Locus 2030

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 5,492,145 – 5,492,279
Length 134
Max. P 0.810533
window3267 window3268 window3269 window3270

overview

Window 7

Location 5,492,145 – 5,492,240
Length 95
Sequences 6
Columns 96
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.16
Mean single sequence MFE -21.65
Consensus MFE -14.83
Energy contribution -14.83
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.624183
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5492145 95 + 22407834
-CUGUGCACUGCACUACACUCUGUAUCGGUCGACAUGUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCACAAUUAAAUUGUCAUAGACAUGACGCAGCGUUAUGAU
-..((((...))))...((.(((..((((((((((..((((((.(.(((.....)))).))))))...))))...))).)))..))).))...... ( -26.00)
>DroPse_CAF1 131215 80 + 1
----U------------CCACUCUACGGCUCGACAUAUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCGCAAUUAAAUUGUCAUAGACAUGACGCAGCAUUAUGAU
----.------------..........((((......((((((((.(((.....)))))))))))....(((((....)))))).)))........ ( -20.30)
>DroEre_CAF1 113475 83 + 1
-CUGUGCAC------------UCUAUCGGUCGACAUGUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCACAAUUAAAUUGUCAUAGACAUGACGCAGCGUUAUGAU
-(((((((.------------(((((.....((((..((((((.(.(((.....)))).))))))...)))))))))..)).)))))......... ( -20.60)
>DroYak_CAF1 120331 95 + 1
-CUGUGCACUGCACCACACAUUCUAUCGCUCGACAUGUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCACAAUUAAAUUGUCAUAGACAUGACGCAGCAUUAUGAU
-..((((..(((......((((((((.....((((..((((((.(.(((.....)))).))))))...))))))))).)))..)))))))...... ( -19.00)
>DroAna_CAF1 121090 88 + 1
ACUGC-CACGG-------CUCUCUAUCGGCCGACAUGUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCACAAUUAAAUUGUCAUAGACAUGACGCAGCAUUAUGAU
.((((-...((-------((.......))))((((..((((((.(.(((.....)))).))))))...))))...........))))......... ( -23.70)
>DroPer_CAF1 131742 80 + 1
----U------------CCACUCUACGGCUCGACAUAUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCGCAAUUAAAUUGUCAUAGACAUGACGCAGCAUUAUGAU
----.------------..........((((......((((((((.(((.....)))))))))))....(((((....)))))).)))........ ( -20.30)
>consensus
_CUGU_CAC_________CACUCUAUCGCUCGACAUGUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCACAAUUAAAUUGUCAUAGACAUGACGCAGCAUUAUGAU
...............................((((..((((((.(.(((.....)))).))))))...)))).....(((((.......))))).. (-14.83 = -14.83 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 5,492,145 – 5,492,240
Length 95
Sequences 6
Columns 96
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.16
Mean single sequence MFE -25.58
Consensus MFE -16.48
Energy contribution -15.98
Covariance contribution -0.50
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.92
Structure conservation index 0.64
SVM decision value -0.03
SVM RNA-class probability 0.517202
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5492145 95 - 22407834
AUCAUAACGCUGCGUCAUGUCUAUGACAAUUUAAUUGUGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUACAUGUCGACCGAUACAGAGUGUAGUGCAGUGCACAG-
..(((..(((((((((.((((..(((((...(((((((((((.....))).))))))))..)))))...))))..)).)))))))..))).....- ( -26.40)
>DroPse_CAF1 131215 80 - 1
AUCAUAAUGCUGCGUCAUGUCUAUGACAAUUUAAUUGCGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUAUAUGUCGAGCCGUAGAGUGG------------A----
.((((..(((.(((((((....)))))....(((((((((((.....))).))))))))........)).)))..))))------------.---- ( -24.60)
>DroEre_CAF1 113475 83 - 1
AUCAUAACGCUGCGUCAUGUCUAUGACAAUUUAAUUGUGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUACAUGUCGACCGAUAGA------------GUGCACAG-
........(.((((((.((((..(((((...(((((((((((.....))).))))))))..)))))...))))))------------.)))))..- ( -21.90)
>DroYak_CAF1 120331 95 - 1
AUCAUAAUGCUGCGUCAUGUCUAUGACAAUUUAAUUGUGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUACAUGUCGAGCGAUAGAAUGUGUGGUGCAGUGCACAG-
........(((((..(((.(((((((((...(((((((((((.....))).))))))))..)))).....)))))....)))..)))))......- ( -28.30)
>DroAna_CAF1 121090 88 - 1
AUCAUAAUGCUGCGUCAUGUCUAUGACAAUUUAAUUGUGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUACAUGUCGGCCGAUAGAGAG-------CCGUG-GCAGU
.......(((..(...........((((...(((((((((((.....))).))))))))..))))((((......).)-------)))..-))).. ( -27.70)
>DroPer_CAF1 131742 80 - 1
AUCAUAAUGCUGCGUCAUGUCUAUGACAAUUUAAUUGCGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUAUAUGUCGAGCCGUAGAGUGG------------A----
.((((..(((.(((((((....)))))....(((((((((((.....))).))))))))........)).)))..))))------------.---- ( -24.60)
>consensus
AUCAUAAUGCUGCGUCAUGUCUAUGACAAUUUAAUUGUGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUACAUGUCGACCGAUAGAGUG_________GUG_ACAG_
..(((.(((...))).)))(((((((((...(((((((((((.....))).))))))))..)))).....)))))..................... (-16.48 = -15.98 +  -0.50)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 9

Location 5,492,169 – 5,492,279
Length 110
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.86
Mean single sequence MFE -30.35
Consensus MFE -19.16
Energy contribution -19.43
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.28
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.21
SVM RNA-class probability 0.637286
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5492169 110 + 22407834
U-----CGGUCGACAU----GUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCACAAUUAAAUUGUCAUAGACAUGACGCAGCGUUAUGAUGGGGCAAUUAUAACUGUCAGAUUUGACAGCAU-UACAGGC
.-----..(((((((.----.((((((.(.(((.....)))).))))))...)))).....(((((((...)))))))....)))........(((((......)))))...-....... ( -28.60)
>DroVir_CAF1 164119 109 + 1
G-----CGACCGACAU----GUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCACAAUUAAACUGUCAUAGACAUGACGCAGCAUUAUGAAGUCGCAAUUAUAGCUGUCACUUUUGACAGCAC--ACAUGC
(-----((((.((((.----.((((((.(.(((.....)))).))))))...)))).....(((((.......)))))..))))).......(((((((....)))))))..--...... ( -33.60)
>DroGri_CAF1 173656 103 + 1
---------CUGACAU----CUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCACAAUUAAACUGUCAUAGACAUGACGCAGCAUUAUGACGUCGCAAUUAUAGCUGUCAUUUCUGACAGCCA--ACAG--
---------.(((((.----.((((((.(.(((.....)))).))))))...))))).......((((((......)).)))).........(((((((....)))))))..--....-- ( -28.30)
>DroWil_CAF1 163600 113 + 1
C-----CGCUCGACAUGUAUGUAAUUGCGCGAUUUUCUACCAACAAUUAAAUUGUCAUAGAGAUGACGAAGCAUUAUGACGGCGCAAUUAAAACUGUCAGAUUUGACAGCAU-UACU-AC
.-----.(((.((((.((...((((((((((((((.............)))))((((((...(((......))))))))).)))))))))..)))))).(......))))..-....-.. ( -24.02)
>DroMoj_CAF1 181755 116 + 1
GUGCUACGGUCGACAU----GUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCACAAUUAAACUGUCAUAGACAUGACGCAGCAUUAUGACGUCGCAAUUAUAGCUGUCACUUUUGACAGCAACUACACGC
.(((....(((((((.----.((((((.(.(((.....)))).))))))...))))...)))..((((((......)).)))))))......(((((((....))))))).......... ( -33.90)
>DroPer_CAF1 131751 109 + 1
C-----GGCUCGACAU----AUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCGCAAUUAAAUUGUCAUAGACAUGACGCAGCAUUAUGAUGGGGCAAUUAUAACUGUCAGAUCUGACAGCAU-UACG-GC
(-----(((((.((((----(((((((((.(((.....)))))))))))....(((((....))))).......)))).).))))........((((((....))))))...-..))-.. ( -33.70)
>consensus
C_____CGCUCGACAU____GUAAUUGCGCGCUUUCCUAGCCACAAUUAAACUGUCAUAGACAUGACGCAGCAUUAUGACGGCGCAAUUAUAACUGUCAGAUUUGACAGCAU_UACA_GC
....................((((((((..(((.....)))...........(((((((...(((......))))))))))..))))))))..((((((....))))))........... (-19.16 = -19.43 +   0.28)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 5,492,169 – 5,492,279
Length 110
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.86
Mean single sequence MFE -33.82
Consensus MFE -24.83
Energy contribution -25.13
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.35
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.65
SVM RNA-class probability 0.810533
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5492169 110 - 22407834
GCCUGUA-AUGCUGUCAAAUCUGACAGUUAUAAUUGCCCCAUCAUAACGCUGCGUCAUGUCUAUGACAAUUUAAUUGUGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUAC----AUGUCGACCG-----A
....(((-(((((((((....)))))))....))))).....(((.(((...))).)))....(((((...(((((((((((.....))).)))))))).----.)))))....-----. ( -26.20)
>DroVir_CAF1 164119 109 - 1
GCAUGU--GUGCUGUCAAAAGUGACAGCUAUAAUUGCGACUUCAUAAUGCUGCGUCAUGUCUAUGACAGUUUAAUUGUGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUAC----AUGUCGGUCG-----C
((((((--..(((((((....)))))))...(((((((....((((((...(((((((....))))).))...))))))(((.....))).)))))))))----))))......-----. ( -35.40)
>DroGri_CAF1 173656 103 - 1
--CUGU--UGGCUGUCAGAAAUGACAGCUAUAAUUGCGACGUCAUAAUGCUGCGUCAUGUCUAUGACAGUUUAAUUGUGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUAG----AUGUCAG---------
--....--(((((((((....))))))))).......((((.((......)))))).......(((((.(((((((((((((.....))).)))))))))----)))))).--------- ( -39.50)
>DroWil_CAF1 163600 113 - 1
GU-AGUA-AUGCUGUCAAAUCUGACAGUUUUAAUUGCGCCGUCAUAAUGCUUCGUCAUCUCUAUGACAAUUUAAUUGUUGGUAGAAAAUCGCGCAAUUACAUACAUGUCGAGCG-----G
((-((((-(.(((((((....))))))).)).)))))((((.(((........(((((....)))))....(((((((((((.....)))).))))))).....))).)).)).-----. ( -28.40)
>DroMoj_CAF1 181755 116 - 1
GCGUGUAGUUGCUGUCAAAAGUGACAGCUAUAAUUGCGACGUCAUAAUGCUGCGUCAUGUCUAUGACAGUUUAAUUGUGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUAC----AUGUCGACCGUAGCAC
(((((((((((((((((....)))))))...)))))).)))).....(((((((....(((...((((...(((((((((((.....))).)))))))).----.)))))))))))))). ( -42.50)
>DroPer_CAF1 131751 109 - 1
GC-CGUA-AUGCUGUCAGAUCUGACAGUUAUAAUUGCCCCAUCAUAAUGCUGCGUCAUGUCUAUGACAAUUUAAUUGCGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUAU----AUGUCGAGCC-----G
..-.(((-(((((((((....)))))))....)))))...........(((.((.((((((...)))....(((((((((((.....))).)))))))).----))).))))).-----. ( -30.90)
>consensus
GC_UGUA_AUGCUGUCAAAACUGACAGCUAUAAUUGCGACGUCAUAAUGCUGCGUCAUGUCUAUGACAAUUUAAUUGUGGCUAGGAAAGCGCGCAAUUAC____AUGUCGACCG_____C
..........(((((((....)))))))..((((((((....((((((.....(((((....)))))......))))))(((.....))).))))))))..................... (-24.83 = -25.13 +   0.31)

alignment

Postscript

secondary structure

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