUGCCCACGUAGCGCACUG
......((((.(((...(((.....)))..))).).((((...((((.(..(((((..((((.((.((((.....)))).)).))))..)))))...)))))...)))).))) ( -39.30)
>DroMoj_CAF1 46062 105 + 1
CCGUUU--------CUAGGGAUCGGGGGGAGCAGUAGCGCAGUGUGGACACCUCCGUGCCGUCCGACGAGUUGAGCUCGCUGGACGAAGCGGAGCGGCCCACAUAGCGCACCG
..((((--------((.(....)...))))))....((((.((((((.(..((((((..((((((.((((.....)))).))))))..))))))..).)))))).)))).... ( -51.70)
>DroAna_CAF1 26475 113 + 1
GUCGUCCAGGGUGCCCGUGGAUGGGAGCGAGCCGCCGCGCAGGGUGGAGGUCUCCGUUUCGUCCAACGAGACGAGGUCGCUGGACGACACGGAGCUGCCCACGUAGCGCACCG
..((((((((....)).))))))((.(((...))).((((.(.((((.((.((((((.(((((((.(((.......))).))))))).))))))))..)))).).)))).)). ( -56.50)
>consensus
CGACUUCAGGGUGCCCAGGGACAAAUCCGAGCAGCAGCGCAGAGUGGAGAUCUCCGUCUCGUCCAACGAGUUGACUUCACUGGACGACGCGGAGCUGCCCACGUAGCGCACCG
....................................((((...((((....(((((..(((((((.((((.....)))).)))))))..)))))....))))...)))).... (-35.24 = -35.47 +   0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	5,580,573 – 5,580,686
Length	113
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.35
Mean single sequence MFE	-50.68
Consensus MFE	-40.74
Energy contribution	-40.93
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.35
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	1.93
SVM RNA-class probability	0.982979
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5580573 113 - 22407834
CAGUGCGCUACGUGGGCAGCUCCGAGUCGUCCAGUGAAGUCAACUCAUUGGACGAGACGGAGACCUCCACUCUGCGCUGCUGCUCGGAUUUGUCCCUGGGCACCCUGAAGUCG
(((.((((...(((((...(((((..(((((((((((.......)))))))))))..)))))...)))))...))))...(((((((........)))))))..)))...... ( -51.50)
>DroVir_CAF1 35749 105 - 1
CGGUGCGCUAUGUGGGCCGCUCCGCAUCGUCCUGCGAGCUCAACUCGAUGGCCGACACGGAGAUGUCCACACUGCGCUGCAGCUCACCGAGAUCCUUGG--------AAACGG
((((((((..(((((((..(((((..(((.((..((((.....))))..)).)))..)))))..)))))))..)))).))......(((((...)))))--------...)). ( -45.00)
>DroSim_CAF1 26300 113 - 1
CAGUGCGCUACGUGGGCAGCUCCGAGUCGUCCAGUGAAGUCAACUCAUUGGGCGAGACGGAGACCUCCACUCUGCGCUGCUGCUCGGAUUUGUCCCUGGGCACCCUGAAGUCG
(((.((((...(((((...(((((..(((((((((((.......)))))))))))..)))))...)))))...))))...(((((((........)))))))..)))...... ( -50.90)
>DroEre_CAF1 24661 113 - 1
CAGUGCGCUACGUGGGCAGCUCCGGGUCGUGCAGUGAAGUGAACUCAUUGGACGAGACGGAGAUCUCCACUCUGCGCUGCUGCUCGGAUUUGUCCCUGGGCACCCUGAUGUCG
(((.((((...(((((...(((((..((((.((((((.(....))))))).))))..)))))...)))))...))))...(((((((........)))))))..)))...... ( -50.30)
>DroMoj_CAF1 46062 105 - 1
CGGUGCGCUAUGUGGGCCGCUCCGCUUCGUCCAGCGAGCUCAACUCGUCGGACGGCACGGAGGUGUCCACACUGCGCUACUGCUCCCCCCGAUCCCUAG--------AAACGG
((((((((..((((((((.(((((..((((((.(((((.....))))).))))))..)))))).)))))))..)))).))))......(((.((....)--------)..))) ( -50.20)
>DroAna_CAF1 26475 113 - 1
CGGUGCGCUACGUGGGCAGCUCCGUGUCGUCCAGCGACCUCGUCUCGUUGGACGAAACGGAGACCUCCACCCUGCGCGGCGGCUCGCUCCCAUCCACGGGCACCCUGGACGAC
((.(((((...(((((...((((((.(((((((((((.......))))))))))).))))))...)))))...))))).))...........((((.((....)))))).... ( -56.20)
>consensus
CAGUGCGCUACGUGGGCAGCUCCGAGUCGUCCAGCGAACUCAACUCAUUGGACGAGACGGAGACCUCCACUCUGCGCUGCUGCUCGCAUUUAUCCCUGGGCACCCUGAAGUCG
((((((((...(((((...(((((..(((((((((((.......)))))))))))..)))))...)))))...)))).))))............................... (-40.74 = -40.93 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	5,580,606 – 5,580,718
Length	112
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.67
Mean single sequence MFE	-51.88
Consensus MFE	-41.70
Energy contribution	-43.20
Covariance contribution	1.50
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.25
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.75
SVM RNA-class probability	0.840465
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5580606 112 + 22407834
GCAGCGCAGAGUGGAGGUCUCCGUCUCGUCCAAUGAGUUGACUUCACUGGACGACUCGGAGCUGCCCACGUAGCGCACUGUGCUGGGGCUACCCAUAGAGCGCACGAGG--CUG
((.((((...((((.((.(((((..(((((((.((((.....)))).)))))))..)))))))..))))...))))..(((((((((....)))....))))))....)--).. ( -53.00)
>DroVir_CAF1 35774 108 + 1
GCAGCGCAGUGUGGACAUCUCCGUGUCGGCCAUCGAGUUGAGCUCGCAGGACGAUGCGGAGCGGCCCACAUAGCGCACCGUGCUAGGACUA------GAGAGCAAGUGGCGCGG
...((((.((((((.(..((((((((((.((..((((.....))))..)).))))))))))..).)))))).)))).((((((((.(.((.------...)))...)))))))) ( -53.70)
>DroSim_CAF1 26333 112 + 1
GCAGCGCAGAGUGGAGGUCUCCGUCUCGCCCAAUGAGUUGACUUCACUGGACGACUCGGAGCUGCCCACGUAGCGCACUGUGCUGGGGCUACCCAUAGAGCGCACUAUG--CUG
(((((((...((((.((.(((((..(((.(((.((((.....)))).))).)))..)))))))..))))...))))..(((((((((....)))....))))))...))--).. ( -49.00)
>DroEre_CAF1 24694 112 + 1
GCAGCGCAGAGUGGAGAUCUCCGUCUCGUCCAAUGAGUUCACUUCACUGCACGACCCGGAGCUGCCCACGUAGCGCACUGUGCUGGGGCUUCCCAUGCAGCGCACUAGG--CUG
.((((((...((((.(..(((((..((((.((.((((.....)))).)).))))..)))))...)))))...))((.(((((.((((....))))))))).)).....)--))) ( -45.10)
>DroYak_CAF1 24568 112 + 1
GCAGCGCAGAGUGGAGGUCUCCGUCUCGUCCAAUGAGUUGACUUCACUGGACGACCCGGAGCUGCCCACGUAGCGCACUGUGCUGGGGCUUCCCAUAGAGCGCACUAGG--CUG
((.((((...((((.((.(((((..(((((((.((((.....)))).)))))))..)))))))..))))...))))..(((((((((....)))....))))))....)--).. ( -52.00)
>DroAna_CAF1 26508 112 + 1
GCCGCGCAGGGUGGAGGUCUCCGUUUCGUCCAACGAGACGAGGUCGCUGGACGACACGGAGCUGCCCACGUAGCGCACCGUGCUGGGACUGCCCAUGGCCGGCAGGAGG--CUC
(((((((.(.((((.((.((((((.(((((((.(((.......))).))))))).))))))))..)))).).)))).((.((((((..(.......).)))))))).))--).. ( -58.50)
>consensus
GCAGCGCAGAGUGGAGGUCUCCGUCUCGUCCAAUGAGUUGACUUCACUGGACGACCCGGAGCUGCCCACGUAGCGCACUGUGCUGGGGCUACCCAUAGAGCGCACGAGG__CUG
...((((...((((.((.(((((..(((((((.((((.....)))).)))))))..)))))))..))))...))))...((((((((....)))....)))))........... (-41.70 = -43.20 +   1.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	5,580,606 – 5,580,718
Length	112
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.67
Mean single sequence MFE	-55.57
Consensus MFE	-44.40
Energy contribution	-45.52
Covariance contribution	1.11
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-3.70
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	1.51
SVM RNA-class probability	0.959994
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5580606 112 - 22407834
CAG--CCUCGUGCGCUCUAUGGGUAGCCCCAGCACAGUGCGCUACGUGGGCAGCUCCGAGUCGUCCAGUGAAGUCAACUCAUUGGACGAGACGGAGACCUCCACUCUGCGCUGC
(((--(...(((((((...((((....))))....)))))))...(((((...(((((..(((((((((((.......)))))))))))..)))))...))))).....)))). ( -54.10)
>DroVir_CAF1 35774 108 - 1
CCGCGCCACUUGCUCUC------UAGUCCUAGCACGGUGCGCUAUGUGGGCCGCUCCGCAUCGUCCUGCGAGCUCAACUCGAUGGCCGACACGGAGAUGUCCACACUGCGCUGC
(((.((.(((.......------.)))....)).))).((((..(((((((..(((((..(((.((..((((.....))))..)).)))..)))))..)))))))..))))... ( -45.10)
>DroSim_CAF1 26333 112 - 1
CAG--CAUAGUGCGCUCUAUGGGUAGCCCCAGCACAGUGCGCUACGUGGGCAGCUCCGAGUCGUCCAGUGAAGUCAACUCAUUGGGCGAGACGGAGACCUCCACUCUGCGCUGC
(((--(.(((((((((...((((....))))....))))))))).(((((...(((((..(((((((((((.......)))))))))))..)))))...))))).....)))). ( -56.60)
>DroEre_CAF1 24694 112 - 1
CAG--CCUAGUGCGCUGCAUGGGAAGCCCCAGCACAGUGCGCUACGUGGGCAGCUCCGGGUCGUGCAGUGAAGUGAACUCAUUGGACGAGACGGAGAUCUCCACUCUGCGCUGC
(((--(.((((((((((..((((....))))...)))))))))).(((((...(((((..((((.((((((.(....))))))).))))..)))))...))))).....)))). ( -58.60)
>DroYak_CAF1 24568 112 - 1
CAG--CCUAGUGCGCUCUAUGGGAAGCCCCAGCACAGUGCGCUACGUGGGCAGCUCCGGGUCGUCCAGUGAAGUCAACUCAUUGGACGAGACGGAGACCUCCACUCUGCGCUGC
(((--(.(((((((((...((((....))))....))))))))).(((((...(((((..(((((((((((.......)))))))))))..)))))...))))).....)))). ( -58.60)
>DroAna_CAF1 26508 112 - 1
GAG--CCUCCUGCCGGCCAUGGGCAGUCCCAGCACGGUGCGCUACGUGGGCAGCUCCGUGUCGUCCAGCGACCUCGUCUCGUUGGACGAAACGGAGACCUCCACCCUGCGCGGC
..(--((....((((((..((((....)))))).))))((((...(((((...((((((.(((((((((((.......))))))))))).))))))...)))))...))))))) ( -60.40)
>consensus
CAG__CCUAGUGCGCUCUAUGGGUAGCCCCAGCACAGUGCGCUACGUGGGCAGCUCCGAGUCGUCCAGUGAAGUCAACUCAUUGGACGAGACGGAGACCUCCACUCUGCGCUGC
.........((((......((((....))))))))...((((...(((((...(((((..(((((((((((.......)))))))))))..)))))...)))))...))))... (-44.40 = -45.52 +   1.11)

alignment

secondary structure

dotplot

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