Locus 2045

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 5,524,435 – 5,524,555
Length 120
Max. P 0.778556
window3292

overview

Window 2

Location 5,524,435 – 5,524,555
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.50
Mean single sequence MFE -52.47
Consensus MFE -37.48
Energy contribution -36.82
Covariance contribution -0.66
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.58
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.778556
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5524435 120 + 22407834
GCAGAAGCCAAUCCGCGGCACCCGCACCUCACCGCACACGGCGCAGGUGAUCACCUCCAGCGGAAAUCCGUACUUGGACGUGGUCAUUGGCGGCGGUCUGCCCAUGGGUUCGAUCUGCCU
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>DroPse_CAF1 3575 120 + 1
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>DroSec_CAF1 4177 120 + 1
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>DroEre_CAF1 4281 120 + 1
GCAGAAGCCGAUCCGCGGCACCCGCACCUCGCCGCACACGGCGCAGGUGAUCACCUCCAGCGGGAAUCCCUCCUUGGACGUGGUCAUUGGCGGAGGCCUGCCGAUGGGUUCGAUCUGCCU
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>DroAna_CAF1 3793 120 + 1
GCAGAAGCCCAUCCGGGGCACCCGCACCAGUCCGCACACGGCACAGGUGAUUACCUCCAGCGGGAACCCUUACUUAGAUGUGGUUAUUGGCGGCGGCUUGCCGAUGGGAUCUAUUUGCCU
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>DroPer_CAF1 3503 120 + 1
GCAAAAGCCCAUCCCGGGCACUCGCACCAGCCCCCACACCGCCCAGAUAAUAACAUCGAGCGGUAAUCCGUAUCUUGACGUGGUAAUCGGCGGCGGCCUGCCCGUGGGCUCCAUUUGCCU
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>consensus
GCAGAAGCCCAUCCGGGGCACCCGCACCACCCCGCACACGGCGCAGGUGAUCACCUCCAGCGGAAAUCCGUACUUGGACGUGGUCAUUGGCGGCGGCCUGCCCAUGGGUUCGAUCUGCCU
(((((.((((.....)))).(((......................(((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))))(((((....)))))...))).....))))).. (-37.48 = -36.82 +  -0.66)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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