Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,371,341 – 5,371,435 |
Length | 94 |
Max. P | 0.981134 |
Location | 5,371,341 – 5,371,435 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 101 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 97.23 |
Mean single sequence MFE | -26.35 |
Consensus MFE | -25.08 |
Energy contribution | -25.08 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.43 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 1.88 |
SVM RNA-class probability | 0.981134 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5371341 94 - 22407834 UUAGAGGCGCUGAGCGAUGAGCAUGGGAAUUUCAAUUAGACGAAGUGCCCAGGGAGA-------AAUCUUUCCCACAACUUGCCAAUUAUUUUCUGUGAUU .....((((((.(....).))).((((.(((((........))))).))))((((((-------....)))))).......)))((((((.....)))))) ( -26.50) >DroSec_CAF1 28831 94 - 1 UUAGAGGCGCUGAGCGAUGAGCAUGGGAAUUUCAAUUAGACGAAGUGCCCAGGGAGA-------AAUCUUUCCCACAACUUGCCAAUUAUUUUCUGUGAUU .....((((((.(....).))).((((.(((((........))))).))))((((((-------....)))))).......)))((((((.....)))))) ( -26.50) >DroSim_CAF1 29354 94 - 1 UUAGAGGCGCUGAGCGAUGAGCAUGGGAAUUUCAAUUAGACGAAGUGCCCAGGGAGA-------AAUCUUUCCCACAACUUGCCAAUUAUUUUCUGUGAUU .....((((((.(....).))).((((.(((((........))))).))))((((((-------....)))))).......)))((((((.....)))))) ( -26.50) >DroEre_CAF1 31854 101 - 1 UUAGAGGCGCUGAGCGAUGAGCAUGGGAAUUUCAAUUAGACGAAGUGCCCAGGGAGAAAUCAGAAAUCUUUCCCACAACUUGCCAAUUAUUUUCUGUGAUU .....((((((.(....).))).((((.(((((........))))).))))((((((.((.....)).)))))).......)))((((((.....)))))) ( -25.60) >DroYak_CAF1 29586 94 - 1 UUAGAGGCGCUGAGCGAUGAGCAUGGGAAUUUCAAUUAGACGAAGUGCCCAGGGAGA-------AAUCUUUCCCACAACUUGCCAAUUAUUUUCUGUGAUU .....((((((.(....).))).((((.(((((........))))).))))((((((-------....)))))).......)))((((((.....)))))) ( -26.50) >DroAna_CAF1 35202 94 - 1 UUAGAGGCGCUGAGCGAUGAGCAUGGGAAUUUCAAUUAGACGAAGUGCCCAGGGAGA-------AAUCUUUCCCACCACUUGCCAAUUAUUUUCUGUGAUU .....((((((.(....).))).((((.(((((........))))).))))((((((-------....)))))).......)))((((((.....)))))) ( -26.50) >consensus UUAGAGGCGCUGAGCGAUGAGCAUGGGAAUUUCAAUUAGACGAAGUGCCCAGGGAGA_______AAUCUUUCCCACAACUUGCCAAUUAUUUUCUGUGAUU .....((((((.(....).))).((((.(((((........))))).))))((((((...........)))))).......)))((((((.....)))))) (-25.08 = -25.08 + -0.00)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:16:26 2006