Locus 1965

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 5,330,874 – 5,330,976
Length 102
Max. P 0.579355
window3180

overview

Window 0

Location 5,330,874 – 5,330,976
Length 102
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.19
Mean single sequence MFE -35.85
Consensus MFE -23.36
Energy contribution -22.45
Covariance contribution -0.91
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -1.41
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.579355
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5330874 102 + 22407834
AUCUGCACGGCGGCAUGUGGUUUCUCGAUGAGGCUACUCUGUGCCUCCUUGUCCUUCUCCGCAUU---CCGGCCGAUUGAGACGUGCUCCGGUUUUAGAUAGUAA
...(((.((((((.((((((.....(((.(((((........))))).))).......)))))).---)).)))).(((((((........)))))))...))). ( -33.60)
>DroPse_CAF1 8 102 + 1
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((((((.(((.((((((((((.....(((((((..((.....))..)))))))...(((.(((..---..))).))).)))))))))))))...))))))..... ( -41.00)
>DroGri_CAF1 8 105 + 1
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(((((....(((((((((((((((.....))))).((((((.(((.......(((.....))).......))).))))))))))))..))))...)))))..... ( -32.44)
>DroEre_CAF1 942 102 + 1
AUCUGCACGGCGGCAUGUGGCUUCUCGAUGAGGCUGCUCUGCGCCUCCUUGUCCUUCUCCGCAUU---CCGGCCCAGCGAGACGUGCUCCGGCUUCAGAUAGUAA
(((((..(((.((((((.....(((((.((.(((((...((((................))))..---.))))))).))))))))))))))....)))))..... ( -34.19)
>DroAna_CAF1 8 102 + 1
AUCUGUACGGUUGGGUGGGGUUUCUCAAUGAGACUGCUCUGGGCCUCCUUGUCCUUUUCCGUGGU---UAAUCCGAGCGAGGCGUGCUCCGGCUUCAGAUAAUAG
(((((...(((((((((.((((((.....)))))).).....(((((((((.((........)).---.....)))).)))))..)).)))))).)))))..... ( -32.90)
>DroPer_CAF1 8 102 + 1
AUCUGAACGGUGGCAUGUGGCUUCUCGAUGAGGCUGCUCUGCGCCUCCUUAUCCUUCUCCGCACU---CCUGCCGAGCGUCGCGUGCUCCGGUUUCAGGUAAUAG
((((((.(((.((((((((((.....(((((((..((.....))..)))))))...(((.(((..---..))).))).)))))))))))))...))))))..... ( -41.00)
>consensus
AUCUGAACGGUGGCAUGUGGCUUCUCGAUGAGGCUGCUCUGCGCCUCCUUAUCCUUCUCCGCAUU___CCGGCCGAGCGACGCGUGCUCCGGUUUCAGAUAAUAA
(((((..(((.(((((((((((((.....))))))((((.((.............................)).))))...))))))))))....)))))..... (-23.36 = -22.45 +  -0.91)

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