Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,276,803 – 5,276,920 |
Length | 117 |
Max. P | 0.981550 |
Location | 5,276,803 – 5,276,920 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.46 |
Mean single sequence MFE | -30.86 |
Consensus MFE | -24.74 |
Energy contribution | -25.06 |
Covariance contribution | 0.32 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.36 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 1.89 |
SVM RNA-class probability | 0.981550 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5276803 117 - 22407834 CAAGUCACGUACGAAGUGGCGAUACAACUUCUGGUUAUGUAUGCAAAAUUGCAUAGUAAACAGAUUUUGUUUAAUCGUUA-UUAUUGCUGAUACAGUAGAGCAUGCCUAAGUAGCACU ...((((.(((...(((((((((((((..((((.((((.((((((....)))))))))).))))..))))...)))))))-))..)))))))........((.(((....)))))... ( -29.10) >DroSec_CAF1 52332 114 - 1 CAAGUCACGUACGAAGUGGCGAUACAACUUCUGGUUAUAUAUGCAAAAUUGCAUAGUAAACAGAUUUUGUUUAAUCGUUA-UUAUUGCUGAUACAGUAGAACAUGGCUAAGAACC--- ..(((((.((....(((((((((((((..((((.((((.((((((....)))))))))).))))..))))...)))))))-)).((((((...)))))).)).))))).......--- ( -31.50) >DroSim_CAF1 58627 117 - 1 CAAGUCACGUACGAAGUGGCGAUACAACUUCUGGUUAUAUAUGCAAAAUUGCAUAGUAAACAGAUUUUGUUUAAUCGUUA-UUAUUGCUGAUACAGUAGAACAUGGCUAAGAACUACU ..(((((.((....(((((((((((((..((((.((((.((((((....)))))))))).))))..))))...)))))))-)).((((((...)))))).)).))))).......... ( -31.50) >DroEre_CAF1 48201 117 - 1 CAAGUCACGUACGAAGCGGCGAUACAACUUCUGGUUAUGUAUGCAAAAGUGCAUAGUAUACAGAUUUUGUUUAAUCGUUAAUUAUUGCUGGUACAGUGGAGCCCCACUAGGUACCGA- ........(((..((..((((((((((..((((..(((.((((((....)))))))))..))))..))))...))))))..))..)))(((((((((((....)))))..)))))).- ( -33.60) >DroYak_CAF1 56031 117 - 1 CAAGUCACGUACGAAGUGGCGAUACAACUUUUGGUUAUGUAUGCAAAAGUGCAUAGUAAACAGAUUUUGUUUAAUCGUUAAUUAUUGCUGGUACGGUAGAACACCACUAAGUACCAC- ........((((..(((((((((((((..((((.((((.((((((....)))))))))).))))..))))...)))).......((((((...))))))....)))))..))))...- ( -28.60) >consensus CAAGUCACGUACGAAGUGGCGAUACAACUUCUGGUUAUGUAUGCAAAAUUGCAUAGUAAACAGAUUUUGUUUAAUCGUUA_UUAUUGCUGAUACAGUAGAACAUGACUAAGUACCAC_ ..(((((.((.......((((((((((..((((.((((.((((((....)))))))))).))))..))))...)))))).....((((((...)))))).)).))))).......... (-24.74 = -25.06 + 0.32)
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